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万見
- EMDB-43206: Constituent EM map: Focused refinement of Fab 7A9 in complex of N... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43206
タイトルConstituent EM map: Focused refinement of Fab 7A9 in complex of Nav1.7 and Fab 7A9
マップデータ
試料
  • 複合体: Nav1.7 in complex with Fab 7A9
    • 複合体: Nav1.7
      • タンパク質・ペプチド: Chimeric Nav1.7-NavAb
    • 複合体: anti-Nav1.7 Fab 7A9
      • タンパク質・ペプチド: Fab 7A9 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 7A9 light chain
キーワードantibody fragment / fab / protein engineering / ion channel / TRANSPORT PROTEIN
生物種Aliarcobacter butzleri RM4018 (バクテリア) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kung JE / Jao CC / Arthur CP / Sudhamsu J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Disulfi de constrained Fabs overcome target size limitation for high-resolution single-particle cryo-EM.
著者: Jennifer E Kung / Matthew C Johnson / Christine C Jao / Christopher P Arthur / Dimitry Tegunov / Alexis Rohou / Jawahar Sudhamsu /
要旨: High-resolution structures of proteins are critical to understanding molecular mechanisms of biological processes and in the discovery of therapeutic molecules. Cryo-EM has revolutionized structure ...High-resolution structures of proteins are critical to understanding molecular mechanisms of biological processes and in the discovery of therapeutic molecules. Cryo-EM has revolutionized structure determination of large proteins and their complexes, but a vast majority of proteins that underlie human diseases are small (< 50 kDa) and usually beyond its reach due to low signal-to-noise images and difficulties in particle alignment. Current strategies to overcome this problem increase the overall size of small protein targets using scaffold proteins that bind to the target, but are limited by inherent flexibility and not being bound to their targets in a rigid manner, resulting in the target being poorly resolved compared to the scaffolds. Here we present an iteratively engineered molecular design for transforming Fabs (antibody fragments), into conformationally rigid scaffolds (Rigid-Fabs) that, when bound to small proteins (~20 kDa), can enable high-resolution structure determination using cryo-EM. This design introduces multiple disulfide bonds at strategic locations, generates a well-folded Fab constrained into a rigid conformation and can be applied to Fabs from various species, isotypes and chimeric Fabs. We present examples of the Rigid Fab design enabling high-resolution (2.3-2.5 Å) structures of small proteins, Ang2 (26 kDa) and KRAS (21 kDa) by cryo-EM. The strategies for designing disulfide constrained Rigid Fabs in our work thus establish a general approach to overcome the target size limitation of single particle cryo-EM.
履歴
登録2023年12月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43206.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43206.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 374.28 Å		0.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 374.28 Å		0.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 374.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9357 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.43712774 - 0.9199656
平均 (標準偏差)-0.000621496 (±0.012655151)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 374.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43206_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43206_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43206_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nav1.7 in complex with Fab 7A9

全体名称: Nav1.7 in complex with Fab 7A9
要素
  • 複合体: Nav1.7 in complex with Fab 7A9
    • 複合体: Nav1.7
      • タンパク質・ペプチド: Chimeric Nav1.7-NavAb
    • 複合体: anti-Nav1.7 Fab 7A9
      • タンパク質・ペプチド: Fab 7A9 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 7A9 light chain

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超分子 #1: Nav1.7 in complex with Fab 7A9

超分子名称: Nav1.7 in complex with Fab 7A9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Aliarcobacter butzleri RM4018 (バクテリア)

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超分子 #2: Nav1.7

超分子名称: Nav1.7 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Aliarcobacter butzleri RM4018 (バクテリア)

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超分子 #3: anti-Nav1.7 Fab 7A9

超分子名称: anti-Nav1.7 Fab 7A9 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Chimeric Nav1.7-NavAb

分子名称: Chimeric Nav1.7-NavAb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aliarcobacter butzleri RM4018 (バクテリア)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: PRGSHMYLRI TNIVESSFFT KFIIYLIVLN MVTMMVEKEG QSQHMTEVLY WINVVFIILF TIEIILRIYV HRISFFKDPW SLFDFVVVII SIVGMFLADL IETYFVSPTL FRVIRLARIG RILRLVTAVP QMRKIVSALI SVIPGMLSVI ALMTLFFYIF AIMATQLFGE ...文字列:
PRGSHMYLRI TNIVESSFFT KFIIYLIVLN MVTMMVEKEG QSQHMTEVLY WINVVFIILF TIEIILRIYV HRISFFKDPW SLFDFVVVII SIVGMFLADL IETYFVSPTL FRVIRLARIG RILRLVTAVP QMRKIVSALI SVIPGMLSVI ALMTLFFYIF AIMATQLFGE RFPEWFGTLG ESFYTLFQVM TLESWSMGIV RPLMEVYPYA WVFFIPFIFV VTFVMINLVV AIIVDAMAIL NQKEEQHIID EVQSHEDNIN NEIIKLREEI VELKELIKTS LKN

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分子 #2: Fab 7A9 heavy chain

分子名称: Fab 7A9 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFS NYAMSWVRQT PEKRLEWVAT ISNGGRYTYY PDSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMSSLRSED TAMYYCARHL YRYDVGGALD YWGQGTSVTV SSAKTTAPSV YPLAPVCGDT TGSSVTLGCL VKGYFPEPVT LTWNSGSLSS ...文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFS NYAMSWVRQT PEKRLEWVAT ISNGGRYTYY PDSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMSSLRSED TAMYYCARHL YRYDVGGALD YWGQGTSVTV SSAKTTAPSV YPLAPVCGDT TGSSVTLGCL VKGYFPEPVT LTWNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVTSSTWPSQ SITCNVAHPA SSTKVDKKIE PRGPTIKP

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分子 #3: Fab 7A9 light chain

分子名称: Fab 7A9 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EIVLTQSPAL MAASPGEKVT ITCSVSLSIS SSNLFWYQQK SETSPKPWIY GTSKLASGVP VRFSGSGSGT SYSLTISSME AEDAATYYCQ QWSSHSFTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV LNSWTDQDSK ...文字列:
EIVLTQSPAL MAASPGEKVT ITCSVSLSIS SSNLFWYQQK SETSPKPWIY GTSKLASGVP VRFSGSGSGT SYSLTISSME AEDAATYYCQ QWSSHSFTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV LNSWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTris
100.0 mMsodium chlorideNaCl
0.042 %GDN
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
詳細: grid was treated overnight with 4 mM monothiolalkane(C11)PEG6-OH (11-mercaptoundecyl) hexaethyleneglycol then rinsed in ethanol prior to sample application
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 391335
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6n4q

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ek0

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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