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- EMDB-40934: Structure of mouse Myomaker bound to Fab18G7 in nanodiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40934
タイトルStructure of mouse Myomaker bound to Fab18G7 in nanodiscs
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of mouse Myomaker with Fab18G7 in nanodiscs
    • 複合体: Mouse Myomaker
      • タンパク質・ペプチド: Protein myomaker
    • 複合体: Fab18G7
      • タンパク質・ペプチド: 18G7 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 18G7 Fab light chain
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of skeletal muscle hypertrophy / plasma membrane fusion / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / skeletal muscle tissue regeneration / myoblast fusion / muscle organ development / Golgi membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NGX6/PGAP6/MYMK / Protein of unknown function (DUF3522)
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Long T / Li X
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135343 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of Myomaker reveal a molecular basis for myoblast fusion.
著者: Tao Long / Yichi Zhang / Linda Donnelly / Hui Li / Yu-Chung Pien / Ning Liu / Eric N Olson / Xiaochun Li /
要旨: The fusion of mononucleated myoblasts produces multinucleated muscle fibers leading to the formation of skeletal muscle. Myomaker, a skeletal muscle-specific membrane protein, is essential for ...The fusion of mononucleated myoblasts produces multinucleated muscle fibers leading to the formation of skeletal muscle. Myomaker, a skeletal muscle-specific membrane protein, is essential for myoblast fusion. Here we report the cryo-EM structures of mouse Myomaker (mMymk) and Ciona robusta Myomaker (cMymk). Myomaker contains seven transmembrane helices (TMs) that adopt a G-protein-coupled receptor-like fold. TMs 2-4 form a dimeric interface, while TMs 3 and 5-7 create a lipid-binding site that holds the polar head of a phospholipid and allows the alkyl tails to insert into Myomaker. The similarity of cMymk and mMymk suggests a conserved Myomaker-mediated cell fusion mechanism across evolutionarily distant species. Functional analyses demonstrate the essentiality of the dimeric interface and the lipid-binding site for fusogenic activity, and heterologous cell-cell fusion assays show the importance of transcellular interactions of Myomaker protomers for myoblast fusion. Together, our findings provide structural and functional insights into the process of myoblast fusion.
履歴
登録2023年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40934.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40934.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-3.0157201 - 4.7058697
平均 (標準偏差)0.0026513601 (±0.08752444)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40934_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40934_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40934_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of mouse Myomaker with Fab18G7 in nanodiscs

全体名称: Complex of mouse Myomaker with Fab18G7 in nanodiscs
要素
  • 複合体: Complex of mouse Myomaker with Fab18G7 in nanodiscs
    • 複合体: Mouse Myomaker
      • タンパク質・ペプチド: Protein myomaker
    • 複合体: Fab18G7
      • タンパク質・ペプチド: 18G7 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 18G7 Fab light chain
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

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超分子 #1: Complex of mouse Myomaker with Fab18G7 in nanodiscs

超分子名称: Complex of mouse Myomaker with Fab18G7 in nanodiscs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: Mouse Myomaker

超分子名称: Mouse Myomaker / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Fab18G7

超分子名称: Fab18G7 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Protein myomaker

分子名称: Protein myomaker / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.817469 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGTVVAKLLL PTLSSLAFLP TVSIATKRRF YMEAMVYLFT MFFVAFSHAC DGPGLSVLCF MRRDILEYFS IYGTALSMWV SLMALADFD EPQRSTFTML GVLTIAVRTF HDRWGYGVYS GPIGTATLII AVKWLKKMKE KKGLYPDKSI YTQQIGPGLC F GALALMLR ...文字列:
MGTVVAKLLL PTLSSLAFLP TVSIATKRRF YMEAMVYLFT MFFVAFSHAC DGPGLSVLCF MRRDILEYFS IYGTALSMWV SLMALADFD EPQRSTFTML GVLTIAVRTF HDRWGYGVYS GPIGTATLII AVKWLKKMKE KKGLYPDKSI YTQQIGPGLC F GALALMLR FFFEEWDYTY VHSFYHCALA MSFVLLLPKV NKKAGNAGAP AKLTFSTLCC TCV

UniProtKB: Protein myomaker

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分子 #2: 18G7 Fab heavy chain

分子名称: 18G7 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.318994 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVTLKESGPG ILQPSQTLSL TCSFSGFSLS TSGMGVSWIR KPSGKGLEWL AHIFWDDDKR YNPSLKSRLT ISKDTSSNQV FLMITSIDT ADTATYYCAR RTWLLHAMDY WGQGTSVTVS S

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分子 #3: 18G7 Fab light chain

分子名称: 18G7 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.809201 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASLGGKVT ITCKASQDIN EYIAWYQHKP GKGPRLLIHY TSTLQPGIPS RFSGSGSGRD YSFSISNLEP EDIATYYCL QYDNLLWTFG GGTKLEIK

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #6: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

分子名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: LBN
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 274067
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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