EMDB-42690: Heterochromatin protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-42690

タイトル

Heterochromatin protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome(focused refined map)

マップデータ

試料

複合体: HP1alpha dimer bound to H2A.Z nucleosome

キーワード

heterochromatin / nucleosome / chromatin / GENE REGULATION / STRUCTURAL PROTEIN

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å

データ登録者

Tan D

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human HP1 in complex with H2A.Z nucleosome
著者: Tan D / Sokolova V

履歴

登録	2023年11月8日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年9月25日	-
マップ公開	2024年9月25日	-
更新	2024年9月25日	-
現状	2024年9月25日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_42690.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_42690.map.gz	57.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-42690-v30.xml emd-42690.xml	14.1 KB 14.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_42690.png	59.5 KB
Filedesc metadata	emd-42690.cif.gz	4 KB
その他	emd_42690_half_map_1.map.gz emd_42690_half_map_2.map.gz	49.9 MB 49.9 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42690 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42690	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_42690_validation.pdf.gz	845.3 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_42690_full_validation.pdf.gz	844.8 KB	表示
XML形式データ	emd_42690_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	emd_42690_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42690 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42690	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	42692C 42773C 42774C 8uxqC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_42690.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.08 Å/pix. x 256 pix. = 276.48 Å	1.08 Å/pix. x 256 pix. = 276.48 Å	1.08 Å/pix. x 256 pix. = 276.48 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.08 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.00475
最小 - 最大	-0.0059201345 - 0.026891233
平均 (標準偏差)	-0.000011219434 (±0.0011105298)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : HP1alpha dimer bound to H2A.Z nucleosome

全体	名称: HP1alpha dimer bound to H2A.Z nucleosome
要素	複合体: HP1alpha dimer bound to H2A.Z nucleosome

-
超分子 #1: HP1alpha dimer bound to H2A.Z nucleosome

超分子	名称: HP1alpha dimer bound to H2A.Z nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3-#6, #10-#11
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量	理論値: 288 MDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Alphafold
最終再構成	使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 74257
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類	クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 23000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)

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原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 5973 Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化	プロトコル: FLEXIBLE FIT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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