+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43629 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of phage DEV ejection proteins gp72:gp73 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | phage / bacteriophage / STRUCTURAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN / outer membrane protein / gp73 / gp74 / DEV | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein / N4 gp52-like protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Iglesias SM / Cingolani G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Res Sq / 年: 2024 タイトル: Integrative structural analysis of phage DEV reveals a genome ejection motor. 著者: Gino Cingolani / Ravi Lokareddy / Chun-Feng Hou / Francesca Forti / Stephano Iglesias / Fenglin Li / Mikhail Pavlenok / Michael Niederweis / Federica Briani 要旨: DEV is an obligatory lytic phage of the N4-like genus, recently reclassified as . The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3,398 amino acid virion-associated RNA polymerase. Here, we describe the ...DEV is an obligatory lytic phage of the N4-like genus, recently reclassified as . The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3,398 amino acid virion-associated RNA polymerase. Here, we describe the complete architecture of DEV, determined using a combination of cryo-electron microscopy localized reconstruction, biochemical methods, and genetic knockouts. We built de structures of all capsid factors and tail components involved in host attachment. We demonstrate that DEV long tail fibers are essential for infection of and dispensable for infecting mutants with a truncated lipopolysaccharide devoid of the O-antigen. We identified DEV ejection proteins and, unexpectedly, found that the giant DEV RNA polymerase, the hallmark of the family, is an ejection protein. We propose that DEV ejection proteins form a genome ejection motor across the host cell envelope and that these structural principles are conserved in all . | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43629.map.gz | 228.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-43629-v30.xml emd-43629.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43629_fsc.xml | 13.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43629.png | 35.9 KB | ||
マスクデータ | emd_43629_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-43629.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_43629_half_map_1.map.gz emd_43629_half_map_2.map.gz | 221.6 MB 221.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43629 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43629 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43629_validation.pdf.gz | 721.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_43629_full_validation.pdf.gz | 720.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43629_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43629_validation.cif.gz | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43629 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43629 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_43629_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43629_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43629_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV
全体 | 名称: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV
超分子 | 名称: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2034344 / 生物種: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-分子 #1: gp72
分子 | 名称: gp72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ) |
分子量 | 理論値: 57.183238 KDa |
配列 | 文字列: MAQEITWRNI GATVSPGSAS SMSAGTTGVQ QALGALGDII SRQQEMNVNN AKLQREANTQ SYLDQVAAST LEQLSNADYR SGLEAQRDA MGMNLDRAAT RDAITKQISA QQNQAAATQK FDDMQAEVGQ RGIVDQLRTL SAEGRAGEVN QILAEQQLIN E GEIRKELT ...文字列: MAQEITWRNI GATVSPGSAS SMSAGTTGVQ QALGALGDII SRQQEMNVNN AKLQREANTQ SYLDQVAAST LEQLSNADYR SGLEAQRDA MGMNLDRAAT RDAITKQISA QQNQAAATQK FDDMQAEVGQ RGIVDQLRTL SAEGRAGEVN QILAEQQLIN E GEIRKELT GVQDAIQNRQ YRAAGEQRAQ AAANRAAEAH SLSMAAGREN LAFTREQRDE LRRDRDEAKL VSGTIATTFQ DY DESRQAQ SEIMRIVGKE VGMPTDDQGM PDMSRASQDQ LDAFSNALNE AGVQANTSPT ERRNAVLKSL VDAGVSSKGI AQA KQEMEL RESLEGLAPQ DRTKVEATIG AVNAELDTLQ RTATEDYERE VARNPFVEPD KDPLGSVNKI VDKAVKSGFG WEGD RQDLN NMLVDFATNG IKLPDGRTAV VPSKLLEQAF NTTNTWLFKN AGDVEKRIIE LMTTDGMTQM REDAPTIREN FLKTV SDIA NQKRSNAVKV TRSAEREKGV TMDPTDDLTF ALRGRKR UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #2: N4 gp52-like protein
分子 | 名称: N4 gp52-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ) |
分子量 | 理論値: 16.639414 KDa |
配列 | 文字列: MAYPYSDMPF GVELDTSTLG SFGLGGPQTQ LQMQMPAVDV NAAASGSGGF MAGFSNIFSR DSMFGGVAPS GAQTGGWVLP ALGIGQAVF GAIGANRQQR AARDQLAESR RQFDMNYGAQ RQSINTNLED RQRARVASNP TAYESVDSYM ERNRIR UniProtKB: N4 gp52-like protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |