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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36589 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase in complex with TBAJ-587 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | ATP synthase / Mycobacterium tuberculosis / cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / photosynthetic electron transport in photosystem II / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / peptidoglycan-based cell wall ...proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / photosynthetic electron transport in photosystem II / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / peptidoglycan-based cell wall / ADP binding / hydrolase activity / lipid binding / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang Y / Lai Y / Liu F / Rao Z / Gong H | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase 著者: Zhang Y / Lai Y / Liu F / Rao Z / Gong H | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36589.map.gz | 482.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36589-v30.xml emd-36589.xml | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36589.png | 40.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36589.cif.gz | 7.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36589 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36589 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36589_validation.pdf.gz | 561.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36589_full_validation.pdf.gz | 561 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36589_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36589_validation.cif.gz | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36589 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36589 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jr0MC 8j0sC 8j0tC 8j57C 8j58C 8jr1C 8khfC 8ki3C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Mycobacterium tuberculosis ATP synthase
+超分子 #1: Mycobacterium tuberculosis ATP synthase
+分子 #1: ATP synthase subunit alpha
+分子 #2: ATP synthase subunit beta
+分子 #3: ATP synthase gamma chain
+分子 #4: ATP synthase epsilon chain
+分子 #5: ATP synthase subunit c
+分子 #6: ATP synthase subunit a
+分子 #7: ATP synthase subunit b
+分子 #8: Multifunctional fusion protein
+分子 #9: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #10: MAGNESIUM ION
+分子 #11: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #12: (1~{S},2~{S})-1-(6-bromanyl-2-methoxy-quinolin-3-yl)-2-(2,6-dimet...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 81528 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |