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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3856 | |||||||||
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タイトル | Inside-out FMDV A10 capsid | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 | Inside-out FMDV A10 capsid != Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) Inside-out FMDV A10 capsid
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キーワード | Virus / FMDV / A10 / CryoEM / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / monoatomic ion transmembrane transport / regulation of translation ...L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / monoatomic ion transmembrane transport / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kotecha A / Malik N | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2017 タイトル: Structures of foot and mouth disease virus pentamers: Insight into capsid dissociation and unexpected pentamer reassociation. 著者: Nayab Malik / Abhay Kotecha / Sarah Gold / Amin Asfor / Jingshan Ren / Juha T Huiskonen / Tobias J Tuthill / Elizabeth E Fry / David I Stuart / 要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) belongs to the Aphthovirus genus of the Picornaviridae, a family of small, icosahedral, non-enveloped, single-stranded RNA viruses. It is a highly infectious ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) belongs to the Aphthovirus genus of the Picornaviridae, a family of small, icosahedral, non-enveloped, single-stranded RNA viruses. It is a highly infectious pathogen and is one of the biggest hindrances to the international trade of animals and animal products. FMDV capsids (which are unstable below pH6.5) release their genome into the host cell from an acidic compartment, such as that of an endosome, and in the process dissociate into pentamers. Whilst other members of the family (enteroviruses) have been visualized to form an expanded intermediate capsid with holes from which inner capsid proteins (VP4), N-termini (VP1) and RNA can be released, there has been no visualization of any such state for an aphthovirus, instead the capsid appears to simply dissociate into pentamers. Here we present the 8-Å resolution structure of isolated dissociated pentamers of FMDV, lacking VP4. We also found these pentamers to re-associate into a rigid, icosahedrally symmetric assembly, which enabled their structure to be solved at higher resolution (5.2 Å). In this assembly, the pentamers unexpectedly associate 'inside out', but still with their exposed hydrophobic edges buried. Stabilizing interactions occur between the HI loop of VP2 and its symmetry related partners at the icosahedral 3-fold axes, and between the BC and EF loops of VP3 with the VP2 βB-strand and the CD loop at the 2-fold axes. A relatively extensive but subtle structural rearrangement towards the periphery of the dissociated pentamer compared to that in the mature virus provides insight into the mechanism of dissociation of FMDV and the marked difference in antigenicity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3856.map.gz | 228.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3856-v30.xml emd-3856.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3856_fsc.xml | 13.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3856.png | 244.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3856.cif.gz | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3856 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3856 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3856_validation.pdf.gz | 298.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3856_full_validation.pdf.gz | 297.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3856_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3856 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3856 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3856.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Inside-out FMDV A10 capsid
全体 | 名称: Inside-out FMDV A10 capsid |
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要素 |
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-超分子 #1: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61)
超分子 | 名称: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12112 / 生物種: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 5.4 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: FMDV / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: L-peptidase |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 20.085928 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: RHHTDVGFIM DRFVKINSLS PTHVIDLMQT HKHGIVGALL RAATYYFSDL EIVVRHDGNL TWVPNGAPEA ALSNTSNPTA YNKAPFTRL ALPYTAPHRV LATVYDGTNK YSASDSRSGD LGSTAARVAT QLPASFNYGA IQAQAIHELL VRMKRAELYC P RPLLAIKV TSQDRYKQKI IAPA UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: L-peptidase |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 20.701512 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: SVGVTYGYST EEDHVAGPNT SGLETRVVQA ERFFKKFLFD WTTDKPFGYL TKLELPTDHH GVFGHLVDSY AYMRNGWDVE VSAVGNQFN GGCLLVAMVP EWKAFDTREK YQLTLFPHQF ISPRTNMTAH ITVPYLGVNR YDQYKKHKPW TLVVMVLSPL T VSNTAAPQ IKVYANIAPT YVHV UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: L-peptidase |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 24.233992 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: GIFPVACADG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPKTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLRFDDG KPYVVTRADD TRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYT QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYIPPG VETPPDTPEE AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY ...文字列: GIFPVACADG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPKTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLRFDDG KPYVVTRADD TRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYT QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYIPPG VETPPDTPEE AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY AYTASDTAET TNVQGWVCVY QITHGKAEND TLLVSASAGK DFELRLPIDP RTQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 50mM HEPES, 200mM NaCl, pH 8.0 |
グリッド | モデル: C-FLats / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 6 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 18 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-22 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 160000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 200 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-5owx: |