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万見
- EMDB-41092: Quis-bound intermediate mGlu5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41092
タイトルQuis-bound intermediate mGlu5
マップデータQuis bound intermediate mGlu5
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Metabotropic glutamate receptor 5 in complex with Quis
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 5
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 43
  • リガンド: (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID
キーワードGPCR / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection ...A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / : / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / protein tyrosine kinase activator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein tyrosine kinase binding / learning / dendritic shaft / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic density membrane / synapse organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / cellular response to amyloid-beta / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / dendritic spine / learning or memory / glutamatergic synapse / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Metabotropic glutamate receptor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Krishna Kumar K / Wang H / Kobilka BK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS028471 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Step-wise activation of a Family C GPCR.
著者: Kaavya Krishna Kumar / Haoqing Wang / Chris Habrian / Naomi R Latorraca / Jun Xu / Evan S O'Brien / Chensong Zhang / Elizabeth Montabana / Antoine Koehl / Susan Marqusee / Ehud Y Isacoff / Brian K Kobilka /
要旨: Metabotropic glutamate receptors belong to a family of G protein-coupled receptors that are obligate dimers and possess a large extracellular ligand-binding domain (ECD) that is linked via a cysteine- ...Metabotropic glutamate receptors belong to a family of G protein-coupled receptors that are obligate dimers and possess a large extracellular ligand-binding domain (ECD) that is linked via a cysteine-rich domain (CRDs) to their 7-transmembrane (TM) domain. Upon activation, these receptors undergo a large conformational change to transmit the ligand binding signal from the ECD to the G protein-coupling TM. In this manuscript, we propose a model for a sequential, multistep activation mechanism of metabotropic glutamate receptor subtype 5. We present a series of structures in lipid nanodiscs, from inactive to fully active, including agonist-bound intermediate states. Further, using bulk and single-molecule fluorescence imaging we reveal distinct receptor conformations upon allosteric modulator and G protein binding.
履歴
登録2023年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41092.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41092.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Quis bound intermediate mGlu5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 340 pix.
= 377.74 Å		1.11 Å/pix.
x 340 pix.
= 377.74 Å		1.11 Å/pix.
x 340 pix.
= 377.74 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.111 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.233
最小 - 最大-0.24082598 - 3.0598452
平均 (標準偏差)0.0054838182 (±0.031968113)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 377.74 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Metabotropic glutamate receptor 5 in complex with Quis

全体名称: Metabotropic glutamate receptor 5 in complex with Quis
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Metabotropic glutamate receptor 5 in complex with Quis
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 5
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 43
  • リガンド: (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID

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超分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 5 in complex with Quis

超分子名称: Metabotropic glutamate receptor 5 in complex with Quis
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 5

分子名称: Metabotropic glutamate receptor 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 98.868297 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAAQSSER RVVAHMPGDI IIGALFSVHH QPTVDKVHER KCGAVREQYG IQRVEAMLHT LERINSDPT LLPNITLGCE IRDSCWHSAV ALEQSIEFIR DSLISSEEEE GLVRCVDGSS SSFRSKKPIV GVIGPGSSSV A IQVQNLLQ ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAAQSSER RVVAHMPGDI IIGALFSVHH QPTVDKVHER KCGAVREQYG IQRVEAMLHT LERINSDPT LLPNITLGCE IRDSCWHSAV ALEQSIEFIR DSLISSEEEE GLVRCVDGSS SSFRSKKPIV GVIGPGSSSV A IQVQNLLQ LFNIPQIAYS ATSMDLSDKT LFKYFMRVVP SDAQQARAMV DIVKRYNWTY VSAVHTEGNY GESGMEAFKD MS AKEGICI AHSYKIYSNA GEQSFDKLLK KLTSHLPKAR VVACFCEGMT VRGLLMAMRR LGLAGEFLLL GSDGWADRYD VTD GYQREA VGGITIKLQS PDVKWFDDYY LKLRPETNHR NPWFQEFWQH RFQCRLEGFP QENSKYNKTC NSSLTLKTHH VQDS KMGFV INAIYSMAYG LHNMQMSLCP GYAGLCDAMK PIDGRKLLES LMKTNFTGVS GDTILFDENG DSPGRYEIMN FKEMG KDYF DYINVGSWDN GELKMDDDEV WSKKSNIIRS VCSEPCEKGQ IKVIRKGEVS CCWTCTPCKE NEYVFDEYTC KACQLG SWP TDDLTGCDLI PVQYLRWGDP EPIAAVVFAC LGLLATLFVT VVFIIYRDTP VVKSSSRELC YIILAGICLG YLCTFCL IA KPKQIYCYLQ RIGIGLSPAM SYSALVTKTN RIARILAGSK KKICTKKPRF MSACAQLVIA FILICIQLGI IVALFIME P PDIMHDYPSI REVYLICNTT NLGVVTPLGY NGLLILSCTF YAFKTRNVPA NFNEAKYIAF TMYTTCIIWL AFVPIYFGS NYKIITMCFS VSLSATVALG CMFVPKVYII LAKPERNVRS AFTTSTVVRM HVGDGKSSSA ASRSSSLVNL WKRRGSSGET L

UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 5

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分子 #2: Nanobody 43

分子名称: Nanobody 43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.354672 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGRTFT SYAMGWFRQA PGKERESVAA ISSSGGSTHY ADSVKGRFTI SRDNSKNTVY LQMNSLKPE DTAVYYCAAA MYGSRWPDWE YDYWGQGTQV TVSS

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分子 #3: (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID

分子名称: (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: QUS
分子量理論値: 189.126 Da
Chemical component information

ChemComp-QUS:
(S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID / キスカル酸 / アゴニスト*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0346

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 211019
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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