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- EMDB-41064: MERS-CoV Nsp1 protein bound to the human 40S ribosome: Focus Refi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41064
タイトルMERS-CoV Nsp1 protein bound to the human 40S ribosome: Focus Refined 40S Head Map
マップデータFocus Refined 40S Head
試料
  • 複合体: MERS-CoV Nsp1 bound to human 40S ribosomal subunit
キーワードMERS-CoV Nsp1 / translation inhibition / 40S ribosome / betacoronaviruses / RIBOSOME
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Devarkar SC / Xiong Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structural basis for translation inhibition by MERS-CoV Nsp1 reveals a conserved mechanism for betacoronaviruses.
著者: Swapnil C Devarkar / Michael Vetick / Shravani Balaji / Ivan B Lomakin / Luojia Yang / Danni Jin / Wendy V Gilbert / Sidi Chen / Yong Xiong /
要旨: All betacoronaviruses (β-CoVs) encode non-structural protein 1 (Nsp1), an essential pathogenicity factor that potently restricts host gene expression. Among the β-CoV family, MERS-CoV is the most ...All betacoronaviruses (β-CoVs) encode non-structural protein 1 (Nsp1), an essential pathogenicity factor that potently restricts host gene expression. Among the β-CoV family, MERS-CoV is the most distantly related member to SARS-CoV-2, and the mechanism for host translation inhibition by MERS-CoV Nsp1 remains controversial. Herein, we show that MERS-CoV Nsp1 directly interacts with the 40S ribosomal subunit. Using cryogenic electron microscopy (cryo-EM), we report a 2.6-Å structure of the MERS-CoV Nsp1 bound to the human 40S ribosomal subunit. The extensive interactions between C-terminal domain of MERS-CoV Nsp1 and the mRNA entry channel of the 40S ribosomal subunit are critical for its translation inhibition function. This mechanism of MERS-CoV Nsp1 is strikingly similar to SARS-CoV and SARS-CoV-2 Nsp1, despite modest sequence conservation. Our results reveal that the mechanism of host translation inhibition is conserved across β-CoVs and highlight a potential therapeutic target for the development of antivirals that broadly restrict β-CoVs.
履歴
登録2023年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月4日-
マップ公開2023年10月4日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41064.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41064.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focus Refined 40S Head
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.61396927 - 1.8090105
平均 (標準偏差)-0.0007674232 (±0.04205994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 406.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Halfmap B

ファイルemd_41064_half_map_1.map
注釈Halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap A

ファイルemd_41064_half_map_2.map
注釈Halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MERS-CoV Nsp1 bound to human 40S ribosomal subunit

全体名称: MERS-CoV Nsp1 bound to human 40S ribosomal subunit
要素
  • 複合体: MERS-CoV Nsp1 bound to human 40S ribosomal subunit

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超分子 #1: MERS-CoV Nsp1 bound to human 40S ribosomal subunit

超分子名称: MERS-CoV Nsp1 bound to human 40S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5a2q

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 267551
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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