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- EMDB-40915: Cryo-EM structure of cinacalcet-bound human calcium-sensing recep... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40915
タイトルCryo-EM structure of cinacalcet-bound human calcium-sensing receptor CaSR-Gq complex in lipid nanodiscs
マップデータ
試料
  • 複合体: Cinacalcet-bound human calcium-sensing receptor CaSR-Gq complex in lipid nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 9種
キーワードFamily C GPCR / Calcium-sensing Receptor (CaSR) / Heterotrimeric G protein / Cryo-EM / Lipid Nanodiscs / Positive Allosteric Modulator / Membrane Protein / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of presynaptic membrane potential / bile acid secretion / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / chemosensory behavior / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / cellular response to peptide / response to fibroblast growth factor / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / PLC beta mediated events ...regulation of presynaptic membrane potential / bile acid secretion / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / chemosensory behavior / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / cellular response to peptide / response to fibroblast growth factor / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / PLC beta mediated events / entrainment of circadian clock / regulation of platelet activation / cellular response to vitamin D / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / calcium ion import / positive regulation of positive chemotaxis / regulation of canonical Wnt signaling pathway / fat pad development / glutamate receptor signaling pathway / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / branching morphogenesis of an epithelial tube / amino acid binding / positive regulation of calcium ion import / regulation of calcium ion transport / phototransduction, visible light / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / postsynaptic cytosol / anatomical structure morphogenesis / photoreceptor outer segment / detection of calcium ion / neuropeptide signaling pathway / enzyme regulator activity / response to prostaglandin E / JNK cascade / positive regulation of vasoconstriction / axon terminus / chloride transmembrane transport / GTPase activator activity / ossification / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / response to ischemia / negative regulation of protein kinase activity / G protein-coupled receptor binding / cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of insulin secretion / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / intracellular calcium ion homeostasis / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / blood coagulation / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / vasodilation / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / integrin binding / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / presynaptic membrane / G protein activity / GTPase binding / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / G-protein alpha subunit, group Q / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 ...GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / G-protein alpha subunit, group Q / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular calcium-sensing receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者He F / Wu C / Gao Y / Skiniotis G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)5R01DK132902-02 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Allosteric modulation and G-protein selectivity of the Ca-sensing receptor.
著者: Feng He / Cheng-Guo Wu / Yang Gao / Sabrina N Rahman / Magda Zaoralová / Makaía M Papasergi-Scott / Ting-Jia Gu / Michael J Robertson / Alpay B Seven / Lingjun Li / Jesper M Mathiesen / Georgios Skiniotis /
要旨: The calcium-sensing receptor (CaSR) is a family C G-protein-coupled receptor (GPCR) that has a central role in regulating systemic calcium homeostasis. Here we use cryo-electron microscopy and ...The calcium-sensing receptor (CaSR) is a family C G-protein-coupled receptor (GPCR) that has a central role in regulating systemic calcium homeostasis. Here we use cryo-electron microscopy and functional assays to investigate the activation of human CaSR embedded in lipid nanodiscs and its coupling to functional G versus G proteins in the presence and absence of the calcimimetic drug cinacalcet. High-resolution structures show that both G and G drive additional conformational changes in the activated CaSR dimer to stabilize a more extensive asymmetric interface of the seven-transmembrane domain (7TM) that involves key protein-lipid interactions. Selective G and G coupling by the receptor is achieved through substantial rearrangements of intracellular loop 2 and the C terminus, which contribute differentially towards the binding of the two G-protein subtypes, resulting in distinct CaSR-G-protein interfaces. The structures also reveal that natural polyamines target multiple sites on CaSR to enhance receptor activation by zipping negatively charged regions between two protomers. Furthermore, we find that the amino acid L-tryptophan, a well-known ligand of CaSR extracellular domains, occupies the 7TM bundle of the G-protein-coupled protomer at the same location as cinacalcet and other allosteric modulators. Together, these results provide a framework for G-protein activation and selectivity by CaSR, as well as its allosteric modulation by endogenous and exogenous ligands.
履歴
登録2023年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ファイルダウンロード / ファイル: emd_40915.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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平均 (標準偏差)0.0480418 (±0.12560414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 416.496 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Local unsharpened refinement map of CaSR VFT and CRD domains

ファイルemd_40915_additional_1.map
注釈Local unsharpened refinement map of CaSR VFT and CRD domains
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追加マップ: Local unsharpened refinement map of CaSR CRD and 7TM domains

ファイルemd_40915_additional_2.map
注釈Local unsharpened refinement map of CaSR CRD and 7TM domains
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軸ZYX

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追加マップ: Local unsharpened refinement map of Gq

ファイルemd_40915_additional_3.map
注釈Local unsharpened refinement map of Gq
投影像・断面図
軸ZYX

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試料の構成要素

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全体 : Cinacalcet-bound human calcium-sensing receptor CaSR-Gq complex i...

全体名称: Cinacalcet-bound human calcium-sensing receptor CaSR-Gq complex in lipid nanodiscs
要素
  • 複合体: Cinacalcet-bound human calcium-sensing receptor CaSR-Gq complex in lipid nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Extracellular calcium-sensing receptor
    • タンパク質・ペプチド: Extracellular calcium-sensing receptor
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
  • リガンド: N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propan-1-amine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: SPERMINE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: TRYPTOPHAN
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cinacalcet-bound human calcium-sensing receptor CaSR-Gq complex i...

超分子名称: Cinacalcet-bound human calcium-sensing receptor CaSR-Gq complex in lipid nanodiscs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.885484 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GSSGSELDQL RQEAEQLKNQ IRDARKACAD ATLSQITNNI DPVGRIQMRT RRTLRGHLAK IYAMHWGTDS RLLVSASQDG KLIIWDSYT TNKVHAIPLR SSWVMTCAYA PSGNYVACGG LDNICSIYNL KTREGNVRVS RELAGHTGYL SCCRFLDDNQ I VTSSGDTT ...文字列:
GSSGSELDQL RQEAEQLKNQ IRDARKACAD ATLSQITNNI DPVGRIQMRT RRTLRGHLAK IYAMHWGTDS RLLVSASQDG KLIIWDSYT TNKVHAIPLR SSWVMTCAYA PSGNYVACGG LDNICSIYNL KTREGNVRVS RELAGHTGYL SCCRFLDDNQ I VTSSGDTT CALWDIETGQ QTTTFTGHTG DVMSLSLAPD TRLFVSGACD ASAKLWDVRE GMCRQTFTGH ESDINAICFF PN GNAFATG SDDATCRLFD LRADQELMTY SHDNIICGIT SVSFSKSGRL LLAGYDDFNC NVWDALKADR AGVLAGHDNR VSC LGVTDD GMAVATGSWD SFLKIWNGSS GGGGSGGGGS SGVSGWRLFK KIS

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #3: Extracellular calcium-sensing receptor

分子名称: Extracellular calcium-sensing receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 123.820969 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKAA AYGPDQRAQK KGDIILGGLF PIHFGVAAKD QDLKSRPESV ECIRYNFRGF RWLQAMIFAI EEINSSPALL PNLTLGYRI FDTCNTVSKA LEATLSFVAQ NKIDSLNLDE FCNCSEHIPS TIAVVGATGS GVSTAVANLL GLFYIPQVSY A SSSRLLSN ...文字列:
DYKDDDDKAA AYGPDQRAQK KGDIILGGLF PIHFGVAAKD QDLKSRPESV ECIRYNFRGF RWLQAMIFAI EEINSSPALL PNLTLGYRI FDTCNTVSKA LEATLSFVAQ NKIDSLNLDE FCNCSEHIPS TIAVVGATGS GVSTAVANLL GLFYIPQVSY A SSSRLLSN KNQFKSFLRT IPNDEHQATA MADIIEYFRW NWVGTIAADD DYGRPGIEKF REEAEERDIC IDFSELISQY SD EEEIQHV VEVIQNSTAK VIVVFSSGPD LEPLIKEIVR RNITGKIWLA SEAWASSSLI AMPQYFHVVG GTIGFALKAG QIP GFREFL KKVHPRKSVH NGFAKEFWEE TFNCHLQEGA KGPLPVDTFL RGHEESGDRF SNSSTAFRPL CTGDENISSV ETPY IDYTH LRISYNVYLA VYSIAHALQD IYTCLPGRGL FTNGSCADIK KVEAWQVLKH LRHLNFTNNM GEQVTFDECG DLVGN YSII NWHLSPEDGS IVFKEVGYYN VYAKKGERLF INEEKILWSG FSREVPFSNC SRDCLAGTRK GIIEGEPTCC FECVEC PDG EYSDETDASA CNKCPDDFWS NENHTSCIAK EIEFLSWTEP FGIALTLFAV LGIFLTAFVL GVFIKFRNTP IVKATNR EL SYLLLFSLLC CFSSSLFFIG EPQDWTCRLR QPAFGISFVL CISCILVKTN RVLLVFEAKI PTSFHRKWWG LNLQFLLV F LCTFMQIVIC VIWLYTAPPS SYRNQELEDE IIFITCHEGS LMALGFLIGY TCLLAAICFF FAFKSRKLPE NFNEAKFIT FSMLIFFIVW ISFIPAYAST YGKFVSAVEV IAILAASFGL LACIFFNKIY IILFKPSRNT IEEVRCSTAA HAFKVAARAT LRRSNVTST SVTSVNQAST SRLEGLQSEN HRLRMKITEL DKDLEEVTMQ LQDTPEKKTN SGGSVFTLED FVGDWEQTAA Y NLDQVLEQ GGVSSLLQNL AVSVTPIQRI VRSGENALKI DIHVIIPYEG LSADQMAQIE EVFKVVYPVD DHHFKVILPY GT LVIDGVT PNMLNYFGRP YEGIAVFDGK KITVTGTLWN GNKIIDERLI TPDGSMLFRV TINS

