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- EMDB-4292: CryoEM structure of bovine cytochrome bc1 in complex with the ant... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4292
タイトルCryoEM structure of bovine cytochrome bc1 in complex with the anti-malarial inhibitor SCR0911
マップデータThe cryoEM map of bovine cytochrome bc1 in complex with the anti-malarial inhibitor SCR0911
試料
  • 複合体: Cytochrome bc1 in complex with the antimalarial inhibitor SCR0911
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 3種
キーワードCryo-EM / Inhibitor binding / Membrane protein / cytochrome bc1
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / Respiratory electron transport / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / Respiratory electron transport / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / hypothalamus development / midbrain development / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / hippocampus development / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit ...Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Johnson RM / Amporndanai K
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust109158/B/15/Z 英国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018
タイトル: X-ray and cryo-EM structures of inhibitor-bound cytochrome complexes for structure-based drug discovery.
著者: Kangsa Amporndanai / Rachel M Johnson / Paul M O'Neill / Colin W G Fishwick / Alexander H Jamson / Shaun Rawson / Stephen P Muench / S Samar Hasnain / Svetlana V Antonyuk /
要旨: Cytochrome , a dimeric multi-subunit electron-transport protein embedded in the inner mitochondrial membrane, is a major drug target for the treatment and prevention of malaria and toxoplasmosis. ...Cytochrome , a dimeric multi-subunit electron-transport protein embedded in the inner mitochondrial membrane, is a major drug target for the treatment and prevention of malaria and toxoplasmosis. Structural studies of cytochrome from mammalian homologues co-crystallized with lead compounds have underpinned structure-based drug design to develop compounds with higher potency and selectivity. However, owing to the limited amount of cytochrome that may be available from parasites, all efforts have been focused on homologous cytochrome complexes from mammalian species, which has resulted in the failure of some drug candidates owing to toxicity in the host. Crystallographic studies of the native parasite proteins are not feasible owing to limited availability of the proteins. Here, it is demonstrated that cytochrome is highly amenable to single-particle cryo-EM (which uses significantly less protein) by solving the apo and two inhibitor-bound structures to ∼4.1 Å resolution, revealing clear inhibitor density at the binding site. Therefore, cryo-EM is proposed as a viable alternative method for structure-based drug discovery using both host and parasite enzymes.
履歴
登録2018年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月28日-
マップ公開2018年2月28日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6fo6
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4292.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The cryoEM map of bovine cytochrome bc1 in complex with the anti-malarial inhibitor SCR0911
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 213.4 Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 213.4 Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 213.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.173 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.29736277 - 0.50962996
平均 (標準偏差)0.0053986567 (±0.02665513)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 213.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0671.0671.067
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z213.400213.400213.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.2970.5100.005

-
添付データ

-
追加マップ: The unsharpened map for SCR0911-bound bc1.

ファイルemd_4292_additional.map
注釈The unsharpened map for SCR0911-bound bc1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: The first half map for SCR0911-bound bc1.

ファイルemd_4292_half_map_1.map
注釈The first half map for SCR0911-bound bc1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: A second map for SCR0911-bound bc1.

ファイルemd_4292_half_map_2.map
注釈A second map for SCR0911-bound bc1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome bc1 in complex with the antimalarial inhibitor SCR0911

全体名称: Cytochrome bc1 in complex with the antimalarial inhibitor SCR0911
要素
  • 複合体: Cytochrome bc1 in complex with the antimalarial inhibitor SCR0911
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 7-methoxy-3-methyl-2-[5-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyridin-3-yl]quinolin-4-ol
  • リガンド: HEME C

+
超分子 #1: Cytochrome bc1 in complex with the antimalarial inhibitor SCR0911

超分子名称: Cytochrome bc1 in complex with the antimalarial inhibitor SCR0911
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart / 細胞中の位置: Mitochondria
分子量理論値: 480 KDa

+
分子 #1: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 29.586842 KDa
配列文字列: MLSVAARSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLV QAAVPATSES PVLDLKRSVL CRESLRGQAA GRPLVASVSL NVPASVRYSH TDIKVPDFS DYRRPEVLDS TKSSKESSEA RKGFSYLVTA TTTVGVAYAA KNVVSQFVSS MSASADVLAM SKIEIKLSDI P EGKNMAFK ...文字列:
MLSVAARSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLV QAAVPATSES PVLDLKRSVL CRESLRGQAA GRPLVASVSL NVPASVRYSH TDIKVPDFS DYRRPEVLDS TKSSKESSEA RKGFSYLVTA TTTVGVAYAA KNVVSQFVSS MSASADVLAM SKIEIKLSDI P EGKNMAFK WRGKPLFVRH RTKKEIDQEA AVEVSQLRDP QHDLERVKKP EWVILIGVCT HLGCVPIANA GDFGGYYCPC HG SHYDASG RIRKGPAPLN LEVPSYEFTS DDMVIVG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 52.79641 KDa
配列文字列: MAASAVCRAA GAGTRVLLRT RRSPALLRSS DLRGTATYAQ ALQSVPETQV SQLDNGLRVA SEQSSQPTCT VGVWIDAGSR YESEKNNGA GYFVEHLAFK GTKNRPGNAL EKEVESMGAH LNAYSTREHT AYYIKALSKD LPKAVELLAD IVQNCSLEDS Q IEKERDVI ...文字列:
MAASAVCRAA GAGTRVLLRT RRSPALLRSS DLRGTATYAQ ALQSVPETQV SQLDNGLRVA SEQSSQPTCT VGVWIDAGSR YESEKNNGA GYFVEHLAFK GTKNRPGNAL EKEVESMGAH LNAYSTREHT AYYIKALSKD LPKAVELLAD IVQNCSLEDS Q IEKERDVI LQELQENDTS MRDVVFNYLH ATAFQGTPLA QSVEGPSENV RKLSRADLTE YLSRHYKAPR MVLAAAGGLE HR QLLDLAQ KHFSGLSGTY DEDAVPTLSP CRFTGSQICH REDGLPLAHV AIAVEGPGWA HPDNVALQVA NAIIGHYDCT YGG GAHLSS PLASIAATNK LCQSFQTFNI CYADTGLLGA HFVCDHMSID DMMFVLQGQW MRLCTSATES EVLRGKNLLR NALV SHLDG TTPVCEDIGR SLLTYGRRIP LAEWESRIAE VDARVVREVC SKYFYDQCPA VAGFGPIEQL PDYNRIRSGM FWLRF

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

+
分子 #3: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 48.203434 KDa
配列文字列: MKLLTRAGSL SRFYSLKVAP KVKATEAPAG VPPHPQDLEF TRLPNGLVIA SLENYAPASR IGLFIKAGSR YENSNNLGTS HLLRLASSL TTKGASSFKI TRGIEAVGGK LSVTSTRENM AYTVECLRDD VDILMEFLLN VTTAPEFRRW EVAALQPQLR I DKAVALQN ...文字列:
MKLLTRAGSL SRFYSLKVAP KVKATEAPAG VPPHPQDLEF TRLPNGLVIA SLENYAPASR IGLFIKAGSR YENSNNLGTS HLLRLASSL TTKGASSFKI TRGIEAVGGK LSVTSTRENM AYTVECLRDD VDILMEFLLN VTTAPEFRRW EVAALQPQLR I DKAVALQN PQAHVIENLH AAAYRNALAN SLYCPDYRIG KVTPVELHDY VQNHFTSARM ALIGLGVSHP VLKQVAEQFL NI RGGLGLS GAKAKYHGGE IREQNGDSLV HAALVAESAA IGSAEANAFS VLQHVLGAGP HVKRGSNATS SLYQAVAKGV HQP FDVSAF NASYSDSGLF GFYTISQAAS AGDVIKAAYN QVKTIAQGNL SNPDVQAAKN KLKAGYLMSV ESSEGFLDEV GSQA LAAGS YTPPSTVLQQ IDAVADADVI NAAKKFVSGR KSMAASGNLG HTPFIDEL

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #4: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 42.62034 KDa
配列文字列: MTNIRKSHPL MKIVNNAFID LPAPSNISSW WNFGSLLGIC LILQILTGLF LAMHYTSDTT TAFSSVTHIC RDVNYGWIIR YMHANGASM FFICLYMHVG RGLYYGSYTF LETWNIGVIL LLTVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTN L VEWIWGGF ...文字列:
MTNIRKSHPL MKIVNNAFID LPAPSNISSW WNFGSLLGIC LILQILTGLF LAMHYTSDTT TAFSSVTHIC RDVNYGWIIR YMHANGASM FFICLYMHVG RGLYYGSYTF LETWNIGVIL LLTVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTN L VEWIWGGF SVDKATLTRF FAFHFILPFI IMAIAMVHLL FLHETGSNNP TGISSDVDKI PFHPYYTIKD ILGALLLILA LM LLVLFAP DLLGDPDNYT PANPLNTPPH IKPEWYFLFA YAILRSIPNK LGGVLALAFS ILILALIPLL HTSKQRSMMF RPL SQCLFW ALVADLLTLT WIGGQPVEHP YITIGQLASV LYFLLILVLM PTAGTIENKL LKW

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #5: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 35.34377 KDa
配列文字列: MAAAAATLRG AMVGPRGAGL PGARARGLLC GARPGQLPLR TPQAVSLSSK SGLSRGRKVI LSALGMLAAG GAGLAVALHS AVSASDLEL HPPSYPWSHR GLLSSLDHTS IRRGFQVYKQ VCSSCHSMDY VAYRHLVGVC YTEDEAKALA EEVEVQDGPN E DGEMFMRP ...文字列:
MAAAAATLRG AMVGPRGAGL PGARARGLLC GARPGQLPLR TPQAVSLSSK SGLSRGRKVI LSALGMLAAG GAGLAVALHS AVSASDLEL HPPSYPWSHR GLLSSLDHTS IRRGFQVYKQ VCSSCHSMDY VAYRHLVGVC YTEDEAKALA EEVEVQDGPN E DGEMFMRP GKLSDYFPKP YPNPEAARAA NNGALPPDLS YIVRARHGGE DYVFSLLTGY CEPPTGVSLR EGLYFNPYFP GQ AIGMAPP IYNEVLEFDD GTPATMSQVA KDVCTFLRWA AEPEHDHRKR MGLKMLLMMG LLLPLVYAMK RHKWSVLKSR KLA YRPPK

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 13.502387 KDa
配列文字列:
MAGRPAVSAS SRWLEGIRKW YYNAAGFNKL GLMRDDTIHE NDDVKEAIRR LPENLYDDRV FRIKRALDLS MRQQILPKEQ WTKYEEDKS YLEPYLKEVI RERKEREEWA KK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 9.737223 KDa
配列文字列:
MGRQFGHLTR VRHVITYSLS PFEQRAFPHY FSKGIPNVLR RTRACILRVA PPFVAFYLVY TWGTQEFEKS KRKNPAAYEN DR

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 10.638744 KDa
配列文字列:
MGLEDEQRML TGSGDPKEEE EEEEELVDPL TTVREQCEQL EKCVKARERL ELCDERVSSR SQTEEDCTEE LLDFLHARDH CVAHKLFNS LK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.469621 KDa
配列文字列:
MVAPTLTARL YSLLFRRTST FALTIVVGAL FFERAFDQGA DAIYEHINEG KLWKHIKHKY ENKE

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

+
分子 #10: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #11: 7-methoxy-3-methyl-2-[5-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyridin-3-y...

分子名称: 7-methoxy-3-methyl-2-[5-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyridin-3-yl]quinolin-4-ol
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: DY2
分子量理論値: 426.388 Da
Chemical component information

ChemComp-DY2:
7-methoxy-3-methyl-2-[5-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyridin-3-yl]quinolin-4-ol

+
分子 #12: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris-HCl
100.0 mMSodium chlorideNaCl
0.5 mMEDTA
0.01 %LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blot for 6 seconds with a blot force of 6 before plunge-freezing.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7893 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 85.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 79000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 629258
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5d6u


詳細: The pdb file of an existing crystal structure was back-filtered to 60 A.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 114130
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6fo6:
CryoEM structure of bovine cytochrome bc1 in complex with the anti-malarial inhibitor SCR0911

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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