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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42692 | |||||||||
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タイトル | K9me3-H2A.Z nucleosome from focus refinement of the HP1-H2A.Z nucleosome complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | heterochromatin / nucleosome / chromatin / GENE REGULATION / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Tan D | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of human HP1 in complex with H2A.Z nucleosome 著者: Tan D / Sokolova V | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42692.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42692-v30.xml emd-42692.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42692_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42692.png | 73.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42692.cif.gz | 4 KB | ||
その他 | emd_42692_half_map_1.map.gz emd_42692_half_map_2.map.gz | 49.9 MB 49.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42692 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42692 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42692_validation.pdf.gz | 843.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42692_full_validation.pdf.gz | 843.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42692_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42692_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42692 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42692 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42692.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HP1alpha dimer bound to H2A.Z nucleosome
全体 | 名称: HP1alpha dimer bound to H2A.Z nucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1: HP1alpha dimer bound to H2A.Z nucleosome
超分子 | 名称: HP1alpha dimer bound to H2A.Z nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3-#6, #10-#11 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 288 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |