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- PDB-8efy: Structure of double homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8efy
タイトルStructure of double homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motors
要素
  • (ssDNA) x 2
  • Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Holliday Junction / AAA+ ATPase / RuvB / Homo-hexamer / DNA recombination
機能・相同性
機能・相同性情報


Holliday junction resolvase complex / four-way junction DNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA recombination / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA repair / ATP hydrolysis activity ...Holliday junction resolvase complex / four-way junction DNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA recombination / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, Holliday junction RuvB-type / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvB-like P-loop domain / RuvB, AAA lid domain / RuvB C-terminal winged helix domain / Holliday junction DNA helicase RuvB P-loop domain / RuvB AAA lid domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities ...DNA helicase, Holliday junction RuvB-type / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvB-like P-loop domain / RuvB, AAA lid domain / RuvB C-terminal winged helix domain / Holliday junction DNA helicase RuvB P-loop domain / RuvB AAA lid domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Holliday junction branch migration complex subunit RuvB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Shen, Z.F. / Rish, A.D. / Fu, T.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanisms of Holliday junction branch migration catalyzed by an asymmetric RuvB hexamer.
著者: Anthony D Rish / Zhangfei Shen / Zhenhang Chen / Nan Zhang / Qingfei Zheng / Tian-Min Fu /
要旨: The Holliday junction (HJ) is a DNA intermediate of homologous recombination, involved in many fundamental physiological processes. RuvB, an ATPase motor protein, drives branch migration of the ...The Holliday junction (HJ) is a DNA intermediate of homologous recombination, involved in many fundamental physiological processes. RuvB, an ATPase motor protein, drives branch migration of the Holliday junction with a mechanism that had yet to be elucidated. Here we report two cryo-EM structures of RuvB, providing a comprehensive understanding of HJ branch migration. RuvB assembles into a spiral staircase, ring-like hexamer, encircling dsDNA. Four protomers of RuvB contact the DNA backbone with a translocation step size of 2 nucleotides. The variation of nucleotide-binding states in RuvB supports a sequential model for ATP hydrolysis and nucleotide recycling, which occur at separate, singular positions. RuvB's asymmetric assembly also explains the 6:4 stoichiometry between the RuvB/RuvA complex, which coordinates HJ migration in bacteria. Taken together, we provide a mechanistic understanding of HJ branch migration facilitated by RuvB, which may be universally shared by prokaryotic and eukaryotic organisms.
履歴
登録2022年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年5月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年11月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
改定 2.12025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
C: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
D: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
E: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
F: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
G: ssDNA
H: ssDNA
I: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
J: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
K: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
L: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
M: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
N: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
O: ssDNA
P: ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)499,86936
ポリマ－493,97216
非ポリマー5,89720
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFIJKLMN

#1: タンパク質
Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB


分子量: 36024.688 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: ruvB, TTHA0406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SL87, DNA helicase

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DNA鎖 , 2種, 4分子 GOHP

#2: DNA鎖 ssDNA


分子量: 15146.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
#3: DNA鎖 ssDNA


分子量: 15691.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

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非ポリマー , 3種, 20分子

#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Double homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motors / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 326270 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00432008
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58743772
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.7055202
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045043
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0055310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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