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万見
- EMDB-43533: Human liver-type glutaminase, bound with inhibitor Compound 968 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43533
タイトルHuman liver-type glutaminase, bound with inhibitor Compound 968
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrameric form of Glutaminase liver isoform, bound with Compound 968
    • タンパク質・ペプチド: Glutaminase liver isoform, mitochondrial
キーワードMetabolic / Cancer / HYDROLASE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Feng S / Aplin C / Nguyen T-TT / Milano SK / Cerione RA
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122575 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA201402 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1719875 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030470-01 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA223534 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Filament formation drives catalysis by glutaminase enzymes important in cancer progression.
著者: Shi Feng / Cody Aplin / Thuy-Tien T Nguyen / Shawn K Milano / Richard A Cerione /
要旨: The glutaminase enzymes GAC and GLS2 catalyze the hydrolysis of glutamine to glutamate, satisfying the 'glutamine addiction' of cancer cells. They are the targets of anti-cancer drugs; however, their ...The glutaminase enzymes GAC and GLS2 catalyze the hydrolysis of glutamine to glutamate, satisfying the 'glutamine addiction' of cancer cells. They are the targets of anti-cancer drugs; however, their mechanisms of activation and catalytic activity have been unclear. Here we demonstrate that the ability of GAC and GLS2 to form filaments is directly coupled to their catalytic activity and present their cryo-EM structures which provide a view of the conformational states essential for catalysis. Filament formation guides an 'activation loop' to assume a specific conformation that works together with a 'lid' to close over the active site and position glutamine for nucleophilic attack by an essential serine. Our findings highlight how ankyrin repeats on GLS2 regulate enzymatic activity, while allosteric activators stabilize, and clinically relevant inhibitors block, filament formation that enables glutaminases to catalyze glutaminolysis and support cancer progression.
履歴
登録2024年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43533.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.62 Å/pix.
x 300 pix.
= 184.5 Å		0.62 Å/pix.
x 300 pix.
= 184.5 Å		0.62 Å/pix.
x 300 pix.
= 184.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.615 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.64
最小 - 最大-39.465229999999998 - 41.274410000000003
平均 (標準偏差)0.000000000006895 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 184.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43533_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43533_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric form of Glutaminase liver isoform, bound with Compound 968

全体名称: Tetrameric form of Glutaminase liver isoform, bound with Compound 968
要素
  • 複合体: Tetrameric form of Glutaminase liver isoform, bound with Compound 968
    • タンパク質・ペプチド: Glutaminase liver isoform, mitochondrial

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超分子 #1: Tetrameric form of Glutaminase liver isoform, bound with Compound 968

超分子名称: Tetrameric form of Glutaminase liver isoform, bound with Compound 968
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glutaminase liver isoform, mitochondrial

分子名称: Glutaminase liver isoform, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutaminase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRSMKALQKA LSRAGSHCGR GGWGHPSRSP LLGGGVRHHL SEAAAQGRET PHSHQPQHQD HDSSESGMLS RLGDLLFYTI AEGQERIPI HKFTTALKAT GLQTSDPRLR DCMSEMHRVV QESSSGGLLD RDLFRKCVSS NIVLLTQAFR KKFVIPDFEE F TGHVDRIF ...文字列:
MRSMKALQKA LSRAGSHCGR GGWGHPSRSP LLGGGVRHHL SEAAAQGRET PHSHQPQHQD HDSSESGMLS RLGDLLFYTI AEGQERIPI HKFTTALKAT GLQTSDPRLR DCMSEMHRVV QESSSGGLLD RDLFRKCVSS NIVLLTQAFR KKFVIPDFEE F TGHVDRIF EDVKELTGGK VAAYIPQLAK SNPDLWGVSL CTVDGQRHSV GHTKIPFCLQ SCVKPLTYAI SISTLGTDYV HK FVGKEPS GLRYNKLSLN EEGIPHNPMV NAGAIVVSSL IKMDCNKAEK FDFVLQYLNK MAGNEYMGFS NATFQSEKET GDR NYAIGY YLKEKKCFPK GVDMMAALDL YFQLCSVEVT CESGSVMAAT LANGGICPIT GESVLSAEAV RNTLSLMHSC GMYD FSGQF AFHVGLPAKS AVSGAILLVV PNVMGMMCLS PPLDKLGNSH RGTSFCQKLV SLFNFHNYDN LRHCARKLDP RREGA EIRN KTVVNLLFAA YSGDVSALRR FALSAMDMEQ KDYDSRTALH VAAAEGHIEV VKFLIEACKV NPFAKDRWGN IPLDDA VQF NHLEVVKLLQ DYQDSYTLSE TQAEAAAEAL SKENLESMV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 48.5 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 263546
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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