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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40036 | ||||||||||||
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タイトル | RuvA Holliday junction DNA complex | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Holliday junction / tetramer / RuvA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / DNA repair / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / Punavirus P1 (ウイルス) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rish AD / Fu T | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci / 年: 2018 タイトル: UCSF ChimeraX: Meeting modern challenges in visualization and analysis. 著者: Thomas D Goddard / Conrad C Huang / Elaine C Meng / Eric F Pettersen / Gregory S Couch / John H Morris / Thomas E Ferrin / 要旨: UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and ...UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and disparate types of data attendant with cutting-edge experimental methods, while providing advanced options for high-quality rendering (interactive ambient occlusion, reliable molecular surface calculations, etc.) and professional approaches to software design and distribution. This article highlights some specific advances in the areas of visualization and usability, performance, and extensibility. ChimeraX is free for noncommercial use and is available from http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ for Windows, Mac, and Linux. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40036.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40036-v30.xml emd-40036.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40036_fsc.xml | 11.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40036.png | 52.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40036.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_40036_half_map_1.map.gz emd_40036_half_map_2.map.gz | 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40036 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40036 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gh8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40036_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40036_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RuvA DNA binding protein complexed with Holliday Junction DNA
全体 | 名称: RuvA DNA binding protein complexed with Holliday Junction DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: RuvA DNA binding protein complexed with Holliday Junction DNA
超分子 | 名称: RuvA DNA binding protein complexed with Holliday Junction DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
-超分子 #2: Tetrameric RuvA binding protein
超分子 | 名称: Tetrameric RuvA binding protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
-超分子 #3: Holliday Junction DNA adapted from PDB 2HOI
超分子 | 名称: Holliday Junction DNA adapted from PDB 2HOI / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Punavirus P1 (ウイルス) |
-分子 #1: Holliday junction branch migration complex subunit RuvA
分子 | 名称: Holliday junction branch migration complex subunit RuvA タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 14.933622 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIRYLRGLVL KKEAGGFVLL AGGVGFFLQA PTPFLQALEE GKEVGVHTHL LLKEEGLSLY GFPDEENLAL FELLLSVSGV GPKVALALL SALPPRLLAR ALLEGDARLL TSASGVGRRL AERIALELKG KVPPHLLAGE K UniProtKB: Holliday junction branch migration complex subunit RuvA |
-分子 #2: DNA (34-MER)
分子 | 名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 10.399752 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA) (DC)(DT)(DT)(DA)(DT) |
-分子 #3: DNA (34-MER)
分子 | 名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 10.51081 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA) (DG)(DT)(DT)(DA)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |