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万見
- EMDB-4304: Cryo-EM subtomogram average of IFT complex A in anterograde IFT t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4304
タイトルCryo-EM subtomogram average of IFT complex A in anterograde IFT trains (Chlamydomonas reinhardtii)
マップデータCryo-EM subtomogram average of IFT complex A in anterograde IFT trains (Chlamydomonas reinhartdii)
試料
  • 複合体: Intraflagellar transport complex A
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of eating behavior / protein localization to non-motile cilium / smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / regulation of intraciliary retrograde transport / forebrain dorsal/ventral pattern formation / ear morphogenesis / intraciliary anterograde transport / cone photoreceptor outer segment / digestive system development ...negative regulation of eating behavior / protein localization to non-motile cilium / smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / regulation of intraciliary retrograde transport / forebrain dorsal/ventral pattern formation / ear morphogenesis / intraciliary anterograde transport / cone photoreceptor outer segment / digestive system development / intraciliary transport particle A / embryonic heart tube left/right pattern formation / embryonic body morphogenesis / photoreceptor cell outer segment organization / neural tube patterning / protein localization to ciliary membrane / cerebellar Purkinje cell differentiation / intraciliary retrograde transport / embryonic camera-type eye development / establishment of protein localization to organelle / gonad development / intraciliary transport / spinal cord dorsal/ventral patterning / regulation of cilium assembly / photoreceptor connecting cilium / ciliary tip / ventricular system development / Intraflagellar transport / camera-type eye morphogenesis / embryonic brain development / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic heart tube development / embryonic cranial skeleton morphogenesis / non-motile cilium / embryonic forelimb morphogenesis / nervous system process / determination of left/right symmetry / embryonic limb morphogenesis / limb development / motile cilium / embryonic digit morphogenesis / smoothened signaling pathway / receptor clustering / Bergmann glial cell differentiation / centriolar satellite / axoneme / cilium assembly / photoreceptor outer segment / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / centriole / cellular response to leukemia inhibitory factor / ciliary basal body / neural tube closure / cell morphogenesis / cilium / microtubule cytoskeleton / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heart development / protein-containing complex assembly / in utero embryonic development / cytoskeleton / intracellular signal transduction / centrosome / positive regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intraflagellar transport protein 43 / Intraflagellar transport protein 43 / Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / WDR19 second beta-propeller / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat ...Intraflagellar transport protein 43 / Intraflagellar transport protein 43 / Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / WDR19 second beta-propeller / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetratricopeptide repeat protein 21B / WD repeat-containing protein 19 / Intraflagellar transport protein 43 homolog / Intraflagellar transport protein 140 homolog / Intraflagellar transport protein 122 homolog / WD repeat-containing protein 35
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Pigino G / Jordan MA
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2018
タイトル: The cryo-EM structure of intraflagellar transport trains reveals how dynein is inactivated to ensure unidirectional anterograde movement in cilia.
著者: Mareike A Jordan / Dennis R Diener / Ludek Stepanek / Gaia Pigino /
要旨: Movement of cargos along microtubules plays key roles in diverse cellular processes, from signalling to mitosis. In cilia, rapid movement of ciliary components along the microtubules to and from the ...Movement of cargos along microtubules plays key roles in diverse cellular processes, from signalling to mitosis. In cilia, rapid movement of ciliary components along the microtubules to and from the assembly site is essential for the assembly and disassembly of the structure itself. This bidirectional transport, known as intraflagellar transport (IFT), is driven by the anterograde motor kinesin-2 and the retrograde motor dynein-1b (dynein-2 in mammals). However, to drive retrograde transport, dynein-1b must first be delivered to the ciliary tip by anterograde IFT. Although, the presence of opposing motors in bidirectional transport processes often leads to periodic stalling and slowing of cargos, IFT is highly processive. Using cryo-electron tomography, we show that a tug-of-war between kinesin-2 and dynein-1b is prevented by loading dynein-1b onto anterograde IFT trains in an autoinhibited form and by positioning it away from the microtubule track to prevent binding. Once at the ciliary tip, dynein-1b must transition into an active form and engage microtubules to power retrograde trains. These findings provide a striking example of how coordinated structural changes mediate the behaviour of complex cellular machinery.
履歴
登録2018年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月28日-
マップ公開2018年10月31日-
更新2018年11月7日-
現状2018年11月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.512
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.512
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4304_1.png

emd_4304_2.png

emd_4304_3.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4304.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 48.8 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM subtomogram average of IFT complex A in anterograde IFT trains (Chlamydomonas reinhartdii)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
14.13 Å/pix.
x 33 pix.
= 466.29 Å		14.13 Å/pix.
x 17 pix.
= 240.21 Å		14.13 Å/pix.
x 22 pix.
= 310.86 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 14.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.512 / ムービー #1: 0.512
最小 - 最大-2.6606517 - 2.8285213
平均 (標準偏差)0.0071905465 (±0.53182364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-10-8-7
サイズ172233
Spacing221733
セルA: 310.86002 Å / B: 240.21 Å / C: 466.29 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z14.1314.1314.13
M x/y/z221733
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z310.860240.210466.290
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-8-10-7
NC/NR/NS221733
D min/max/mean-2.6612.8290.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Intraflagellar transport complex A

全体名称: Intraflagellar transport complex A
要素
  • 複合体: Intraflagellar transport complex A

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超分子 #1: Intraflagellar transport complex A

超分子名称: Intraflagellar transport complex A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-124

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態2D array

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 2.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.11.0) / 使用したサブトモグラム数: 1450
抽出トモグラム数: 15 / 使用した粒子像数: 750
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFPHASEFLIP
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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