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- EMDB-37711: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 RBD in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37711
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 RBD in complex with human ACE2
マップデータCryo-EM map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor binding domain) in complex with hACE2( angiotensin converting enzyme 2)
試料
  • 複合体: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor binding domain) in complex with hACE2( angiotensin converting enzyme 2)
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Processed angiotensin-converting enzyme 2
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV-2 / Omicron / BA.2.86 / RBD / human ACE2 / VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / Attachment and Entry / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of transmembrane transporter activity / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / receptor ligand activity / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Li LJ / Gu YH / Qi JX / Gao GF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB29010202 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Spike structures, receptor binding, and immune escape of recently circulating SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86, JN.1, EG.5, EG.5.1, and HV.1 sub-variants.
著者: Linjie Li / Kaiyuan Shi / Yuhang Gu / Zepeng Xu / Chang Shu / Dedong Li / Junqing Sun / Mengqing Cong / Xiaomei Li / Xin Zhao / Guanghui Yu / Songnian Hu / Hui Tan / Jianxun Qi / Xiaopeng Ma ...著者: Linjie Li / Kaiyuan Shi / Yuhang Gu / Zepeng Xu / Chang Shu / Dedong Li / Junqing Sun / Mengqing Cong / Xiaomei Li / Xin Zhao / Guanghui Yu / Songnian Hu / Hui Tan / Jianxun Qi / Xiaopeng Ma / Kefang Liu / George F Gao /
要旨: The recently emerged BA.2.86, JN.1, EG.5, EG.5.1, and HV.1 variants have a growth advantage. In this study, we explore the structural bases of receptor binding and immune evasion for the Omicron BA.2. ...The recently emerged BA.2.86, JN.1, EG.5, EG.5.1, and HV.1 variants have a growth advantage. In this study, we explore the structural bases of receptor binding and immune evasion for the Omicron BA.2.86, JN.1, EG.5, EG.5.1, and HV.1 sub-variants. Our findings reveal that BA.2.86 exhibits strong receptor binding, whereas its JN.1 sub-lineage displays a decreased binding affinity to human ACE2 (hACE2). Through complex structure analyses, we observed that the reversion of R493Q in BA.2.86 receptor binding domain (RBD) plays a facilitating role in receptor binding, while the L455S substitution in JN.1 RBD restores optimal affinity. Furthermore, the structure of monoclonal antibody (mAb) S309 complexed with BA.2.86 RBD highlights the importance of the K356T mutation, which brings a new N-glycosylation motif, altering the binding pattern of mAbs belonging to RBD-5 represented by S309. These findings emphasize the importance of closely monitoring BA.2.86 and its sub-lineages to prevent another wave of SARS-CoV-2 infections.
履歴
登録2023年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37711.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37711.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor binding domain) in complex with hACE2( angiotensin converting enzyme 2)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 320 pix.
= 220.8 Å		0.69 Å/pix.
x 320 pix.
= 220.8 Å		0.69 Å/pix.
x 320 pix.
= 220.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.0016833883 - 1.9510883
平均 (標準偏差)0.0013772107 (±0.027296131)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 220.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-B map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor...

ファイルemd_37711_half_map_1.map
注釈Half-B map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor binding domain) in complex with hACE2( angiotensin converting enzyme 2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-A map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor...

ファイルemd_37711_half_map_2.map
注釈Half-A map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor binding domain) in complex with hACE2( angiotensin converting enzyme 2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor binding d...

全体名称: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor binding domain) in complex with hACE2( angiotensin converting enzyme 2)
要素
  • 複合体: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor binding domain) in complex with hACE2( angiotensin converting enzyme 2)
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Processed angiotensin-converting enzyme 2
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor binding d...

超分子名称: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 variant BA.2.86 RBD( receptor binding domain) in complex with hACE2( angiotensin converting enzyme 2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Processed angiotensin-converting enzyme 2

分子名称: Processed angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.386992 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSTIEEQAKT FLDKFNHEAE DLFYQSSLAS WNYNTNITEE NVQNMNNAGD KWSAFLKEQS TLAQMYPLQE IQNLTVKLQL QALQQNGSS VLSEDKSKRL NTILNTMSTI YSTGKVCNPD NPQECLLLEP GLNEIMANSL DYNERLWAWE SWRSEVGKQL R PLYEEYVV ...文字列:
QSTIEEQAKT FLDKFNHEAE DLFYQSSLAS WNYNTNITEE NVQNMNNAGD KWSAFLKEQS TLAQMYPLQE IQNLTVKLQL QALQQNGSS VLSEDKSKRL NTILNTMSTI YSTGKVCNPD NPQECLLLEP GLNEIMANSL DYNERLWAWE SWRSEVGKQL R PLYEEYVV LKNEMARANH YEDYGDYWRG DYEVNGVDGY DYSRGQLIED VEHTFEEIKP LYEHLHAYVR AKLMNAYPSY IS PIGCLPA HLLGDMWGRF WTNLYSLTVP FGQKPNIDVT DAMVDQAWDA QRIFKEAEKF FVSVGLPNMT QGFWENSMLT DPG NVQKAV CHPTAWDLGK GDFRILMCTK VTMDDFLTAH HEMGHIQYDM AYAAQPFLLR NGANEGFHEA VGEIMSLSAA TPKH LKSIG LLSPDFQEDN ETEINFLLKQ ALTIVGTLPF TYMLEKWRWM VFKGEIPKDQ WMKKWWEMKR EIVGVVEPVP HDETY CDPA SLFHVSNDYS FIRYYTRTLY QFQFQEALCQ AAKHEGPLHK CDISNSTEAG QKLFNMLRLG KSEPWTLALE NVVGAK NMN VRPLLNYFEP LFTWLKDQNK NSFVGWSTDW SPYADHHHHH HHH

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme 2

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分子 #2: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 26.123621 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVQPTESIVR FPNVTNLCPF HEVFNATRFA SVYAWNRTRI SNCVADYSVL YNFAPFFAFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIKGNEV SQIAPGQTGN IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNKLDSKHSG NYDYWYRLFR KSKLKPFERD ISTEIYQAGN K PCKGKGPN ...文字列:
RVQPTESIVR FPNVTNLCPF HEVFNATRFA SVYAWNRTRI SNCVADYSVL YNFAPFFAFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIKGNEV SQIAPGQTGN IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNKLDSKHSG NYDYWYRLFR KSKLKPFERD ISTEIYQAGN K PCKGKGPN CYFPLQSYGF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFHHHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 341631
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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