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- EMDB-36174: Cryo-EM structure of Gi1-bound mGlu2-mGlu3 heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36174
タイトルCryo-EM structure of Gi1-bound mGlu2-mGlu3 heterodimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Gi1-bound mGlu2-mGlu3 heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 3
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: 1-butyl-3-chloranyl-4-(4-phenylpiperidin-1-yl)pyridin-2-one
  • リガンド: GLUTAMIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
キーワードComplex structure / mGlu2-mGlu3 heterodimer with Gi protein / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / intracellular glutamate homeostasis / behavioral response to nicotine / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / glutamate secretion ...regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / intracellular glutamate homeostasis / behavioral response to nicotine / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / glutamate secretion / long-term synaptic depression / regulation of glutamate secretion / cellular response to stress / regulation of dopamine secretion / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of protein localization to cell cortex / Adenylate cyclase inhibitory pathway / T cell migration / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase regulator activity / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / calcium channel regulator activity / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / Regulation of insulin secretion / response to cocaine / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / response to peptide hormone / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GDP binding / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / presynaptic membrane / G protein activity / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / midbody / cell cortex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / scaffold protein binding / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / gene expression / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / dendritic spine / postsynaptic membrane / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 2 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 2 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein alpha subunit, group I / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Metabotropic glutamate receptor 2 / Metabotropic glutamate receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wang X / Wang M / Xu T / Feng Y / Han S / Lin S / Zhao Q / Wu B
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)31825010 中国
National Science Foundation (NSF, China)82121005 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Structural insights into dimerization and activation of the mGlu2-mGlu3 and mGlu2-mGlu4 heterodimers.
著者: Xinwei Wang / Mu Wang / Tuo Xu / Ye Feng / Qiang Shao / Shuo Han / Xiaojing Chu / Yechun Xu / Shuling Lin / Qiang Zhao / Beili Wu /
要旨: Heterodimerization of the metabotropic glutamate receptors (mGlus) has shown importance in the functional modulation of the receptors and offers potential drug targets for treating central nervous ...Heterodimerization of the metabotropic glutamate receptors (mGlus) has shown importance in the functional modulation of the receptors and offers potential drug targets for treating central nervous system diseases. However, due to a lack of molecular details of the mGlu heterodimers, understanding of the mechanisms underlying mGlu heterodimerization and activation is limited. Here we report twelve cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the mGlu2-mGlu3 and mGlu2-mGlu4 heterodimers in different conformational states, including inactive, intermediate inactive, intermediate active and fully active conformations. These structures provide a full picture of conformational rearrangement of mGlu2-mGlu3 upon activation. The Venus flytrap domains undergo a sequential conformational change, while the transmembrane domains exhibit a substantial rearrangement from an inactive, symmetric dimer with diverse dimerization patterns to an active, asymmetric dimer in a conserved dimerization mode. Combined with functional data, these structures reveal that stability of the inactive conformations of the subunits and the subunit-G protein interaction pattern are determinants of asymmetric signal transduction of the heterodimers. Furthermore, a novel binding site for two mGlu4 positive allosteric modulators was observed in the asymmetric dimer interfaces of the mGlu2-mGlu4 heterodimer and mGlu4 homodimer, and may serve as a drug recognition site. These findings greatly extend our knowledge about signal transduction of the mGlus.
履歴
登録2023年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36174.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36174.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.56 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.56 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-2.2362425 - 3.4598722
平均 (標準偏差)0.0000081068965 (±0.03107926)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 385.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36174_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_36174_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gi1-bound mGlu2-mGlu3 heterodimer

全体名称: Gi1-bound mGlu2-mGlu3 heterodimer
要素
  • 複合体: Gi1-bound mGlu2-mGlu3 heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 3
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: 1-butyl-3-chloranyl-4-(4-phenylpiperidin-1-yl)pyridin-2-one
  • リガンド: GLUTAMIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

+
超分子 #1: Gi1-bound mGlu2-mGlu3 heterodimer

超分子名称: Gi1-bound mGlu2-mGlu3 heterodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 2

分子名称: Metabotropic glutamate receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 95.684273 KDa
組換発現生物種: mammal environmental sample (環境試料)
配列文字列: DYKDDDDGAP EGPAKKVLTL EGDLVLGGLF PVHQKGGPAE DCGPVNEHRG IQRLEAMLFA LDRINRDPHL LPGVRLGAHI LDSCSKDTH ALEQALDFVR ASLSRGADGS RHICPDGSYA THGDAPTAIT GVIGGSYSDV SIQVANLLRL FQIPQISYAS T SAKLSDKS ...文字列:
DYKDDDDGAP EGPAKKVLTL EGDLVLGGLF PVHQKGGPAE DCGPVNEHRG IQRLEAMLFA LDRINRDPHL LPGVRLGAHI LDSCSKDTH ALEQALDFVR ASLSRGADGS RHICPDGSYA THGDAPTAIT GVIGGSYSDV SIQVANLLRL FQIPQISYAS T SAKLSDKS RYDYFARTVP PDFFQAKAMA EILRFFNWTY VSTVASEGDY GETGIEAFEL EARARNICVA TSEKVGRAMS RA AFEGVVR ALLQKPSARV AVLFTRSEDA RELLAASQRL NASFTWVASD GWGALESVVA GSEGAAEGAI TIELASYPIS DFA SYFQSL DPWNNSRNPW FREFWEQRFR CSFRQRDCAA HSLRAVPFEQ ESKIMFVVNA VYAMAHALHN MHRALCPNTT RLCD AMRPV NGRRLYKDFV LNVKFDAPFR PADTHNEVRF DRFGDGIGRY NIFTYLRAGS GRYRYQKVGY WAEGLTLDTS LIPWA SPSA GPLPASRCSE PCLQNEVKSV QPGEVCCWLC IPCQPYEYRL DEFTCADCGL GYWPNASLTG CFELPQEYIR WGDAWA VGP VTIACLGALA TLFVLGVFVR HNATPVVKAS GRELCYILLG GVFLCYCMTF IFIAKPSTAV CTLRRLGLGT AFSVCYS AL LTKTNRIARI FGGAREGAQR PRFISPASQV AICLALISGQ LLIVVAWLVV EAPGTGKETA PERREVVTLR CNHRDASM L GSLAYNVLLI ALCTLYAFKT RKCPENFNEA KFIGFTMYTT CIIWLAFLPI FYVTSSDYRV QTTTMCVSVS LSGSVVLGC LFAPKLHIIL FQPQKNVVSH RAPTSRFGSA AARASSSLGQ GSGSQFVPTV CNGREVVDST TSSLLEVLFQ

UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 2

+
分子 #2: Metabotropic glutamate receptor 3

分子名称: Metabotropic glutamate receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100.810344 KDa
組換発現生物種: mammal environmental sample (環境試料)
配列文字列: DYKDDDDKGA PWSHPQFEKG SGSWSHPQFE KLGDHNFLRR EIKIEGDLVL GGLFPINEKG TGTEECGRIN EDRGIQRLEA MLFAIDEIN KDDYLLPGVK LGVHILDTCS RDTYALEQSL EFVRASLTKV DEAEYMCPDG SYAIQENIPL LIAGVIGGSY S SVSIQVAN ...文字列:
DYKDDDDKGA PWSHPQFEKG SGSWSHPQFE KLGDHNFLRR EIKIEGDLVL GGLFPINEKG TGTEECGRIN EDRGIQRLEA MLFAIDEIN KDDYLLPGVK LGVHILDTCS RDTYALEQSL EFVRASLTKV DEAEYMCPDG SYAIQENIPL LIAGVIGGSY S SVSIQVAN LLRLFQIPQI SYASTSAKLS DKSRYDYFAR TVPPDFYQAK AMAEILRFFN WTYVSTVASE GDYGETGIEA FE QEARLRN ICIATAEKVG RSNIRKSYDS VIRELLQKPN ARVVVLFMRS DDSRELIAAA SRANASFTWV ASDGWGAQES IIK GSEHVA YGAITLELAS QPVRQFDRYF QSLNPYNNHR NPWFRDFWEQ KFQCSLQNKR NHRRVCDKHL AIDSSNYEQE SKIM FVVNA VYAMAHALHK MQRTLCPNTT KLCDAMKILD GKKLYKDYLL KINFTAPFNP NKDADSIVKF DTFGDGMGRY NVFNF QNVG GKYSYLKVGH WAETLSLDVN SIHWSRNSVP TSQCSDPCAP NEMKNMQPGD VCCWICIPCE PYEYLADEFT CMDCGS GQW PTADLTGCYD LPEDYIRWED AWAIGPVTIA CLGFMCTCMV VTVFIKHNNT PLVKASGREL CYILLFGVGL SYCMTFF FI AKPSPVICAL RRLGLGSSFA ICYSALLTKT NCIARIFDGV KNGAQRPKFI SPSSQVFICL GLILVQIVMV SVWLILEA P GTRRYTLAEK RETVILKCNV KDSSMLISLT YDVILVILCT VYAFKTRKCP ENFNEAKFIG FTMYTTCIIW LAFLPIFYV TSSDYRVQTT TMCISVSLSG FVVLGCLFAP KVHIILFQPQ KNVVTHRLHL NRFSVSGTGT TYSQSSASTY VPTVCNGREV LDSTTSSLL EVLFQ

UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 3

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.414047 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHASM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.744371 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI ...文字列:
MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI VTSSGDTTCA LWDIETGQQT TTFTGHTGDV MSLSLAPDTR LFVSGACDAS AKLWDVREGM CRQTFTGHES DI NAICFFP NGNAFATGSD DATCRLFDLR ADQELMTYSH DNIICGITSV SFSKSGRLLL AGYDDFNCNV WDALKADRAG VLA GHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

+
分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

+
分子 #6: 1-butyl-3-chloranyl-4-(4-phenylpiperidin-1-yl)pyridin-2-one

分子名称: 1-butyl-3-chloranyl-4-(4-phenylpiperidin-1-yl)pyridin-2-one
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: HZR
分子量理論値: 344.878 Da
Chemical component information

ChemComp-HZR:
1-butyl-3-chloranyl-4-(4-phenylpiperidin-1-yl)pyridin-2-one / 3-クロロ-1-ブチル-4-(4-フェニルピペリジノ)ピリジン-2(1H)-オン

+
分子 #7: GLUTAMIC ACID

分子名称: GLUTAMIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: GLU
分子量理論値: 147.129 Da
Chemical component information

ChemComp-GLU:
GLUTAMIC ACID / グルタミン酸

+
分子 #8: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

+
分子 #9: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: PEF
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 994275
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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