+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Open Falcilysin, from MK-4815-treated dataset | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | falcilysin open conformation / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() hemoglobin catabolic process / apicoplast / food vacuole / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / vacuolar membrane / protein processing / metalloendopeptidase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Lin JQ / Yan XF / Lescar J | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Open Falcilysin, from MK-4815-treated dataset 著者: Lin JQ / Yan XF / Lescar J | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 19.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 8 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 1.2 MB 7.5 MB 6 MB 6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 881.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 880.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8wyuMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_37939_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_37939_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37939_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37939_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Falcilysin
全体 | 名称: Falcilysin |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Falcilysin
超分子 | 名称: Falcilysin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Falcilysin
分子 | 名称: Falcilysin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 132.034156 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: IHEKSPKHNS YDIIEKRYNE EFKMTYTVYQ HKKAKTQVIS LGTNDPLDVE QAFAFYVKTL THSGKGIPHI LEHSVLSGSK NYNYKNSIG LLEKGTLHTH LNAYTFNDRT VYMAGSMNNK DFFNIMGVYM DSVFQPNVLE NKYIFETEGW TYEVEKLKED E KGKAEIPQ ...文字列: IHEKSPKHNS YDIIEKRYNE EFKMTYTVYQ HKKAKTQVIS LGTNDPLDVE QAFAFYVKTL THSGKGIPHI LEHSVLSGSK NYNYKNSIG LLEKGTLHTH LNAYTFNDRT VYMAGSMNNK DFFNIMGVYM DSVFQPNVLE NKYIFETEGW TYEVEKLKED E KGKAEIPQ MKDYKVSFNG IVYNEMKGAL SSPLEDLYHE EMKYMFPDNV HSNNSGGDPK EITNLTYEEF KEFYYKNYNP KK VKVFFFS KNNPTELLNF VDQYLGQLDY SKYRDDAVES VEYQTYKKGP FYIKKKYGDH SEEKENLVSV AWLLNPKVDK TNN HNNNHS NNQSSENNGY SNGSHSSDLS LENPTDYFVL LIINNLLIHT PESVLYKALT DCGLGNNVID RGLNDSLVQY IFSI GLKGI KRNNEKIKNF DKVHYEVEDV IMNALKKVVK EGFNKSAVEA SINNIEFILK EANLKTSKSI DFVFEMTSKL NYNRD PLLI FEFEKYLNIV KNKIKNEPMY LEKFVEKHFI NNAHRSVILL EGDENYAQEQ ENLEKQELKK RIENFNEQEK EQVIKN FEE LSKYKNAEES PEHLNKFPII SISDLNKKTL EVPVNVYFTN INENNNIMET YNKLKTNEHM LKDNMDVFLK KYVLKND KH NTNNNNNNNN NMDYSFTETK YEGNVPILVY EMPTTGIVYL QFVFSLDHLT VDELAYLNLF KTLILENKTN KRSSEDFV I LREKNIGSMS ANVALYSKDD HLNVTDKYNA QALFNLEMHV LSHKCNDALN IALEAVKESD FSNKKKVIDI LKRKINGMK TTFSEKGYAI LMKYVKAHLN SKHYAHNIIY GYENYLKLQE QLELAENDFK TLENILVRIR NKIFNKKNLM VSVTSDYGAL KHLFVNSNE SLKNLVSYFE ENDKYINDMQ NKVNDPTVMG WNEEIKSKKL FDEEKVKKEF FVLPTFVNSV SMSGILFKPG E YLDPSFTV IVAALKNSYL WDTVRGLNGA YGVFADIEYD GSVVFLSARD PNLEKTLATF RESAKGLRKM ADTMTENDLL RY IINTIGT IDKPRRGIEL SKLSFLRLIS NESEQDRVEF RKRIMNTKKE DFYKFADLLE SKVNEFEKNI VIITTKEKAN EYI ANVDGE FKKVLIE UniProtKB: Falcilysin |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN |
---|---|
分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |