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- EMDB-36704: Human 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase in MCCU state with MCoA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36704
タイトルHuman 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase in MCCU state with MCoA
マップデータ
試料
  • 複合体: Dodecamer of human MCC
    • タンパク質・ペプチド: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase subunit alpha, mitochondrial
  • リガンド: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 3-methylbut-2-enethioate
  • リガンド: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL
キーワードMCC / Mitochondrial / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / methylcrotonoyl-CoA carboxylase / biotin metabolic process / methylcrotonoyl-CoA carboxylase complex / methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / L-leucine catabolic process / Biotin transport and metabolism / biotin carboxylase activity / branched-chain amino acid catabolic process ...: / methylcrotonoyl-CoA carboxylase / biotin metabolic process / methylcrotonoyl-CoA carboxylase complex / methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / L-leucine catabolic process / Biotin transport and metabolism / biotin carboxylase activity / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / coenzyme A metabolic process / biotin binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain MCCB/AccD1-like / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. ...Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain MCCB/AccD1-like / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylcrotonoyl-CoA carboxylase subunit alpha, mitochondrial / Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Liu DS / Su JY / Tian XY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071192 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase in BCCP-BCS state with substrate
著者: Liu DS / Su JY
履歴
登録2023年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36704.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36704.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 360 pix.
= 349.2 Å		0.97 Å/pix.
x 360 pix.
= 349.2 Å		0.97 Å/pix.
x 360 pix.
= 349.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.123
最小 - 最大-0.27829522 - 0.93563443
平均 (標準偏差)-0.0006573992 (±0.035780817)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 349.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36704_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36704_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dodecamer of human MCC

全体名称: Dodecamer of human MCC
要素
  • 複合体: Dodecamer of human MCC
    • タンパク質・ペプチド: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase subunit alpha, mitochondrial
  • リガンド: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 3-methylbut-2-enethioate
  • リガンド: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

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超分子 #1: Dodecamer of human MCC

超分子名称: Dodecamer of human MCC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial

分子名称: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methylcrotonoyl-CoA carboxylase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.406027 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MWAVLRLALR PCARASPAGP RAYHGDSVAS LGTQPDLGSA LYQENYKQMK ALVNQLHERV EHIKLGGGEK ARALHISRGK LLPRERIDN LIDPGSPFLE LSQFAGYQLY DNEEVPGGGI ITGIGRVSGV ECMIIANDAT VKGGAYYPVT VKKQLRAQEI A MQNRLPCI ...文字列:
MWAVLRLALR PCARASPAGP RAYHGDSVAS LGTQPDLGSA LYQENYKQMK ALVNQLHERV EHIKLGGGEK ARALHISRGK LLPRERIDN LIDPGSPFLE LSQFAGYQLY DNEEVPGGGI ITGIGRVSGV ECMIIANDAT VKGGAYYPVT VKKQLRAQEI A MQNRLPCI YLVDSGGAYL PRQADVFPDR DHFGRTFYNQ AIMSSKNIAQ IAVVMGSCTA GGAYVPAMAD ENIIVRKQGT IF LAGPPLV KAATGEEVSA EDLGGADLHC RKSGVSDHWA LDDHHALHLT RKVVRNLNYQ KKLDVTIEPS EEPLFPADEL YGI VGANLK RSFDVREVIA RIVDGSRFTE FKAFYGDTLV TGFARIFGYP VGIVGNNGVL FSESAKKGTH FVQLCCQRNI PLLF LQNIT GFMVGREYEA EGIAKDGAKM VAAVACAQVP KITLIIGGSY GAGNYGMCGR AYSPRFLYIW PNARISVMGG EQAAN VLAT ITKDQRAREG KQFSSADEAA LKEPIIKKFE EEGNPYYSSA RVWDDGIIDP ADTRLVLGLS FSAALNAPIE KTDFGI FRM

UniProtKB: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial

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分子 #2: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase subunit alpha, mitochondrial

分子名称: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase subunit alpha, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methylcrotonoyl-CoA carboxylase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.584016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAASAVSVL LVAAERNRWH RLPSLLLPPR TWVWRQRTMK YTTATGRNIT KVLIANRGEI ACRVMRTAKK LGVQTVAVYS EADRNSMHV DMADEAYSIG PAPSQQSYLS MEKIIQVAKT SAAQAIHPGC GFLSENMEFA ELCKQEGIIF IGPPPSAIRD M GIKSTSKS ...文字列:
MAAASAVSVL LVAAERNRWH RLPSLLLPPR TWVWRQRTMK YTTATGRNIT KVLIANRGEI ACRVMRTAKK LGVQTVAVYS EADRNSMHV DMADEAYSIG PAPSQQSYLS MEKIIQVAKT SAAQAIHPGC GFLSENMEFA ELCKQEGIIF IGPPPSAIRD M GIKSTSKS IMAAAGVPVV EGYHGEDQSD QCLKEHARRI GYPVMIKAVR GGGGKGMRIV RSEQEFQEQL ESARREAKKS FN DDAMLIE KFVDTPRHVE VQVFGDHHGN AVYLFERDCS VQRRHQKIIE EAPAPGIKSE VRKKLGEAAV RAAKAVNYVG AGT VEFIMD SKHNFCFMEM NTRLQVEHPV TEMITGTDLV EWQLRIAAGE KIPLSQEEIT LQGHAFEARI YAEDPSNNFM PVAG PLVHL STPRADPSTR IETGVRQGDE VSVHYDPMIA KLVVWAADRQ AALTKLRYSL RQYNIVGLHT NIDFLLNLSG HPEFE AGNV HTDFIPQHHK QLLLSRKAAA KESLCQAALG LILKEKAMTD TFTLQAHDQF SPFSSSSGRR LNISYTRNMT LKDGKN NVA IAVTYNHDGS YSMQIEDKTF QVLGNLYSEG DCTYLKCSVN GVASKAKLII LENTIYLFSK EGSIEIDIPV PKYLSSV SS QETQGGPLAP MTGTIEKVFV KAGDKVKAGD SLMVMIAMKM EHTIKSPKDG TVKKVFYREG AQANRHTPLV EFEEEESD K RESE

UniProtKB: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase subunit alpha, mitochondrial

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分子 #3: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-5-(6-aminopur...

分子名称: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl- ...名称: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 3-methylbut-2-enethioate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: TW3
分子量理論値: 849.635 Da

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分子 #4: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

分子名称: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: BTI
分子量理論値: 228.311 Da
Chemical component information

ChemComp-BTI:
5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82260
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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