UniProtKB: Extracellular calcium-sensing receptor

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分子 #4: Extracellular calcium-sensing receptor

分子名称: Extracellular calcium-sensing receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 108.023055 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEKGS AAAYGPDQRA QKKGDIILGG LFPIHFGVAA KDQDLKSRPE SVECIRYNFR GFRWLQAMI FAIEEINSSP ALLPNLTLGY RIFDTCNTVS KALEATLSFV AQNKIDSLNL DEFCNCSEHI PSTIAVVGAT G SGVSTAVA ...文字列:
WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEKGS AAAYGPDQRA QKKGDIILGG LFPIHFGVAA KDQDLKSRPE SVECIRYNFR GFRWLQAMI FAIEEINSSP ALLPNLTLGY RIFDTCNTVS KALEATLSFV AQNKIDSLNL DEFCNCSEHI PSTIAVVGAT G SGVSTAVA NLLGLFYIPQ VSYASSSRLL SNKNQFKSFL RTIPNDEHQA TAMADIIEYF RWNWVGTIAA DDDYGRPGIE KF REEAEER DICIDFSELI SQYSDEEEIQ HVVEVIQNST AKVIVVFSSG PDLEPLIKEI VRRNITGKIW LASEAWASSS LIA MPQYFH VVGGTIGFAL KAGQIPGFRE FLKKVHPRKS VHNGFAKEFW EETFNCHLQE GAKGPLPVDT FLRGHEESGD RFSN SSTAF RPLCTGDENI SSVETPYIDY THLRISYNVY LAVYSIAHAL QDIYTCLPGR GLFTNGSCAD IKKVEAWQVL KHLRH LNFT NNMGEQVTFD ECGDLVGNYS IINWHLSPED GSIVFKEVGY YNVYAKKGER LFINEEKILW SGFSREVPFS NCSRDC LAG TRKGIIEGEP TCCFECVECP DGEYSDETDA SACNKCPDDF WSNENHTSCI AKEIEFLSWT EPFGIALTLF AVLGIFL TA FVLGVFIKFR NTPIVKATNR ELSYLLLFSL LCCFSSSLFF IGEPQDWTCR LRQPAFGISF VLCISCILVK TNRVLLVF E AKIPTSFHRK WWGLNLQFLL VFLCTFMQIV ICVIWLYTAP PSSYRNQELE DEIIFITCHE GSLMALGFLI GYTCLLAAI CFFFAFKSRK LPENFNEAKF ITFSMLIFFI VWISFIPAYA STYGKFVSAV EVIAILAASF GLLACIFFNK IYIILFKPSR NTIEEVRCS TAAHAFKVAA RATLRRSNVT GSSTNNNEEE KSRLLEKENR ELEKIIAEKE ERVSELRHQL QSRQQLKKTN

UniProtKB: Extracellular calcium-sensing receptor

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分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.353078 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLRRDKRDA RRELKLLLLG TGESGKSTFI KQMRIIHGSG YSDEDKRGFT KLVYQNIFTA MQAMIRAMD TLKIPYKYEH NKAHAQLVRE VDVEKVSAFE NPYVDAIKSL WNDPGIQECY DRRREYQLSD STKYYLNDLD R VADPAYLP ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLRRDKRDA RRELKLLLLG TGESGKSTFI KQMRIIHGSG YSDEDKRGFT KLVYQNIFTA MQAMIRAMD TLKIPYKYEH NKAHAQLVRE VDVEKVSAFE NPYVDAIKSL WNDPGIQECY DRRREYQLSD STKYYLNDLD R VADPAYLP TQQDVLRVRV PTTGIIEYPF DLQSVIFRMV DVGGQRSERR KWIHCFENVT SIMFLVALSE YDQVLVESDN EN RMEESKA LFRTIITYPW FQNSSVILFL NKKDLLEEKI MYSHLVDYFP EYDGPQRDAQ AAREFILKMF VDLNPDSDKI IYS HFTCAT DTENIRFVFA AVKDTILQLN LKEYNLV

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

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分子 #7: N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pr...

分子名称: N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propan-1-amine
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: YP4
分子量理論値: 357.412 Da
Chemical component information

ChemComp-YP4:
N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propan-1-amine / シナカルセト / 薬剤*YM

+
分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #9: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC / DOPC, リン脂質*YM

+
分子 #10: SPERMINE

分子名称: SPERMINE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: SPM
分子量理論値: 202.34 Da
Chemical component information

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

+
分子 #11: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #12: TRYPTOPHAN

分子名称: TRYPTOPHAN / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: TRP
分子量理論値: 204.225 Da
Chemical component information

ChemComp-TRP:
TRYPTOPHAN / トリプトファン

+
分子 #13: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

+
分子 #14: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

+
分子 #15: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 89192
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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