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- EMDB-39477: Cryo-EM structure of the LH1 complex from Allochromatium tepidum -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39477
タイトルCryo-EM structure of the LH1 complex from Allochromatium tepidum
マップデータ
試料
  • 複合体: LH1 COMPLEX
    • タンパク質・ペプチド: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
    • タンパク質・ペプチド: LH1 alpha subunit
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
キーワードLH1 COMPLEX / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta subunit of light-harvesting 1 complex
類似検索 - 構成要素
生物種Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Wang G-L / Sun S / Yu L-J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Probing the Dual Role of Ca in the LH1-RC Complex by Constructing and Analyzing Ca-Bound and Ca-Free LH1 Complexes.
著者: Mei-Juan Zou / Shuai Sun / Guang-Lei Wang / Yi-Hao Yan / Wei Ji / Zheng-Yu Wang-Otomo / Michael T Madigan / Long-Jiang Yu /
要旨: The genome of the mildly thermophilic hot spring purple sulfur bacterium, (.) , contains a multigene family that encodes a series of α- and β-polypeptides, collectively forming a heterogeneous ...The genome of the mildly thermophilic hot spring purple sulfur bacterium, (.) , contains a multigene family that encodes a series of α- and β-polypeptides, collectively forming a heterogeneous light-harvesting 1 (LH1) complex. The LH1, therefore, offers a unique model for studying an intermediate phenotype between phototrophic thermophilic and mesophilic bacteria, particularly regarding their LH1 transition and moderately enhanced thermal stability. Of the 16 α-polypeptides in the LH1, six α1 bind Ca to connect with β1- or β3-polypeptides in specific Ca-binding sites. Here, we use the purple bacterium strain H2 as a host to express Ca-bound and Ca-free LH1-only complexes composed of α- and β-polypeptides that either contain or lack the calcium-binding motif WxxDxI; purified preparations of each complex were then used to test how Ca affects their thermostability and spectral features. The cryo-EM structures of both complexes were closed circular rings consisting of 14 αβ-polypeptides. The absorption maximum of Ca-bound LH1 (α1/β1 and α1/β3) was at 894 nm, while that of Ca-free (α2/β1) was at 888 nm, indicating that Ca imparts a transition of 6 nm. Crucially for the ecological success of , Ca-bound LH1 complexes were more thermostable than Ca-free complexes, indicating that calcium plays at least two major roles in photosynthesis by -improving photocomplex stability and modifying its spectrum.
履歴
登録2024年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39477.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39477.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-3.0299222 - 5.3289537
平均 (標準偏差)-0.00020457474 (±0.05879067)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 374.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39477_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39477_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LH1 COMPLEX

全体名称: LH1 COMPLEX
要素
  • 複合体: LH1 COMPLEX
    • タンパク質・ペプチド: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
    • タンパク質・ペプチド: LH1 alpha subunit
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN

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超分子 #1: LH1 COMPLEX

超分子名称: LH1 COMPLEX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)

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分子 #1: Beta subunit of light-harvesting 1 complex

分子名称: Beta subunit of light-harvesting 1 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.269103 KDa
組換発現生物種: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)
配列文字列:
MANSSMTGLT EQEAQEFHGI FVQSMTAFFG IVVIAHILAW LWRPWL

UniProtKB: Beta subunit of light-harvesting 1 complex

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分子 #2: LH1 alpha subunit

分子名称: LH1 alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.108121 KDa
組換発現生物種: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)
配列文字列:
MHKIWQIFDP RRTLVALFGF LFVLGLLIHF ILLSSPAFNW LSGS

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分子 #3: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 28 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

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分子 #4: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 14 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5y5s

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 199061
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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