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- EMDB-4190: A mechanism for the activation of the influenza virus transcriptase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4190
タイトルA mechanism for the activation of the influenza virus transcriptase
マップデータEM map of influenza C virus RNA dependent RNA polymerase bound to promoter vRNA
試料
  • 複合体: Influenza C virus polymerase bound to promoter vRNA
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • RNA: 3' promoter vRNA
    • RNA: 5' promoter vRNA
キーワードinfluenza virus RNA dependent RNA polymerase / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) / Influenza B virus (B/Memphis/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Serna Martin I / Grimes JM
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K000241/1 英国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust092931/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2018
タイトル: A Mechanism for the Activation of the Influenza Virus Transcriptase.
著者: Itziar Serna Martin / Narin Hengrung / Max Renner / Jane Sharps / Mónica Martínez-Alonso / Simonas Masiulis / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor /
要旨: Influenza virus RNA polymerase (FluPol), a heterotrimer composed of PB1, PB2, and PA subunits (P3 in influenza C), performs both transcription and replication of the viral RNA genome. For ...Influenza virus RNA polymerase (FluPol), a heterotrimer composed of PB1, PB2, and PA subunits (P3 in influenza C), performs both transcription and replication of the viral RNA genome. For transcription, FluPol interacts with the C-terminal domain (CTD) of RNA polymerase II (Pol II), which enables FluPol to snatch capped RNA primers from nascent host RNAs. Here, we describe the co-crystal structure of influenza C virus polymerase (FluPol) bound to a Ser5-phosphorylated CTD (pS-CTD) peptide. The position of the CTD-binding site at the interface of PB1, P3, and the flexible PB2 C-terminal domains suggests that CTD binding stabilizes the transcription-competent conformation of FluPol. In agreement, both cap snatching and capped primer-dependent transcription initiation by FluPol are enhanced in the presence of pS-CTD. Mutations of amino acids in the CTD-binding site reduce viral mRNA synthesis. We propose a model for the activation of the influenza virus transcriptase through its association with pS-CTD of Pol II.
履歴
登録2017年12月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月17日-
マップ公開2018年6月27日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0267
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0267
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6f5o
  • 表面レベル: 0.0267
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4190.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of influenza C virus RNA dependent RNA polymerase bound to promoter vRNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 160 pix.
= 216. Å		1.35 Å/pix.
x 160 pix.
= 216. Å		1.35 Å/pix.
x 160 pix.
= 216. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0267 / ムービー #1: 0.0267
最小 - 最大-0.07689935 - 0.114877686
平均 (標準偏差)0.0012038854 (±0.007842474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 216.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z216.000216.000216.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0770.1150.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Influenza C virus polymerase bound to promoter vRNA

全体名称: Influenza C virus polymerase bound to promoter vRNA
要素
  • 複合体: Influenza C virus polymerase bound to promoter vRNA
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • RNA: 3' promoter vRNA
    • RNA: 5' promoter vRNA

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超分子 #1: Influenza C virus polymerase bound to promoter vRNA

超分子名称: Influenza C virus polymerase bound to promoter vRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 83.232109 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SMDTFITRNF QTTIIQKAKN TMAEFSEDPE LQPAMLFNIC VHLEVCYVIS DMNFLDEEGK AYTALEGQGK EQNLRPQYEV IEGMPRTIA WMVQRSLAQE HGIETPKYLA DLFDYKTKRF IEVGITKGLA DDYFWKKKEK LGNSMELMIF SYNQDYSLSN E SSLDEEGK ...文字列:
SMDTFITRNF QTTIIQKAKN TMAEFSEDPE LQPAMLFNIC VHLEVCYVIS DMNFLDEEGK AYTALEGQGK EQNLRPQYEV IEGMPRTIA WMVQRSLAQE HGIETPKYLA DLFDYKTKRF IEVGITKGLA DDYFWKKKEK LGNSMELMIF SYNQDYSLSN E SSLDEEGK GRVLSRLTEL QAELSLKNLW QVLIGEEDVE KGIDFKLGQT ISRLRDISVP AGFSNFEGMR SYIDNIDPKG AI ERNLARM SPLVSVTPKK LTWEDLRPIG PHIYNHELPE VPYNAFLLMS DELGLANMTE GKSKKPKTLA KECLEKYSTL RDQ TDPILI MKSEKANENF LWKLWRDCVN TISNEEMSNE LQKTNYAKWA TGDGLTYQKI MKEVAIDDET MCQEEPKIPN KCRV AAWVQ TEMNLLSTLT SKRALDLPEI GPDVAPVEHV GSERRKYFVN EINYCKASTV MMKYVLFHTS LLNESNASMG KYKVI PITN RVVNEKGESF DMLYGLAVKG QSHLRGDTDV VTVVTFEFSS TDPRVDSGKW PKYTVFRIGS LFVSGREKSV YLYCRV NGT NKIQMKWGME ARRCLLQSMQ QMEAIVEQES SIQGYDMTKA CFKGDRVNSP KTFSIGTQEG KLVKGSFGKA LRVIFTK CL MHYVFGNAQL EGFSAESRRL LLLIQALKDR KGPWVFDLEG MYSGIEECIS NNPWVIQSAY WFNEWLGFEK EGSKVLES V DEIMDE

