PDB-8veg: Crystal structure of an engineered conformationally rigid anti-Tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8veg

タイトル

Crystal structure of an engineered conformationally rigid anti-Tryptase Fab variant E104.v1.4DS.S112F

要素

Fab E104.v1.4DS.S112F heavy chain
Fab E104.v1.4DS.S112F light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody fragment / fab / protein engineering / tryptase

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kung, J.E. / Sudhamsu, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Disulfi de constrained Fabs overcome target size limitation for high-resolution single-particle cryo-EM.
著者: Jennifer E Kung / Matthew C Johnson / Christine C Jao / Christopher P Arthur / Dimitry Tegunov / Alexis Rohou / Jawahar Sudhamsu /

要旨: High-resolution structures of proteins are critical to understanding molecular mechanisms of biological processes and in the discovery of therapeutic molecules. Cryo-EM has revolutionized structure ...

履歴

登録	2023年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8veg.cif.gz	183.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8veg.ent.gz	145.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8veg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8veg_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8veg_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	8veg_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	8veg_validation.cif.gz	29.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8veg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8veg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	43200C 43201C 43202C 43203C 43204C 43205C 43206C 43207C 43208C 43209C 43210C 43211C 43212C 43213C 43214C 43215C 43216C 43217C 43218C 43219C 43220C 43221C 8vgeC 8vgfC 8vggC 8vghC 8vgiC 8vgjC 8vgkC 8vglC 8vgmC 8vgnC 8vgoC 8vgpC 8vgqC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab E104.v1.4DS.S112F light chain

B: Fab E104.v1.4DS.S112F heavy chain

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.342, 116.342, 136.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: 抗体	Fab E104.v1.4DS.S112F light chain 分子量: 23603.307 Da / 分子数: 1 / 変異: P80C, S171C, P40C, E165C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab E104.v1.4DS.S112F heavy chain 分子量: 25307.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M Na citrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.24 Å / Num. obs: 717900 / % possible obs: 99.05 % / 冗長度: 19.3 % / B_iso Wilson estimate: 42.38 Å² / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.07047 / Net I/σ(I): 27.52
反射シェル	解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 19.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 71762 / CC_1/2: 0.854 / R_sym value: 1.623 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20rc3-4406_final	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→47.24 Å / SU ML: 0.2895 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.247
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2374	2000	5.41 %
R_work	0.2085	34945	-
obs	0.21	36945	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3164	0	0	200	3364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0053	3295
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9187	4494
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0575	521
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0155	570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.7329	1184

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3864	141	0.3194	2468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.11	0.3292	142	0.2993	2479	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.11-2.17	0.308	141	0.2525	2467	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.17-2.24	0.3169	136	0.27	2377	X-RAY DIFFRACTION	95.88
2.24-2.32	0.3937	131	0.3555	2267	X-RAY DIFFRACTION	91.81
2.32-2.41	0.2836	141	0.2612	2475	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.41-2.52	0.2643	143	0.2404	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.65	0.2568	142	0.2284	2502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.2587	143	0.2287	2491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.04	0.2529	144	0.2315	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.34	0.3078	145	0.2114	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.83	0.2215	146	0.193	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.83-4.82	0.164	148	0.1576	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.82-47.24	0.2036	157	0.1875	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8234	-1.7293	-2.262	8.7501	0.9762	5.8504	-0.0198	-0.1712	-0.013	0.2707	0.1118	0.7102	-0.148	-0.1113	-0.1093	0.2293	-0.054	-0.0198	0.2251	-0.0236	0.4029	-52.672	-30.926	-10.964
2	5.3329	-0.7826	-1.3553	7.4587	0.0357	5.448	0.2304	0.0538	0.3867	0.5377	-0.1148	1.1727	-0.696	-0.6159	-0.0682	0.4708	0.0206	0.0328	0.3106	-0.03	0.5617	-53.513	-16.505	-8.49
3	2.9435	1.9389	0.6533	4.1226	1.2537	3.6857	-0.0201	0.3179	0.3342	-0.202	0.0525	0.4758	-0.3117	-0.2326	-0.0217	0.3527	0.0259	-0.0733	0.3022	0.0292	0.4483	-52.021	-21.236	-17.688
4	5.5442	-0.596	0.6337	7.3765	2.9012	7.6688	0.221	0.3818	0.4455	-0.3001	0.2123	0.1078	-0.2642	0.2793	-0.3812	0.2451	-0.0452	-0.0166	0.2366	0.0299	0.3588	-47.422	-27.902	-17.761
5	1.4417	-1.8005	-0.4869	2.7849	-0.4066	2.5162	0.3298	-1.2102	0.7229	0.5062	-0.6915	0.3458	-0.2906	-0.8048	0.0698	0.5054	-0.0353	0.034	0.6545	-0.3485	0.7091	-49.832	-15.779	-2.001
6	0.9658	-1.0861	0.0869	1.6862	0.3804	0.7951	0.6051	0.8383	-0.5745	-0.4272	-0.1941	-0.444	-0.0704	0.2894	-0.3933	0.4945	0.0812	0.0188	0.6518	-0.3149	0.6911	-25.234	-39.957	-22.568
7	6.9646	-0.8275	-0.316	2.1664	1.3619	1.1629	0.2801	0.6943	-1.1901	0.0657	-0.0961	0.0586	0.2052	0.0632	-0.0967	0.5399	0.1362	-0.1291	0.4956	-0.2919	0.6421	-25.065	-45.605	-20.125
8	6.1826	-0.6288	0.8678	3.4476	-0.1045	2.4974	0.0796	0.1993	-0.261	0.3488	-0.0606	-0.1583	0.0588	-0.3998	0.0041	0.4984	0.0795	-0.0548	0.5005	-0.139	0.4372	-27.749	-42.286	-19.044
9	0.6398	-1.6099	-0.759	4.538	1.3127	2.1965	0.3852	0.7733	-0.9743	-0.1273	0.2141	-0.8437	0.0332	0.5835	-0.3368	0.5393	0.1714	-0.1151	0.6967	-0.3703	0.9074	-16.549	-49.223	-21.445
10	4.9167	-1.0466	1.4007	7.8822	-1.6943	3.6983	-0.1635	0.1154	0.3635	-0.2438	0.2217	-0.2945	-0.2626	0.0859	-0.0191	0.4147	-0.0625	0.0288	0.3298	-0.0381	0.3208	-29.55	-8.121	-11.618
11	1.7309	-1.744	-0.841	5.171	1.4355	1.1251	-0.1212	-0.0068	-0.0514	0.1385	0.1443	0.1304	-0.0373	0.1563	-0.0061	0.3953	-0.0252	-0.0341	0.2639	-0.0095	0.2577	-32.205	-14.507	-7.841
12	3.3896	1.0714	0.4037	1.2961	1.3966	4.8533	-0.2615	0.6948	0.4362	-1.0624	0.2361	0.0748	-1.2704	0.1318	0.0085	1.0602	0.0447	-0.0504	0.6546	0.0432	0.4095	-20.122	-27.722	-21.373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:25 )	A	2 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 26:38 )	A	26 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 39:75 )	A	39 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 76:91 )	A	76 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 92:103 )	A	92 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 104:130 )	A	104 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 131:152 )	A	131 - 152
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 153:176 )	A	153 - 176
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 177:212 )	A	177 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 2:34 )	B	2 - 34
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 35:150 )	B	35 - 150
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 151:218 )	B	151 - 218

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)