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万見
- EMDB-36111: Gq bound FZD1 in ligand-free state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36111
タイトルGq bound FZD1 in ligand-free state
マップデータ
試料
  • 複合体: FZD1-Gq complex in the ligand-free state
    • タンパク質・ペプチド: Frizzled-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: nanobody Nb35
キーワードFZD1-Gq / class-F / Frizzled receptor / Complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


muscular septum morphogenesis / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / autocrine signaling / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis ...muscular septum morphogenesis / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / autocrine signaling / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis / endothelial cell differentiation / PLC beta mediated events / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / Wnt-protein binding / presynapse assembly / entrainment of circadian clock / regulation of platelet activation / midbrain dopaminergic neuron differentiation / hard palate development / frizzled binding / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / Wnt signalosome / regulation of canonical Wnt signaling pathway / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / glutamate receptor signaling pathway / outflow tract morphogenesis / PKA activation in glucagon signalling / phototransduction, visible light / developmental growth / negative regulation of BMP signaling pathway / hair follicle placode formation / regulation of presynapse assembly / photoreceptor outer segment / neuropeptide signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / postsynaptic cytosol / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of osteoblast differentiation / intracellular transport / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / response to prostaglandin E / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of protein kinase activity / enzyme regulator activity / cellular response to glucagon stimulus / regulation of insulin secretion / GTPase activator activity / adenylate cyclase activator activity / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / trans-Golgi network membrane / TCF dependent signaling in response to WNT / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / G protein-coupled receptor binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / bone development / positive regulation of neuron projection development / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / platelet aggregation / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / cognition / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / neuron differentiation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / blood coagulation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / sensory perception of smell / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
G-protein alpha subunit, group Q / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. ...G-protein alpha subunit, group Q / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Frizzled-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Lin X / Xu F
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: A framework for Frizzled-G protein coupling and implications to the PCP signaling pathways.
著者: Zhibin Zhang / Xi Lin / Ling Wei / Yiran Wu / Lu Xu / Lijie Wu / Xiaohu Wei / Suwen Zhao / Xiangjia Zhu / Fei Xu /
要旨: The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. ...The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. Understanding FZD activation mechanism is key to unlock these emerging targets. Here we present the cryo-EM structures of FZD6 and FZD3 which are known to relay non-canonical planar cell polarity (PCP) signaling pathways as well as FZD1 in their G protein-coupled states and in the apo inactive states, respectively. Comparison of the three inactive/active pairs unveiled a shared activation framework among all ten FZDs. Mutagenesis along with imaging and functional analysis on the human lens epithelial tissues suggested potential crosstalk between the G-protein coupling of FZD6 and the PCP signaling pathways. Together, this study provides an integrated understanding of FZD structure and function, and lays the foundation for developing therapeutic modulators to activate or inhibit FZD signaling for a range of disorders including cancers and cataracts.
履歴
登録2023年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月17日-
マップ公開2024年1月17日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36111.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36111.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 55.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 244 pix.
= 258.64 Å		1.06 Å/pix.
x 244 pix.
= 258.64 Å		1.06 Å/pix.
x 244 pix.
= 258.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.0017412013 - 2.021513
平均 (標準偏差)0.0011545139 (±0.024303826)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ244244244
Spacing244244244
セルA=B=C: 258.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_36111_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36111_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36111_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FZD1-Gq complex in the ligand-free state

全体名称: FZD1-Gq complex in the ligand-free state
要素
  • 複合体: FZD1-Gq complex in the ligand-free state
    • タンパク質・ペプチド: Frizzled-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: nanobody Nb35

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超分子 #1: FZD1-Gq complex in the ligand-free state

超分子名称: FZD1-Gq complex in the ligand-free state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Frizzled-1

分子名称: Frizzled-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.015668 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GVRAQAAGQG PGQGPGPGQQ PPPPPQQQQS GQQYNGERGI SVPDHGYCQP ISIPLCTDIA YNQTIMPNLL GHTNQEDAGL EVHQFYPLV KVQCSAELKF FLCSMYAPVC TVLEQALPPC RSLCERARQG CEALMNKFGF QWPDTLKCEK FPVHGAGELC V GQNTSDKG ...文字列:
GVRAQAAGQG PGQGPGPGQQ PPPPPQQQQS GQQYNGERGI SVPDHGYCQP ISIPLCTDIA YNQTIMPNLL GHTNQEDAGL EVHQFYPLV KVQCSAELKF FLCSMYAPVC TVLEQALPPC RSLCERARQG CEALMNKFGF QWPDTLKCEK FPVHGAGELC V GQNTSDKG TPTPSLLPEF WTSNPQHGGG GHRGGFPGGA GASERGKFSC PRALKVPSYL NYHFLGEKDC GAPCEPTKVY GL MYFGPEE LRFSRTWIGI WSVLCCASTL FTVLTYLVDM RRFSYPERPI IFLSGCYTAV AVAYIAGFLL EDRVVCNDKF AED GARTVA QGTKKEGCTI LFMMLYFFSM ASSIWWVILS LTWFLAAGMK WGHEAIEANS QYFHLAAWAV PAIKTITILA LGQV DGDVL SGVCFVGLNN VDALRGFVLA PLFVYLFIGT SFLLAGFVSL FRIRTIMKHD GTKTEKLEKL MVRIGVFSVL YTVPA TIVI ACYFYEQAFR DQWERSWVAQ SCKSYAIPCP HLQAGGGAPP HPPMSPDFTV FMIKYLMTLI VGITSGFWIW SGKTLN SWR KFYTRLTNSK QGETTV

UniProtKB: Frizzled-1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms sh...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Chimeric protein MiniGQ / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.8205 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GNSKTEDQRN EEKAQREANK KIEQLRRDKR DARRATHRLL LLGADNSGKS TIVKQMRILH GGSGGSGGTS GIFETKFQVD KVNFHMFDV GGQRDERRKW IQCFNDVTAI IFVVDSSDYN RLQEALNLFK SIWNNRWLRT ISVILFLNKQ DLLAEKVLAG K SKIEDYFP ...文字列:
GNSKTEDQRN EEKAQREANK KIEQLRRDKR DARRATHRLL LLGADNSGKS TIVKQMRILH GGSGGSGGTS GIFETKFQVD KVNFHMFDV GGQRDERRKW IQCFNDVTAI IFVVDSSDYN RLQEALNLFK SIWNNRWLRT ISVILFLNKQ DLLAEKVLAG K SKIEDYFP EFARYTTPED ATPEPGEDPR VTRAKYFIRD EFLRISTASG DGRHYCYPHF TCAVDTENAR RIFNDCKDTI LQ LNLKEYN LV

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms ...UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.41693 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.845078 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFSAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #5: nanobody Nb35

分子名称: nanobody Nb35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 16.054232 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAMQVQLQES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF TFSNYKMNWV RQAPGKGLEW VSDISQSGAS ISYTGSVKG RFTISRDNAK NTLYLQMNSL KPEDTAVYYC ARCPAPFTRD CFDVTSTTYA YRGQGTQVTV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 544329
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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