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タイトルProbing the Dual Role of Ca in the LH1-RC Complex by Constructing and Analyzing Ca-Bound and Ca-Free LH1 Complexes.
ジャーナル・号・ページBiomolecules, Vol. 15, Issue 1, Year 2025
掲載日2025年1月14日
著者Mei-Juan Zou / Shuai Sun / Guang-Lei Wang / Yi-Hao Yan / Wei Ji / Zheng-Yu Wang-Otomo / Michael T Madigan / Long-Jiang Yu /
PubMed 要旨The genome of the mildly thermophilic hot spring purple sulfur bacterium, (.) , contains a multigene family that encodes a series of α- and β-polypeptides, collectively forming a heterogeneous ...The genome of the mildly thermophilic hot spring purple sulfur bacterium, (.) , contains a multigene family that encodes a series of α- and β-polypeptides, collectively forming a heterogeneous light-harvesting 1 (LH1) complex. The LH1, therefore, offers a unique model for studying an intermediate phenotype between phototrophic thermophilic and mesophilic bacteria, particularly regarding their LH1 transition and moderately enhanced thermal stability. Of the 16 α-polypeptides in the LH1, six α1 bind Ca to connect with β1- or β3-polypeptides in specific Ca-binding sites. Here, we use the purple bacterium strain H2 as a host to express Ca-bound and Ca-free LH1-only complexes composed of α- and β-polypeptides that either contain or lack the calcium-binding motif WxxDxI; purified preparations of each complex were then used to test how Ca affects their thermostability and spectral features. The cryo-EM structures of both complexes were closed circular rings consisting of 14 αβ-polypeptides. The absorption maximum of Ca-bound LH1 (α1/β1 and α1/β3) was at 894 nm, while that of Ca-free (α2/β1) was at 888 nm, indicating that Ca imparts a transition of 6 nm. Crucially for the ecological success of , Ca-bound LH1 complexes were more thermostable than Ca-free complexes, indicating that calcium plays at least two major roles in photosynthesis by -improving photocomplex stability and modifying its spectrum.
リンクBiomolecules / PubMed:39858518 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.45 - 2.78 Å
構造データ

39475

8ypb

EMDB-39475, PDB-8ypb:
Cryo-EM structure of the LH1 complex from Allochromatium tepidum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.45 Å

39477

8ypd

EMDB-39477, PDB-8ypd:
Cryo-EM structure of the LH1 complex from Allochromatium tepidum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

化合物

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

由来
  • allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LH1 COMPLEX

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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