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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3745 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the foot-containing 80S ribosome | |||||||||
マップデータ | Programmed foot-containing 80S ribosome | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Sarkar A / Thoms M / Barrio-Garcia C / Thomson E / Flemming D / Beckmann R / Hurt E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Preribosomes escaping from the nucleus are caught during translation by cytoplasmic quality control. 著者: Anshuk Sarkar / Matthias Thoms / Clara Barrio-Garcia / Emma Thomson / Dirk Flemming / Roland Beckmann / Ed Hurt / 要旨: Assembly of fully functional ribosomes is a prerequisite for failsafe translation. This explains why maturing preribosomal subunits have to pass through an array of quality-control checkpoints, ...Assembly of fully functional ribosomes is a prerequisite for failsafe translation. This explains why maturing preribosomal subunits have to pass through an array of quality-control checkpoints, including nuclear export, to ensure that only properly assembled ribosomes engage in translation. Despite these safeguards, we found that nuclear pre-60S particles unable to remove a transient structure composed of ITS2 pre-rRNA and associated assembly factors, termed the 'foot', escape to the cytoplasm, where they can join with mature 40S subunits to catalyze protein synthesis. However, cells harboring these abnormal ribosomes show translation defects indicated by the formation of 80S ribosomes poised with pre-60S subunits carrying tRNAs in trapped hybrid states. To overcome this translational stress, the cytoplasmic surveillance machineries RQC and Ski-exosome target these malfunctioning ribosomes. Thus, pre-60S subunits that escape nuclear quality control can enter translation, but are caught by cytoplasmic surveillance mechanisms. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3745.map.gz | 123.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3745-v30.xml emd-3745.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3745.png | 62.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3745 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3745 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3745.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Programmed foot-containing 80S ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.084 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Foot-containing 80S ribosome TAP-Flag-Nop53 Las1-HA-Aid
全体 | 名称: Foot-containing 80S ribosome TAP-Flag-Nop53 Las1-HA-Aid |
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要素 |
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-超分子 #1: Foot-containing 80S ribosome TAP-Flag-Nop53 Las1-HA-Aid
超分子 | 名称: Foot-containing 80S ribosome TAP-Flag-Nop53 Las1-HA-Aid タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 4869 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: FREALIGN |