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万見
- EMDB-43876: Consensus map of avb8/L-TGF-b1/GARP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43876
タイトルConsensus map of avb8/L-TGF-b1/GARP complex
マップデータconsensus map of avb8/L-TGF-b1/GARP
試料
  • 複合体: avb8/L-TGF-b1/GARP complex
    • 複合体: avb8 complex
    • 複合体: L-TGF-b1/GARP complex
キーワードIntegrin / Complex / SIGNALING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Jin M / Cheng Y / Nishimura SL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL134183 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Dynamic allostery drives autocrine and paracrine TGF-β signaling.
著者: Mingliang Jin / Robert I Seed / Guoqing Cai / Tiffany Shing / Li Wang / Saburo Ito / Anthony Cormier / Stephanie A Wankowicz / Jillian M Jespersen / Jody L Baron / Nicholas D Carey / Melody G ...著者: Mingliang Jin / Robert I Seed / Guoqing Cai / Tiffany Shing / Li Wang / Saburo Ito / Anthony Cormier / Stephanie A Wankowicz / Jillian M Jespersen / Jody L Baron / Nicholas D Carey / Melody G Campbell / Zanlin Yu / Phu K Tang / Pilar Cossio / Weihua Wen / Jianlong Lou / James Marks / Stephen L Nishimura / Yifan Cheng /
要旨: TGF-β, essential for development and immunity, is expressed as a latent complex (L-TGF-β) non-covalently associated with its prodomain and presented on immune cell surfaces by covalent association ...TGF-β, essential for development and immunity, is expressed as a latent complex (L-TGF-β) non-covalently associated with its prodomain and presented on immune cell surfaces by covalent association with GARP. Binding to integrin αvβ8 activates L-TGF-β1/GARP. The dogma is that mature TGF-β must physically dissociate from L-TGF-β1 for signaling to occur. Our previous studies discovered that αvβ8-mediated TGF-β autocrine signaling can occur without TGF-β1 release from its latent form. Here, we show that mice engineered to express TGF-β1 that cannot release from L-TGF-β1 survive without early lethal tissue inflammation, unlike those with TGF-β1 deficiency. Combining cryogenic electron microscopy with cell-based assays, we reveal a dynamic allosteric mechanism of autocrine TGF-β1 signaling without release where αvβ8 binding redistributes the intrinsic flexibility of L-TGF-β1 to expose TGF-β1 to its receptors. Dynamic allostery explains the TGF-β3 latency/activation mechanism and why TGF-β3 functions distinctly from TGF-β1, suggesting that it broadly applies to other flexible cell surface receptor/ligand systems.
履歴
登録2024年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43876.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43876.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈consensus map of avb8/L-TGF-b1/GARP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 512 pix.
= 601.19 Å		1.17 Å/pix.
x 512 pix.
= 601.19 Å		1.17 Å/pix.
x 512 pix.
= 601.19 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1742 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.66353655 - 1.2256756
平均 (標準偏差)-0.00024668057 (±0.013353941)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 601.1904 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B for the consensus map of avb8/L-TGF-b1/GARP

ファイルemd_43876_half_map_1.map
注釈half map B for the consensus map of avb8/L-TGF-b1/GARP
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A for the consensus map of avb8/L-TGF-b1/GARP

ファイルemd_43876_half_map_2.map
注釈half map A for the consensus map of avb8/L-TGF-b1/GARP
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : avb8/L-TGF-b1/GARP complex

全体名称: avb8/L-TGF-b1/GARP complex
要素
  • 複合体: avb8/L-TGF-b1/GARP complex
    • 複合体: avb8 complex
    • 複合体: L-TGF-b1/GARP complex

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超分子 #1: avb8/L-TGF-b1/GARP complex

超分子名称: avb8/L-TGF-b1/GARP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / 詳細: mixture of avb8 and L-TGF-b1/GARP
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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超分子 #2: avb8 complex

超分子名称: avb8 complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: L-TGF-b1/GARP complex

超分子名称: L-TGF-b1/GARP complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 68.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46771
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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