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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43611 | |||||||||
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タイトル | Human OGG1 bound at the nucleosomal super helical location +6 | |||||||||
マップデータ | Human OGG1 binds nucleosome at SHL 6 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nucleosome core particle containing 8-oxoG DNA damage / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | |||||||||
データ登録者 | You Q / Li H | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: Human 8-oxoguanine glycosylase OGG1 binds nucleosome at the dsDNA ends and the super-helical locations. 著者: Qinglong You / Xiang Feng / Yi Cai / Stephen B Baylin / Huilin Li / 要旨: The human glycosylase OGG1 extrudes and excises the oxidized DNA base 8-oxoguanine (8-oxoG) to initiate base excision repair and plays important roles in many pathological conditions such as cancer, ...The human glycosylase OGG1 extrudes and excises the oxidized DNA base 8-oxoguanine (8-oxoG) to initiate base excision repair and plays important roles in many pathological conditions such as cancer, inflammation, and neurodegenerative diseases. Previous structural studies have used a truncated protein and short linear DNA, so it has been unclear how full-length OGG1 operates on longer DNA or on nucleosomes. Here we report cryo-EM structures of human OGG1 bound to a 35-bp long DNA containing an 8-oxoG within an unmethylated Cp-8-oxoG dinucleotide as well as to a nucleosome with an 8-oxoG at super-helical location (SHL)-5. The 8-oxoG in the linear DNA is flipped out by OGG1, consistent with previous crystallographic findings with a 15-bp DNA. OGG1 preferentially binds near dsDNA ends at the nucleosomal entry/exit sites. Such preference may underlie the enzyme's function in DNA double-strand break repair. Unexpectedly, we find that OGG1 bends the nucleosomal entry DNA, flips an undamaged guanine, and binds to internal nucleosomal DNA sites such as SHL-5 and SHL+6. We suggest that the DNA base search mechanism by OGG1 may be chromatin context-dependent and that OGG1 may partner with chromatin remodelers to excise 8-oxoG at the nucleosomal internal sites. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43611.map.gz | 11.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43611-v30.xml emd-43611.xml | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43611.png | 57.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43611.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_43611_half_map_1.map.gz emd_43611_half_map_2.map.gz | 11.9 MB 11.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43611 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43611 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43611_validation.pdf.gz | 734.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43611_full_validation.pdf.gz | 734.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43611_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43611_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43611 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43611 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human OGG1 binds nucleosome at SHL 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.656 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Human OGG1 binds nucleosome at SHL 6 half map 1
ファイル | emd_43611_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Human OGG1 binds nucleosome at SHL 6 half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Human OGG1 binds nucleosome at SHL 6 half map 2
ファイル | emd_43611_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Human OGG1 binds nucleosome at SHL 6 half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of Human OGG1 with a 35 bp DNA duplex containing 8-oxoG
全体 | 名称: Complex of Human OGG1 with a 35 bp DNA duplex containing 8-oxoG |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Human OGG1 with a 35 bp DNA duplex containing 8-oxoG
超分子 | 名称: Complex of Human OGG1 with a 35 bp DNA duplex containing 8-oxoG タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 155394 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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