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- PDB-9bgm: Pseudomonas phage DEV neck and tail (portal, head-to-tail and tai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bgm
タイトルPseudomonas phage DEV neck and tail (portal, head-to-tail and tail tube proteins)
要素
  • gp75 tail tube
  • gp80 portal protein
  • gp83 head-to-tail
キーワードVIRAL PROTEIN / portal / tail hub / tail tube / complex / STRUCTURAL PROTEIN / gp75 / gp83 / gp80
機能・相同性Tail protein / N4 gp54-like protein / Portal protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Iglesias, S.M. / Hou, C.-F.D. / Li, F. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100888 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140733 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Integrative structural analysis of Pseudomonas phage DEV reveals a genome ejection motor.
著者: Ravi K Lokareddy / Chun-Feng David Hou / Francesca Forti / Stephano M Iglesias / Fenglin Li / Mikhail Pavlenok / David S Horner / Michael Niederweis / Federica Briani / Gino Cingolani /
要旨: DEV is an obligatory lytic Pseudomonas phage of the N4-like genus, recently reclassified as Schitoviridae. The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3398 amino acid virion-associated RNA polymerase ...DEV is an obligatory lytic Pseudomonas phage of the N4-like genus, recently reclassified as Schitoviridae. The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3398 amino acid virion-associated RNA polymerase (vRNAP). Here, we describe the complete architecture of DEV, determined using a combination of cryo-electron microscopy localized reconstruction, biochemical methods, and genetic knockouts. We built de novo structures of all capsid factors and tail components involved in host attachment. We demonstrate that DEV long tail fibers are essential for infection of Pseudomonas aeruginosa but dispensable for infecting mutants with a truncated lipopolysaccharide devoid of the O-antigen. We determine that DEV vRNAP is part of a three-gene operon conserved in 191 Schitoviridae genomes. We propose these three proteins are ejected into the host to form a genome ejection motor spanning the cell envelope. We posit that the design principles of the DEV ejection apparatus are conserved in all Schitoviridae.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: gp75 tail tube
b: gp83 head-to-tail
c: gp80 portal protein
A: gp75 tail tube
B: gp83 head-to-tail
C: gp80 portal protein
D: gp75 tail tube
E: gp83 head-to-tail
F: gp80 portal protein
G: gp75 tail tube
H: gp83 head-to-tail
I: gp80 portal protein
J: gp75 tail tube
K: gp83 head-to-tail
L: gp80 portal protein
M: gp75 tail tube
N: gp83 head-to-tail
O: gp80 portal protein
P: gp75 tail tube
Q: gp83 head-to-tail
R: gp80 portal protein
S: gp75 tail tube
T: gp83 head-to-tail
V: gp80 portal protein
W: gp75 tail tube
X: gp83 head-to-tail
Y: gp80 portal protein
Z: gp75 tail tube
d: gp83 head-to-tail
e: gp80 portal protein
f: gp75 tail tube
g: gp83 head-to-tail
h: gp80 portal protein
i: gp75 tail tube
j: gp83 head-to-tail
k: gp80 portal protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,738,50736
ポリマ－1,738,50736
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
gp75 tail tube


分子量: 35267.215 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8I3N9
#2: タンパク質
gp83 head-to-tail


分子量: 27868.934 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8I0C0
#3: タンパク質
gp80 portal protein


分子量: 81739.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8IC08
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Portal to tail complex of Pseudomonas phage DEV / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C12 (12回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3228 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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