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- EMDB-38451: Structure of native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38451
タイトルStructure of native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus
マップデータ
試料
  • 組織: Native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus
    • 複合体: NMDA receptor
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: Fab
      • 複合体: Fab 4F11
        • タンパク質・ペプチド: x 2種
      • 複合体: Fab 28C
        • タンパク質・ペプチド: x 2種
      • 複合体: Fab2
        • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 2種
キーワードMEMBRANE PROTEIN / native NMDA receptor / adult rat cartex & hippocampus / GluN2A / GluN2B / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport, plasma membrane to endosome / regulation of response to alcohol / response to ammonium ion / cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / receptor recycling / cellular response to magnesium starvation / sensory organ development / directional locomotion / pons maturation ...neurotransmitter receptor transport, plasma membrane to endosome / regulation of response to alcohol / response to ammonium ion / cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / receptor recycling / cellular response to magnesium starvation / sensory organ development / directional locomotion / pons maturation / response to environmental enrichment / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / EPHB-mediated forward signaling / sensitization / auditory behavior / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / response to hydrogen sulfide / olfactory learning / conditioned taste aversion / dendritic branch / regulation of respiratory gaseous exchange / serotonin metabolic process / response to other organism / protein localization to postsynaptic membrane / regulation of ARF protein signal transduction / cellular response to magnesium ion / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / fear response / apical dendrite / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / suckling behavior / response to methylmercury / sleep / response to glycine / propylene metabolic process / response to manganese ion / response to carbohydrate / dendritic spine organization / locomotion / regulation of NMDA receptor activity / interleukin-1 receptor binding / cellular response to dsRNA / negative regulation of dendritic spine maintenance / cellular response to lipid / response to growth hormone / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / heterocyclic compound binding / NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of glutamate secretion / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / voltage-gated monoatomic cation channel activity / response to glycoside / NMDA selective glutamate receptor complex / neurotransmitter receptor complex / ligand-gated sodium channel activity / glutamate binding / response to morphine / glutamate receptor signaling pathway / calcium ion transmembrane import into cytosol / regulation of axonogenesis / neuromuscular process / regulation of dendrite morphogenesis / protein heterotetramerization / male mating behavior / glycine binding / regulation of synapse assembly / spinal cord development / response to amine / receptor clustering / parallel fiber to Purkinje cell synapse / small molecule binding / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cellular response to zinc ion / startle response / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / monoatomic cation transmembrane transport / dopamine metabolic process / response to lithium ion / behavioral response to pain / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / response to magnesium ion / modulation of excitatory postsynaptic potential / response to light stimulus / regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of neuron apoptotic process / regulation of MAPK cascade / action potential / associative learning / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / monoatomic cation transport / conditioned place preference / excitatory synapse / social behavior / positive regulation of dendritic spine maintenance / response to electrical stimulus / regulation of neuronal synaptic plasticity / monoatomic ion channel complex
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Mus musculoides (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Zhang M / Feng J / Li Y / Zhu S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Assembly and architecture of endogenous NMDA receptors in adult cerebral cortex and hippocampus.
著者: Ming Zhang / Juan Feng / Chun Xie / Nan Song / Chaozhi Jin / Jian Wang / Qun Zhao / Lihua Zhang / Boshuang Wang / Yidi Sun / Fei Guo / Yang Li / Shujia Zhu /
要旨: The cerebral cortex and hippocampus are crucial brain regions for learning and memory, which depend on activity-induced synaptic plasticity involving N-methyl-ᴅ-aspartate receptors (NMDARs). ...The cerebral cortex and hippocampus are crucial brain regions for learning and memory, which depend on activity-induced synaptic plasticity involving N-methyl-ᴅ-aspartate receptors (NMDARs). However, subunit assembly and molecular architecture of endogenous NMDARs (eNMDARs) in the brain remain elusive. Using conformation- and subunit-dependent antibodies, we purified eNMDARs from adult rat cerebral cortex and hippocampus. Three major subtypes of GluN1-N2A-N2B, GluN1-N2B, and GluN1-N2A eNMDARs were resolved by cryoelectron microscopy (cryo-EM) at the resolution up to 4.2 Å. The particle ratio of these three subtypes was 9:7:4, indicating that about half of GluN2A and GluN2B subunits are incorporated into the tri-heterotetramers. Structural analysis revealed the asymmetric architecture of the GluN1-N2A-N2B receptor throughout the extracellular to the transmembrane layers. Moreover, the conformational variations between GluN1-N2B and GluN1-N2A-N2B receptors revealed the distinct biophysical properties across different eNMDAR subtypes. Our findings imply the structural and functional complexity of eNMDARs and shed light on structure-based therapeutic design targeting these eNMDARs in vivo.
履歴
登録2023年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38451.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38451.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.72 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.72 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.85
最小 - 最大-20.121500000000001 - 29.939879999999999
平均 (標準偏差)0.000000000002699 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_38451_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38451_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38451_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat c...

全体名称: Native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus
要素
  • 組織: Native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus
    • 複合体: NMDA receptor
      • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
      • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
      • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
    • 複合体: Fab
      • 複合体: Fab 4F11
        • タンパク質・ペプチド: Heavy Chain of GluN1 Fab, 4F11
        • タンパク質・ペプチド: Light Chain of GluN1 Fab, 4F11
      • 複合体: Fab 28C
        • タンパク質・ペプチド: Heavy Chain of GluN2A Fab, 28C
        • タンパク質・ペプチド: Light Chain of GluN2A Fab, 28C
      • 複合体: Fab2
        • タンパク質・ペプチド: Heavy Chain of GluN2B Fab2
        • タンパク質・ペプチド: Light Chain of GluN2B Fab2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid

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超分子 #1: Native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat c...

超分子名称: Native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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超分子 #2: NMDA receptor

超分子名称: NMDA receptor / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #3: Fab 4F11

超分子名称: Fab 4F11 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 6 / 含まれる分子: #4-#5

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超分子 #4: Fab 28C

超分子名称: Fab 28C / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 6 / 含まれる分子: #6-#7

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超分子 #5: Fab2

超分子名称: Fab2 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 6 / 含まれる分子: #8-#9

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超分子 #6: Fab

超分子名称: Fab / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#9
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)

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分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Wistar
分子量理論値: 105.645875 KDa
配列文字列: MSTMHLLTFA LLFSCSFARA ACDPKIVNIG AVLSTRKHEQ MFREAVNQAN KRHGSWKIQL NATSVTHKPN AIQMALSVCE DLISSQVYA ILVSHPPTPN DHFTPTPVSY TAGFYRIPVL GLTTRMSIYS DKSIHLSFLR TVPPYSHQSS VWFEMMRVYN W NHIILLVS ...文字列:
MSTMHLLTFA LLFSCSFARA ACDPKIVNIG AVLSTRKHEQ MFREAVNQAN KRHGSWKIQL NATSVTHKPN AIQMALSVCE DLISSQVYA ILVSHPPTPN DHFTPTPVSY TAGFYRIPVL GLTTRMSIYS DKSIHLSFLR TVPPYSHQSS VWFEMMRVYN W NHIILLVS DDHEGRAAQK RLETLLEERE SKAEKVLQFD PGTKNVTALL MEARELEARV IILSASEDDA ATVYRAAAML NM TGSGYVW LVGEREISGN ALRYAPDGII GLQLINGKNE SAHISDAVGV VAQAVHELLE KENITDPPRG CVGNTNIWKT GPL FKRVLM SSKYADGVTG RVEFNEDGDR KFANYSIMNL QNRKLVQVGI YNGTHVIPND RKIIWPGGET EKPRGYQMST RLKI VTIHQ EPFVYVKPTM SDGTCKEEFT VNGDPVKKVI CTGPNDTSPG SPRHTVPQCC YGFCIDLLIK LARTMNFTYE VHLVA DGKF GTQERVNNSN KKEWNGMMGE LLSGQADMIV APLTINNERA QYIEFSKPFK YQGLTILVKK EIPRSTLDSF MQPFQS TLW LLVGLSVHVV AVMLYLLDRF SPFGRFKVNS EEEEEDALTL SSAMWFSWGV LLNSGIGEGA PRSFSARILG MVWAGFA MI IVASYTANLA AFLVLDRPEE RITGINDPRL RNPSDKFIYA TVKQSSVDIY FRRQVELSTM YRHMEKHNYE SAAEAIQA V RDNKLHAFIW DSAVLEFEAS QKCDLVTTGE LFFRSGFGIG MRKDSPWKQN VSLSILKSHE NGFMEDLDKT WVRYQECDS RSNAPATLTF ENMAGVFMLV AGGIVAGIFL IFIEIAYKRH KDARRKQMQL AFAAVNVWRK NLQDRKSGRA EPDPKKKATF RAITSTLAS SFKRRRSSKD TSTGGGRGAL QNQKDTVLPR RAIEREEGQL QLCSRHRES

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

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分子 #2: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Wistar
分子量理論値: 165.666953 KDa
配列文字列: MGRLGYWTLL VLPALLVWRD PAQNAAAEKG PPALNIAVLL GHSHDVTERE LRNLWGPEQA TGLPLDVNVV ALLMNRTDPK SLITHVCDL MSGARIHGLV FGDDTDQEAV AQMLDFISSQ TFIPILGIHG GASMIMADKD PTSTFFQFGA SIQQQATVML K IMQDYDWH ...文字列:
MGRLGYWTLL VLPALLVWRD PAQNAAAEKG PPALNIAVLL GHSHDVTERE LRNLWGPEQA TGLPLDVNVV ALLMNRTDPK SLITHVCDL MSGARIHGLV FGDDTDQEAV AQMLDFISSQ TFIPILGIHG GASMIMADKD PTSTFFQFGA SIQQQATVML K IMQDYDWH VFSLVTTIFP GYRDFISFIK TTVDNSFVGW DMQNVITLDT SFEDAKTQVQ LKKIHSSVIL LYCSKDEAVL IL SEARSLG LTGYDFFWIV PSLVSGNTEL IPKEFPSGLI SVSYDDWDYS LEARVRDGLG ILTTAASSML EKFSYIPEAK ASC YGQAEK PETPLHTLHQ FMVNVTWDGK DLSFTEEGYQ VHPRLVVIVL NKDREWEKVG KWENQTLSLR HAVWPRYKSF SDCE PDDNH LSIVTLEEAP FVIVEDIDPL TETCVRNTVP CRKFVKINNS TNEGMNVKKC CKGFCIDILK KLSRTVKFTY DLYLV TNGK HGKKVNNVWN GMIGEVVYQR AVMAVGSLTI NEERSEVVDF SVPFVETGIS VMVSRSNGTV SPSAFLEPFS ASVWVM MFV MLLIVSAIAV FVFEYFSPVG YNRNLAKGKA PHGPSFTIGK AIWLLWGLVF NNSVPVQNPK GTTSKIMVSV WAFFAVI FL ASYTANLAAF MIQEEFVDQV TGLSDKKFQR PHDYSPPFRF GTVPNGSTER NIRNNYPYMH QYMTRFNQRG VEDALVSL K TGKLDAFIYD AAVLNYKAGR DEGCKLVTIG SGYIFASTGY GIALQKGSPW KRQIDLALLQ FVGDGEMEEL ETLWLTGIC HNEKNEVMSS QLDIDNMAGV FYMLAAAMAL SLITFIWEHL FYWKLRFCFT GVCSDRPGLL FSISRGIYSC IHGVHIEEKK KSPDFNLTG SQSNMLKLLR SAKNISNMSN MNSSRMDSPK RATDFIQRGS LIVDMVSDKG NLIYSDNRSF QGKDSIFGDN M NELQTFVA NRHKDNLSNY VFQGQHPLTL NESNPNTVEV AVSTESKGNS RPRQLWKKSM ESLRQDSLNQ NPVSQRDEKT AE NRTHSLK SPRYLPEEVA HSDISETSSR ATCHREPDNN KNHKTKDNFK RSMASKYPKD CSDVDRTYMK TKASSPRDKI YTI DGEKEP SFHLDPPQFV ENITLPENVG FPDTYQDHNE NFRKGDSTLP MNRNPLHNED GLPNNDQYKL YAKHFTLKDK GSPH SEGSD RYRQNSTHCR SCLSNLPTYS GHFTMRSPFK CDACLRMGNL YDIDEDQMLQ ETGNPATREE VYQQDWSQNN ALQFQ KNKL RINRQHSYDN ILDKPREIDL SRPSRSISLK DRERLLEGNL YGSLFSVPSS KLLGNKSSLF PQGLEDSKRS KSLLPD HAS DNPFLHTYGD DQRLVIGRCP SDPYKHSLPS QAVNDSYLRS SLRSTASYCS RDSRGHSDVY ISEHVMPYAA NKNTMYS TP RVLNSCSNRR VYKKMPSIES DV

