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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36979 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of LonC protease heptamer (heated at 343K) | |||||||||
マップデータ | CryoEM map of LonC protease (Heat at 343 K) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Lon proteases / chaperone / hepatmer / high temperature | |||||||||
生物種 | Meiothermus taiwanensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Li M / Hsieh K / Liu H / Zhang S / Gao Y / Gong Q / Zhang K / Chang C / Li S | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Fundam Res / 年: 2024 タイトル: Bifurcated assembly pathway and dual function of a Lon-like protease revealed by cryo-EM Analysis 著者: Li M / Liu H / Hsieh KY / Zhang S / Gao Y / Gong Q / Zhang K / Chang CI / Li S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36979.map.gz | 136.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36979-v30.xml emd-36979.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36979.png | 51.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36979.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_36979_additional_1.map.gz emd_36979_half_map_1.map.gz emd_36979_half_map_2.map.gz | 69.6 MB 133.3 MB 133.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36979 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36979 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36979_validation.pdf.gz | 782.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36979_full_validation.pdf.gz | 782.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36979_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36979_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36979 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36979 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36979.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of LonC protease (Heat at 343 K) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: CryoEM map of LonC protease (Heat at 343 K)
ファイル | emd_36979_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of LonC protease (Heat at 343 K) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM map of LonC protease (Heat at 343 K)
ファイル | emd_36979_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of LonC protease (Heat at 343 K) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM map of LonC protease (Heat at 343 K)
ファイル | emd_36979_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of LonC protease (Heat at 343 K) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CryoEM structure of LonC protease hepatmer, heated at 343K
全体 | 名称: CryoEM structure of LonC protease hepatmer, heated at 343K |
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要素 |
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-超分子 #1: CryoEM structure of LonC protease hepatmer, heated at 343K
超分子 | 名称: CryoEM structure of LonC protease hepatmer, heated at 343K タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Meiothermus taiwanensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 560 KDa |
-分子 #1: LonC heptamer (heated)
分子 | 名称: LonC heptamer (heated) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MRLSYEALEW RTPIENSTEP VSLPPPPPFF GQERAREALE LAIRGGFHAY LVGPPSLGKH EALLAYLSTQ SVETPPDLLY VPLSERKVAV LTLPSGQEIH LAEAVEGLLL EVNRLDELFR QGSFLREKTQ LEARFKEARE QQLEALRREA QEAGFALSTN GERLELTGPG ...文字列: MRLSYEALEW RTPIENSTEP VSLPPPPPFF GQERAREALE LAIRGGFHAY LVGPPSLGKH EALLAYLSTQ SVETPPDLLY VPLSERKVAV LTLPSGQEIH LAEAVEGLLL EVNRLDELFR QGSFLREKTQ LEARFKEARE QQLEALRREA QEAGFALSTN GERLELTGPG PVPAELSARL EEVTLGSLAA SAELEVALRR LRRDWALHYL NNRFEPLFQR FPQARAYLEA LRARLARYAE TGEPLDPAQW RPNLLTSSSS GTPPPIVYEP YATAPRLFGR LDYLVDRGVW STNVSLIRPG AVHRAQGGYL ILDALSLKRE GTWEAFKRAL RNGQVEPVTE PQAPAGLEVE PFPIQMQVIL VGTPEAFEGL EEDPAFSELF RIRAEFSPTL PASPENCTAL GGWLLAQGFQ LTQGGLTRLY DEARRMAEQR DRMDARLVEI RALAEEAAVL GGGLLTAESV EQAIAAREHR SFLSEEEFLR AVQEGVIRLR TTGRAVGEVN SLVVVEAAPY WGRPARLTAR AAPGRDHLIS IDREAGLGGQ IFHKAVLTLA GYLRSRYIEH GSLPVTISLA FEQNYVSIEG DSAGLAELVA ALSAIGNLPL RQDLAVTGAV DQTGKVLAVG AINAKVEGFF RVCKALGLSG TQGVILPEAN LANLTLRAEV LEAVRAGQFH IYAVETAEQA LEILAGARME GFRGLQEKIR AGLEAFARLE EGHDKEDREK LAAALEHHHH HH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |