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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36590 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase Fo in complex with TBAJ-587 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | ATP synthase (ATP合成酵素) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / hydrolase activity / lipid binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang Y / Lai Y / Liu F / Rao Z / Gong H | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase 著者: Zhang Y / Lai Y / Liu F / Rao Z / Gong H | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36590.map.gz | 483.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36590-v30.xml emd-36590.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36590.png | 29.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36590.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_36590_half_map_1.map.gz emd_36590_half_map_2.map.gz | 475.6 MB 475.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36590 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36590 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jr1MC 8j0sC 8j0tC 8j57C 8j58C 8jr0C 8khfC 8ki3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36590.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36590_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36590_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mycobacterium tuberculosis ATP synthase
全体 | 名称: Mycobacterium tuberculosis ATP synthase |
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要素 |
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-超分子 #1: Mycobacterium tuberculosis ATP synthase
超分子 | 名称: Mycobacterium tuberculosis ATP synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
-分子 #1: ATP synthase subunit c
分子 | 名称: ATP synthase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 8.058423 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
配列 | 文字列: MDPTIAAGAL IGGGLIMAGG AIGAGIGDGV AGNALISGVA RQPEAQGRLF TPFFITVGLV EAAYFINLAF MALFVFATPV K UniProtKB: ATP synthase subunit c |
-分子 #2: ATP synthase subunit a
分子 | 名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 27.488436 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
配列 | 文字列: MTETILAAQI EVGEHHTATW LGMTVNTDTV LSTAIAGLIV IALAFYLRAK VTSTDVPGGV QLFFEAITIQ MRNQVESAIG MRIAPFVLP LAVTIFVFIL ISNWLAVLPV QYTDKHGHTT ELLKSAAADI NYVLALALFV FVCYHTAGIW RRGIVGHPIK L LKGHVTLL ...文字列: MTETILAAQI EVGEHHTATW LGMTVNTDTV LSTAIAGLIV IALAFYLRAK VTSTDVPGGV QLFFEAITIQ MRNQVESAIG MRIAPFVLP LAVTIFVFIL ISNWLAVLPV QYTDKHGHTT ELLKSAAADI NYVLALALFV FVCYHTAGIW RRGIVGHPIK L LKGHVTLL APINLVEEVA KPISLSLRLF GNIFAGGILV ALIALFPPYI MWAPNAIWKA FDLFVGAIQA FIFALLTILY FS QAMELEE EHH UniProtKB: ATP synthase subunit a |
-分子 #3: (1~{S},2~{S})-1-(6-bromanyl-2-methoxy-quinolin-3-yl)-2-(2,6-dimet...
分子 | 名称: (1~{S},2~{S})-1-(6-bromanyl-2-methoxy-quinolin-3-yl)-2-(2,6-dimethoxypyridin-4-yl)-4-(dimethylamino)-1-(2-fluoranyl-3-methoxy-phenyl)butan-2-ol タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: UTI |
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分子量 | 理論値: 614.503 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 81528 |