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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40622 | |||||||||
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タイトル | Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcA extended GlcNAc primer | |||||||||
マップデータ | Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcA extended GlcNAc primer | |||||||||
試料 |
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キーワード | hyaluronic acid / hyaluronan / HA / HAS / glycosyltransferase / GT / membrane protein / nanobody / n-acetylglucosamine / glucuronic acid / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | hyaluronan synthase activity / Glycosyltransferase like family 2 / extracellular matrix assembly / hyaluronan biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / membrane / Hyaluronan synthase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) / Paramecium bursaria Chlorella virus CZ-2 (ウイルス) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Stephens Z / Zimmer J | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Molecular insights into hyaluronan synthesis, secretion, and length control 著者: Gorniak I / Stephens Z / Erramilli SK / Gawda T / Kossiakoff AA / Zimmer J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40622.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40622-v30.xml emd-40622.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40622.png | 34.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40622.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_40622_half_map_1.map.gz emd_40622_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40622 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40622 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40622_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40622_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40622_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40622_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40622 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40622 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcA extended GlcNAc primer | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map A
ファイル | emd_40622_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map B
ファイル | emd_40622_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to n...
全体 | 名称: Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to nanobodies 872 and 886 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to n...
超分子 | 名称: Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to nanobodies 872 and 886 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 95.3 kDa/nm |
-分子 #1: Hyaluronan synthase
分子 | 名称: Hyaluronan synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus CZ-2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 65.890062 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGTSWRTIVS ANLFAVGGAL LMLAPAIVGY VFQWNIGVSA VWGISVYGVF VLGFYIAQIV FSEFNRMRLS DWISLRPDNW NATRVAVII AGYREDPFMF KKCLESVRDS EYGNVARLIC VIDGDEEEDL KMAEIYKQVY NDNVKKPGVV LCESENKNGS T IDSDVSKN ...文字列: MGTSWRTIVS ANLFAVGGAL LMLAPAIVGY VFQWNIGVSA VWGISVYGVF VLGFYIAQIV FSEFNRMRLS DWISLRPDNW NATRVAVII AGYREDPFMF KKCLESVRDS EYGNVARLIC VIDGDEEEDL KMAEIYKQVY NDNVKKPGVV LCESENKNGS T IDSDVSKN ICILQPHRGK RESLYTGFQL ASMDPSVHAV VLIDSDTVLE KNAILEVVYP LSCDPNIKAV AGECKIWNTD TI LSMLVSW RYFSAFNVER GAQSLWKTVQ CVGGPLGAYT IDIINEIKDP WITQTFLGNK CTYGDDRRLT NEVLMRGKKI VYT PFAVGW SDSPTNVMRY IVQQTRWSKS WCREIWYTLG SAWKHGFSGI YLAFECMYQI MYFFLVMYLF SYIAIKADIR AQTA TVLVS TLVTIIKSSY LALRAKNLKA FYFVLYTYVY FFCMIPARIT AMFTMFDIAW GTRGGNAKMT IGARVWLWAK QFLIT YMWW AGVLAAGVYS IVDNWYFDWA DIQYRFALVG ICSYLVFVSI VLVIYLIGKI TTWNYTPLQK ELIEERYLHN ASENAP EVL EHHHHHHHHH H UniProtKB: Hyaluronan synthase |
-分子 #2: Nanobody 872
分子 | 名称: Nanobody 872 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 14.783248 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LVQAGGSLKV SCAASGRAFK TYRMAWFRQA PGKEREFVSG ISALETTYYA DSVKGRFTIS RDNTKNTVSL QMDSLKPED TAVYYCAARR YGGTDYTTTG SYDYWGQGTQ VTVSSHHHHH HEPEA |
-分子 #3: Nanobody 881
分子 | 名称: Nanobody 881 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 15.184657 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LVQAGGSLRL ACAASGRIFS SDTLAWFRRA PGKEREFVAA SRWSGGGTDY DSVKGRFTFS RDNTFNTMCL EMNSLKPED TAVYYCALRT ARDSYYYTRN PTGYDYWGQG TQVTVSSHHH HHHEPEA |
-分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #6: MANGANESE (II) ION
分子 | 名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MN |
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分子量 | 理論値: 54.938 Da |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 115974 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |