[日本語] English
万見
- EMDB-4388: P22 Empty Wiffleball -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4388
タイトルP22 Empty Wiffleball
マップデータP22 Empty wiffleball
試料
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.4 Å
データ登録者McCoy K / Selivanovitch E / Luque D / Lee B / Edwards E / Caston JR / Douglas T
引用ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2018
タイトル: Cargo Retention inside P22 Virus-Like Particles.
著者: Kimberly McCoy / Ekaterina Selivanovitch / Daniel Luque / Byeongdu Lee / Ethan Edwards / José R Castón / Trevor Douglas /
要旨: Viral protein cages, with their regular and programmable architectures, are excellent platforms for the development of functional nanomaterials. The ability to transform a virus into a material with ...Viral protein cages, with their regular and programmable architectures, are excellent platforms for the development of functional nanomaterials. The ability to transform a virus into a material with intended structure and function relies on the existence of a well-understood model system, a noninfectious virus-like particle (VLP) counterpart. Here, we study the factors important to the ability of P22 VLP to retain or release various protein cargo molecules depending on the nature of the cargo, the capsid morphology, and the environmental conditions. Because the interaction between the internalized scaffold protein (SP) and the capsid coat protein (CP) is noncovalent, we have studied the efficiency with which a range of SP variants can dissociate from the interior of different P22 VLP morphologies and exit by traversing the porous capsid. Understanding the types of cargos that are either retained or released from the P22 VLP will aid in the rational design of functional nanomaterials.
履歴
登録2018年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月23日-
マップ公開2018年8月22日-
更新2018年9月19日-
現状2018年9月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4388.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4388.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈P22 Empty wiffleball
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 24. / ムービー #1: 24
最小 - 最大-62.923520000000003 - 81.730255
平均 (標準偏差)0.6554393 (±10.667234000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin909090
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 777.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.324.324.32
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z777.600777.600777.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS909090
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-62.92481.7300.655

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Enterobacteria phage P22

全体名称: Enterobacteria phage P22 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)

-
超分子 #1: Enterobacteria phage P22

超分子名称: Enterobacteria phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10754 / 生物種: Enterobacteria phage P22 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 9639
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2xyy

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4488
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Xmipp
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Xmipp

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る