[日本語] English
万見
- PDB-8vxq: Cryo-EM structure of phage DEV ejection proteins gp72:gp73 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vxq
タイトルCryo-EM structure of phage DEV ejection proteins gp72:gp73
要素
  • N4 gp52-like protein
  • gp72
キーワードVIRAL PROTEIN / phage / bacteriophage / STRUCTURAL PROTEIN / outer membrane protein / gp73 / gp74 / DEV
機能・相同性Uncharacterized protein / N4 gp52-like protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Iglesias, S.M. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM140733 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Integrative structural analysis of Pseudomonas phage DEV reveals a genome ejection motor.
著者: Ravi K Lokareddy / Chun-Feng David Hou / Francesca Forti / Stephano M Iglesias / Fenglin Li / Mikhail Pavlenok / David S Horner / Michael Niederweis / Federica Briani / Gino Cingolani /
要旨: DEV is an obligatory lytic Pseudomonas phage of the N4-like genus, recently reclassified as Schitoviridae. The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3398 amino acid virion-associated RNA polymerase ...DEV is an obligatory lytic Pseudomonas phage of the N4-like genus, recently reclassified as Schitoviridae. The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3398 amino acid virion-associated RNA polymerase (vRNAP). Here, we describe the complete architecture of DEV, determined using a combination of cryo-electron microscopy localized reconstruction, biochemical methods, and genetic knockouts. We built de novo structures of all capsid factors and tail components involved in host attachment. We demonstrate that DEV long tail fibers are essential for infection of Pseudomonas aeruginosa but dispensable for infecting mutants with a truncated lipopolysaccharide devoid of the O-antigen. We determine that DEV vRNAP is part of a three-gene operon conserved in 191 Schitoviridae genomes. We propose these three proteins are ejected into the host to form a genome ejection motor spanning the cell envelope. We posit that the design principles of the DEV ejection apparatus are conserved in all Schitoviridae.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2024
タイトル: Integrative structural analysis of phage DEV reveals a genome ejection motor.
著者: Gino Cingolani / Ravi Lokareddy / Chun-Feng Hou / Francesca Forti / Stephano Iglesias / Fenglin Li / Mikhail Pavlenok / Michael Niederweis / Federica Briani
要旨: DEV is an obligatory lytic phage of the N4-like genus, recently reclassified as . The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3,398 amino acid virion-associated RNA polymerase. Here, we describe the ...DEV is an obligatory lytic phage of the N4-like genus, recently reclassified as . The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3,398 amino acid virion-associated RNA polymerase. Here, we describe the complete architecture of DEV, determined using a combination of cryo-electron microscopy localized reconstruction, biochemical methods, and genetic knockouts. We built de structures of all capsid factors and tail components involved in host attachment. We demonstrate that DEV long tail fibers are essential for infection of and dispensable for infecting mutants with a truncated lipopolysaccharide devoid of the O-antigen. We identified DEV ejection proteins and, unexpectedly, found that the giant DEV RNA polymerase, the hallmark of the family, is an ejection protein. We propose that DEV ejection proteins form a genome ejection motor across the host cell envelope and that these structural principles are conserved in all .
履歴
登録2024年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
R: gp72
J: gp72
K: gp72
L: gp72
M: gp72
N: gp72
O: gp72
P: gp72
Q: gp72
A: N4 gp52-like protein
B: N4 gp52-like protein
C: N4 gp52-like protein
D: N4 gp52-like protein
E: N4 gp52-like protein
F: N4 gp52-like protein
G: N4 gp52-like protein
H: N4 gp52-like protein
I: N4 gp52-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)664,40418
ポリマ－664,40418
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質
gp72


分子量: 57183.238 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8HKQ8
#2: タンパク質
N4 gp52-like protein


分子量: 16639.414 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ)
参照: UniProt: A0A2K8I0A4
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Pseudomonas aeruginosa
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C9 (9回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61482 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00531950
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74442984
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.8894581
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0384644
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046003

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る