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万見
- EMDB-3876: Cryo-electron tomogram of Marburg virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3876
タイトルCryo-electron tomogram of Marburg virus
マップデータA 4x binned representative tomogram of intact Marburg virus virions
試料
  • ウイルス: Lake Victoria marburgvirus - Popp (ウイルス)
生物種Lake Victoria marburgvirus - Popp (ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Wan W / Kolesnikova L / Clarke M / Koehler A / Noda T / Becker S / Briggs JAG
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research CouncilERC-CoG-648432 MEMBRANEFUSION ドイツ
German Research FoundationSonderforschungsbereich 1021 ドイツ
European Molecular Biology OrganizationALTF 748-2014 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure and assembly of the Ebola virus nucleocapsid.
著者: William Wan / Larissa Kolesnikova / Mairi Clarke / Alexander Koehler / Takeshi Noda / Stephan Becker / John A G Briggs /
要旨: Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles ...Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles virus, and respiratory syncytial virus. Mononegaviruses have non-segmented, single-stranded negative-sense RNA genomes that are encapsidated by nucleoprotein and other viral proteins to form a helical nucleocapsid. The nucleocapsid acts as a scaffold for virus assembly and as a template for genome transcription and replication. Insights into nucleoprotein-nucleoprotein interactions have been derived from structural studies of oligomerized, RNA-encapsidating nucleoprotein, and cryo-electron microscopy of nucleocapsid or nucleocapsid-like structures. There have been no high-resolution reconstructions of complete mononegavirus nucleocapsids. Here we apply cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine the structure of Ebola virus nucleocapsid within intact viruses and recombinant nucleocapsid-like assemblies. These structures reveal the identity and arrangement of the nucleocapsid components, and suggest that the formation of an extended α-helix from the disordered carboxy-terminal region of nucleoprotein-core links nucleoprotein oligomerization, nucleocapsid condensation, RNA encapsidation, and accessory protein recruitment.
履歴
登録2017年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月22日-
マップ公開2017年11月22日-
更新2019年12月4日-
現状2019年12月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3876.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3876.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 409.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈A 4x binned representative tomogram of intact Marburg virus virions
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.12 Å/pix.
x 250 pix.
= 1780. Å		7.12 Å/pix.
x 927 pix.
= 6600.24 Å		7.12 Å/pix.
x 927 pix.
= 6600.24 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-33 - 33
平均 (標準偏差)1.9209514 (±2.2230742)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0070
サイズ927927250
Spacing927927250
セルA: 6600.2397 Å / B: 6600.2397 Å / C: 1780.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z7.127.127.12
M x/y/z927927250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z6600.2406600.2401780.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0070
NC/NR/NS927927250
D min/max/mean-33.00033.0001.921

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lake Victoria marburgvirus - Popp

全体名称: Lake Victoria marburgvirus - Popp (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Lake Victoria marburgvirus - Popp (ウイルス)

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超分子 #1: Lake Victoria marburgvirus - Popp

超分子名称: Lake Victoria marburgvirus - Popp / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Virus was isolated from infected Huh-7 cells. Purified viruses were fixed with paraformaldehyde.
NCBI-ID: 33728 / 生物種: Lake Victoria marburgvirus - Popp / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: Virus was purified into Dulbecco's modified Eagle's medium (DMEM) with 4% paraformaldehyde
グリッドモデル: C-flat 2/1 3C / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: UMC Utrecht / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: -10 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3708 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3708 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-5 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Frames were aligned using K2Align software, based off the MotionCorr algorithm. Tomograms were reconstructed with IMOD, using stripwise CTF-correction and weighted back projection.
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFIND (ver. 4)defocus determination
CTFPHASEFLIPCTF-correction

詳細: CTF amplitude correction was performed during the wedge-weighted subtomogram averaging step.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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