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

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分子 #3: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Wistar
分子量理論値: 166.274219 KDa
配列文字列: MKPSAECCSP KFWLVLAVLA VSGSKARSQK SPPSIGIAVI LVGTSDEVAI KDAHEKDDFH HLSVVPRVEL VAMNETDPKS IITRICDLM SDRKIQGVVF ADDTDQEAIA QILDFISAQT LTPILGIHGG SSMIMADKDE SSMFFQFGPS IEQQASVMLN I MEEYDWYI ...文字列:
MKPSAECCSP KFWLVLAVLA VSGSKARSQK SPPSIGIAVI LVGTSDEVAI KDAHEKDDFH HLSVVPRVEL VAMNETDPKS IITRICDLM SDRKIQGVVF ADDTDQEAIA QILDFISAQT LTPILGIHGG SSMIMADKDE SSMFFQFGPS IEQQASVMLN I MEEYDWYI FSIVTTYFPG YQDFVNKIRS TIENSFVGWE LEEVLLLDMS LDDGDSKIQN QLKKLQSPII LLYCTKEEAT YI FEVANSV GLTGYGYTWI VPSLVAGDTD TVPSEFPTGL ISVSYDEWDY GLPARVRDGI AIITTAASDM LSEHSFIPEP KSS CYNTHE KRIYQSNMLN RYLINVTFEG RNLSFSEDGY QMHPKLVIIL LNKERKWERV GKWKDKSLQM KYYVWPRMCP ETEE QEDDH LSIVTLEEAP FVIVESVDPL SGTCMRNTVP CQKRIISENK TDEEPGYIKK CCKGFCIDIL KKISKSVKFT YDLYL VTNG KHGKKINGTW NGMIGEVVMK RAYMAVGSLT INEERSEVVD FSVPFIETGI SVMVSRSNGT VSPSAFLEPF SADVWV MMF VMLLIVSAVA VFVFEYFSPV GYNRCLADGR EPGGPSFTIG KAIWLLWGLV FNNSVPVQNP KGTTSKIMVS VWAFFAV IF LASYTANLAA FMIQEEYVDQ VSGLSDKKFQ RPNDFSPPFR FGTVPNGSTE RNIRNNYAEM HAYMGKFNQR GVDDALLS L KTGKLDAFIY DAAVLNYMAG RDEGCKLVTI GSGKVFASTG YGIAIQKDSG WKRQVDLAIL QLFGDGEMEE LEALWLTGI CHNEKNEVMS SQLDIDNMAG VFYMLGAAMA LSLITFICEH LFYWQFRHCF MGVCSGKPGM VFSISRGIYS CIHGVAIEER QSVMNSPTA TMNNTHSNIL RLLRTAKNMA NLSGVNGSPQ SALDFIRRES SVYDISEHRR SFTHSDCKSY NNPPCEENLF S DYISEVER TFGNLQLKDS NVYQDHYHHH HRPHSIGSTS SIDGLYDCDN PPFTTQPRSI SKKPLDIGLP SSKHSQLSDL YG KFSFKSD RYSGHDDLIR SDVSDISTHT VTYGNIEGNA AKRRKQQYKD SLKKRPASAK SRREFDEIEL AYRRRPPRSP DHK RYFRDK EGLRDFYLDQ FRTKENSPHW EHVDLTDIYK ERSDDFKRDS VSGGGPCTNR SHLKHGTGEK HGVVGGVPAP WEKN LTNVD WEDRSGGNFC RSCPSKLHNY SSTVAGQNSG RQACIRCEAC KKAGNLYDIS EDNSLQELDQ PAAPVAVTSN ASSTK YPQS PTNSKAQKKN RNKLRRQHSY DTFVDLQKEE AALAPRSVSL KDKGRFMDGS PYAHMFEMPA GESSFANKSS VPTAGH HHN NPGSGYMLSK SLYPDRVTQN PFIPTFGDDQ CLLHGSKSYF FRQPTVAGAS KTRPDFRALV TNKPVVVTLH GAVPGRF QK DICIGNQSNP CVPNNKNPRA FNGSSNGHVY EKLSSIESDV

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

+
分子 #4: Heavy Chain of GluN1 Fab, 4F11

分子名称: Heavy Chain of GluN1 Fab, 4F11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)
分子量理論値: 15.536409 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
PMVSAIVLYV LLAAAAHSAF AMDVQLQESG PGLVKPSQSL SLTCTVTGYS ITSDYAWNWI RQFPGNKLEW MGYISYSGST GYNPSLKSR ISITRDTSKN QFFLQLNSVT TEDTATYYCA RLYYGFYGMD YWGQGTSVTV S

+
分子 #5: Light Chain of GluN1 Fab, 4F11

分子名称: Light Chain of GluN1 Fab, 4F11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)
分子量理論値: 13.916562 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA MIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCKASQSVD YDGNSYMNWY QQKPGQPPKL LIYAASNLES GIPARFSGS GSGTDFTLNI HPVEEEDAAT YYCQQGNEDP PTFGGGTKLE IK

+
分子 #6: Heavy Chain of GluN2A Fab, 28C

分子名称: Heavy Chain of GluN2A Fab, 28C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)
分子量理論値: 24.054979 KDa
配列文字列: QVTLKESGPG ILQPSQTLSL TCSFSGAAAA AAGVGVGWIR QPSGKGLEWL AHIAAAAAKR YNPALKSRLT ISKDTSSSQV FLKIASVAT ADTATYYCTR AAAAAAPYWG QGTLVTVSAK RADARTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE A KVQWKVDN ...文字列:
QVTLKESGPG ILQPSQTLSL TCSFSGAAAA AAGVGVGWIR QPSGKGLEWL AHIAAAAAKR YNPALKSRLT ISKDTSSSQV FLKIASVAT ADTATYYCTR AAAAAAPYWG QGTLVTVSAK RADARTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE A KVQWKVDN ALQSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNR

+
分子 #7: Light Chain of GluN2A Fab, 28C

分子名称: Light Chain of GluN2A Fab, 28C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)
分子量理論値: 22.412863 KDa
配列文字列: DIQMTQSPAS LSVSVGETVT ITCRAAAAAA AALAWYQQKQ GKSPQLLVAA AAAAADGVPS RFSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDFGSYYCQ AAAAAPWTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPAS LSVSVGETVT ITCRAAAAAA AALAWYQQKQ GKSPQLLVAA AAAAADGVPS RFSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDFGSYYCQ AAAAAPWTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRG

+
分子 #8: Heavy Chain of GluN2B Fab2

分子名称: Heavy Chain of GluN2B Fab2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)
分子量理論値: 26.659951 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVKLQESGGG LVQPGGSLKL SCAASGFTFS SYTMSWVRQT PEKRLEWVAY ISNGGGGTYY PDTVKGRFT ISRDNAKNTL YLQMNSLKED TAMYYCARPS RGGSSYWYFD VWGAGTTVTV SSAKTKGPSV FPLAPSSKST S GGTAALGC ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVKLQESGGG LVQPGGSLKL SCAASGFTFS SYTMSWVRQT PEKRLEWVAY ISNGGGGTYY PDTVKGRFT ISRDNAKNTL YLQMNSLKED TAMYYCARPS RGGSSYWYFD VWGAGTTVTV SSAKTKGPSV FPLAPSSKST S GGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR HH HHHHHHH H

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分子 #9: Light Chain of GluN2B Fab2

分子名称: Light Chain of GluN2B Fab2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)
分子量理論値: 28.581771 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DIQMTQSPSS LSASLGGKVT ITCKASQDIN KYIAWYQHKP GKGPRLLIHY TSSLQPGIPS RFSGSGSGR DYSFSISNLE PEDIATYYCL QYDNLYTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DIQMTQSPSS LSASLGGKVT ITCKASQDIN KYIAWYQHKP GKGPRLLIHY TSSLQPGIPS RFSGSGSGR DYSFSISNLE PEDIATYYCL QYDNLYTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGECGSGSW SH PQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEK

+
分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 20 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #13: (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid

分子名称: (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: 7RC
分子量理論値: 252.205 Da
Chemical component information

ChemComp-7RC:
(2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid / (-)-CPP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-10 (5k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45676
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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