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万見
- EMDB-43372: Subtomogram averaging structure of fascin bound to F-actin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43372
タイトルSubtomogram averaging structure of fascin bound to F-actin
マップデータLocal resolution filtered main map
試料
  • 複合体: Fascin crosslinked F-actin
    • タンパク質・ペプチド: Fascin 1
    • タンパク質・ペプチド: Alpha actin
キーワードCytoskeleton / F-actin crosslinker / F-actin bundle / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト) / Gallus gallus (ニワトリ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Gong R / Reynolds MJ / Alushin GM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM141044 米国
Other privateG-2020-14047 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Fascin structural plasticity mediates flexible actin bundle construction.
著者: Rui Gong / Matthew J Reynolds / Keith R Carney / Keith Hamilton / Tamara C Bidone / Gregory M Alushin /
要旨: Fascin cross-links actin filaments (F-actin) into bundles that support tubular membrane protrusions including filopodia and stereocilia. Fascin dysregulation drives aberrant cell migration during ...Fascin cross-links actin filaments (F-actin) into bundles that support tubular membrane protrusions including filopodia and stereocilia. Fascin dysregulation drives aberrant cell migration during metastasis, and fascin inhibitors are under development as cancer therapeutics. Here, we use cryo-EM, cryo-electron tomography coupled with custom denoising and computational modeling to probe human fascin-1's F-actin cross-linking mechanisms across spatial scales. Our fascin cross-bridge structure reveals an asymmetric F-actin binding conformation that is allosterically blocked by the inhibitor G2. Reconstructions of seven-filament hexagonal bundle elements, variability analysis and simulations show how structural plasticity enables fascin to bridge varied interfilament orientations, accommodating mismatches between F-actin's helical symmetry and bundle hexagonal packing. Tomography of many-filament bundles and modeling uncover geometric rules underlying emergent fascin binding patterns, as well as the accumulation of unfavorable cross-links that limit bundle size. Collectively, this work shows how fascin harnesses fine-tuned nanoscale structural dynamics to build and regulate micron-scale F-actin bundles.
履歴
登録2024年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43372.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43372.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local resolution filtered main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.6 Å/pix.
x 192 pix.
= 499.2 Å		2.6 Å/pix.
x 192 pix.
= 499.2 Å		2.6 Å/pix.
x 192 pix.
= 499.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 40.0
最小 - 最大-74.655820000000006 - 191.712299999999999
平均 (標準偏差)0.0000050765634 (±8.038171)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 499.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43372_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened, postprocessed map

ファイルemd_43372_additional_1.map
注釈Sharpened, postprocessed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Multibody refinement body 2. Postprocessed, masked, sharpened map

ファイルemd_43372_additional_2.map
注釈Multibody refinement body 2. Postprocessed, masked, sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Multibody refinement body 1. Postprocessed, masked, sharpened map

ファイルemd_43372_additional_3.map
注釈Multibody refinement body 1. Postprocessed, masked, sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_43372_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_43372_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fascin crosslinked F-actin

全体名称: Fascin crosslinked F-actin
要素
  • 複合体: Fascin crosslinked F-actin
    • タンパク質・ペプチド: Fascin 1
    • タンパク質・ペプチド: Alpha actin

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超分子 #1: Fascin crosslinked F-actin

超分子名称: Fascin crosslinked F-actin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.4 kDa/nm

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分子 #1: Fascin 1

分子名称: Fascin 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPLGSMTANG TAEAVQIQFG LINCGNKYLT AEAFGFKVNA SASSLKKKQI WTLEQPPDEA GSAAVCLRSH LGRYLAADKD GNVTCEREVP GPDCRFLIVA HDDGRWSLQS EAHRRYFGGT EDRLSCFAQT VSPAEKWSVH IAMHPQVNIY SVTRKRYAHL SARPADEIAV ...文字列:
GPLGSMTANG TAEAVQIQFG LINCGNKYLT AEAFGFKVNA SASSLKKKQI WTLEQPPDEA GSAAVCLRSH LGRYLAADKD GNVTCEREVP GPDCRFLIVA HDDGRWSLQS EAHRRYFGGT EDRLSCFAQT VSPAEKWSVH IAMHPQVNIY SVTRKRYAHL SARPADEIAV DRDVPWGVDS LITLAFQDQR YSVQTADHRF LRHDGRLVAR PEPATGYTLE FRSGKVAFRD CEGRYLAPSG PSGTLKAGKA TKVGKDELFA LEQSCAQVVL QAANERNVST RQGMDLSANQ DEETDQETFQ LEIDRDTKKC AFRTHTGKYW TLTATGGVQS TASSKNASCY FDIEWRDRRI TLRASNGKFV TSKKNGQLAA SVETAGDSEL FLMKLINRPI IVFRGEHGFI GCRKVTGTLD ANRSSYDVFQ LEFNDGAYNI KDSTGKYWTV GSDSAVTSSG DTPVDFFFEF CDYNKVAIKV GGRYLKGDHA GVLKASAETV DPASLWEY

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分子 #2: Alpha actin

分子名称: Alpha actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
配列文字列: DETTALVCDN GSGLVKAGFA GDDAPRAVFP SIVGRPRHQG VMVGMGQKDS YVGDEAQSKR GILTLKYPIE (HIC)GIITNWDDM EKIWHHTFYN ELRVAPEEHP TLLTEAPLNP KANREKMTQI MFETFNVPAM YVAIQAVLSL YASGRTTGIV LDSGDGVTHN ...文字列:
DETTALVCDN GSGLVKAGFA GDDAPRAVFP SIVGRPRHQG VMVGMGQKDS YVGDEAQSKR GILTLKYPIE (HIC)GIITNWDDM EKIWHHTFYN ELRVAPEEHP TLLTEAPLNP KANREKMTQI MFETFNVPAM YVAIQAVLSL YASGRTTGIV LDSGDGVTHN VPIYEGYALP HAIMRLDLAG RDLTDYLMKI LTERGYSFVT TAEREIVRDI KEKLCYVALD FENEMATAAS SSSLEKSYEL PDGQVITIGN ERFRCPETLF QPSFIGMESA GIHETTYNSI MKCDIDIRKD LYANNVMSGG TTMYPGIADR MQKEITALAP STMKIKIIAP PERKYSVWIG GSILASLSTF QQMWITKQEY DEAGPSIVHR KCF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.64 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 26000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 129948
抽出トモグラム数: 26 / 使用した粒子像数: 134733
詳細: Custom picking performed using neural-network-based approach.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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