UniProtKB: Polymerase acidic protein

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 84.433266 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNINPYFLFI DVPIQAAIST TFPYTGVPPY SHGTGTGYTI DTVIRTHEYS NKGKQYISDV TGCTMVDPTN GPLPEDNEPS AYAQLDCVL EALDRMDEEH PGLFQAASQN AMETLMVTTV DKLTQGRQTF DWTVCRNQPA ATALNTTITS FRLNDLNGAD K GGLIPFCQ ...文字列:
MNINPYFLFI DVPIQAAIST TFPYTGVPPY SHGTGTGYTI DTVIRTHEYS NKGKQYISDV TGCTMVDPTN GPLPEDNEPS AYAQLDCVL EALDRMDEEH PGLFQAASQN AMETLMVTTV DKLTQGRQTF DWTVCRNQPA ATALNTTITS FRLNDLNGAD K GGLIPFCQ DIIDSLDRPE MTFFSVKNIK KKLPAKNRKG FLIKRIPMKV KDKITKVEYI KRALSLNTMT KDAERGKLKR RA IATAGIQ IRGFVLVVEN LAKNICENLE QSGLPVGGNE KKAKLSNAVA KMLSNCPPGG ISMTVTGDNT KWNECLNPRI FLA MTERIT RDSPIWFRDF CSIAPVLFSN KIARLGKGFM ITSKTKRLKA QIPCPDLFSI PLERYNEETR AKLKKLKPFF NEEG TASLS PGMMMGMFNM LSTVLGVAAL GIKNIGNKEY LWDGLQSSDD FALFVNAKDE ETCMEGINDF YRTCKLLGIN MSKKK SYCN ETGMFEFTSM FYRDGFVSNF AMELPSFGVA GVNESADMAI GMTIIKNNMI NNGMGPATAQ TAIQLFIADY RYTYKC HRG DSKVEGKRMK IIKELWENTK GRDGLLVADG GPNIYNLRNL HIPEIVLKYN LMDPEYKGRL LHPQNPFVGH LSIEGIK EA DITPAHGPVK KMDYDAVSGT HSWRTKRNRS ILNTDQRNMI LEEQCYAKCC NLFEACFNSA SYRKPVGQHS MLEAMAHR L RMDARLDYES GRMSKDDFEK AMAHLGEIGY I

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

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分子 #3: Polymerase basic protein 2

分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 88.028211 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTLAKIELLK QLLRDNEAKT VLKQTTVDQY NIIRKFNTSR IEKNPSLRMK WAMCSNFPLA LTKGDMANRI PLEYKGIQLK TNAEDIGTK GQMCSIAAVT WWNTYGPIGD TEGFERVYES FFLRKMRLDN ATWGRITFGP VERVRKRVLL NPLTKEMPPD E ASNVIMEI ...文字列:
MTLAKIELLK QLLRDNEAKT VLKQTTVDQY NIIRKFNTSR IEKNPSLRMK WAMCSNFPLA LTKGDMANRI PLEYKGIQLK TNAEDIGTK GQMCSIAAVT WWNTYGPIGD TEGFERVYES FFLRKMRLDN ATWGRITFGP VERVRKRVLL NPLTKEMPPD E ASNVIMEI LFPKEAGIPR ESTWIHRELI KEKREKLKGT MITPIVLAYM LERELVARRR FLPVAGATSA EFIEMLHCLQ GE NWRQIYH PGGNKLTESR SQSMIVACRK IIRRSIVASN PLELAVEIAN KTVIDTEPLK SCLAAIDGGD VACDIIRAAL GLK IRQRQR FGRLELKRIS GRGFKNDEEI LIGNGTIQKI GIWDGEEEFH VRCGECRGIL KKSKMKLEKL LINSAKKEDM RDLI ILCMV FSQDTRMFQG VRGEINFLNR AGQLLSPMYQ LQRYFLNRSN DLFDQWGYEE SPKASELHGI NESMNASDYT LKGVV VTRN VIDDFSSTET EKVSITKNLS LIKRTGEVIM GANDVSELES QAQLMITYDT PKMWEMGTTK ELVQNTYQWV LKNLVT LKA QFLLGKEDMF QWDAFEAFES IIPQKMAGQY SGFARAVLKQ MRDQEVMKTD QFIKLLPFCF SPPKLRSNGE PYQFLKL VL KGGGENFIEV RKGSPLFSYN PQTEVLTICG RMMSLKGKIE DEERNRSMGN AVLAGFLVSG KYDPDLGDFK TIEELEKL K PGEKANILLY QGKPVKVVKR KRYSALSNDI SQGIKRQRMT VESMGWALS

UniProtKB: Polymerase basic protein 2

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分子 #4: 3' promoter vRNA

分子名称: 3' promoter vRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B/Memphis/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 4.321563 KDa
配列文字列:
UAUACCUCUG CUUC

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分子 #5: 5' promoter vRNA

分子名称: 5' promoter vRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B/Memphis/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 4.55782 KDa
配列文字列:
AGUAGUAACA AGAG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.09 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5d98

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9159
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. vlion)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6f5o:
A mechanism for the activation of the influenza virus transcriptase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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