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- EMDB-3602: KaiCBA circadian clock backbone model based on a Cryo-EM density -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3602
タイトルKaiCBA circadian clock backbone model based on a Cryo-EM density
マップデータKaiCBA circadian clock complex
試料
  • 複合体: KaiCBA circadian clock complex
    • タンパク質・ペプチド: Circadian clock protein kinase KaiC
    • タンパク質・ペプチド: Circadian clock protein KaiB
    • タンパク質・ペプチド: Circadian clock protein KaiA
キーワードAAA+-ATPase / Kinase / Circadian Clock Complex / Cyanobacteria / Fold-switch / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of redox state / regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / positive regulation of circadian rhythm / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm ...detection of redox state / regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / positive regulation of circadian rhythm / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Circadian clock protein KaiA, N-terminal / Circadian clock protein KaiA, N-terminal domain / KaiA N-terminal domain profile. / Circadian clock protein KaiA / Circadian clock protein KaiB / Circadian clock protein KaiA, C-terminal / KaiA C-terminal domain / KaiA C-terminal domain profile. / KaiA / Circadian clock protein KaiB-like ...Circadian clock protein KaiA, N-terminal / Circadian clock protein KaiA, N-terminal domain / KaiA N-terminal domain profile. / Circadian clock protein KaiA / Circadian clock protein KaiB / Circadian clock protein KaiA, C-terminal / KaiA C-terminal domain / KaiA C-terminal domain profile. / KaiA / Circadian clock protein KaiB-like / KaiA/RbsU helical domain superfamily / KaiB domain / KaiB domain / KaiB / Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / CheY-like superfamily / Thioredoxin-like superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Circadian clock oscillator protein KaiC / Circadian clock oscillator protein KaiB / Circadian clock oscillator protein KaiA
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Schuller JM / Snijder J
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structures of the cyanobacterial circadian oscillator frozen in a fully assembled state.
著者: Joost Snijder / Jan M Schuller / Anika Wiegard / Philip Lössl / Nicolas Schmelling / Ilka M Axmann / Jürgen M Plitzko / Friedrich Förster / Albert J R Heck /
要旨: Cyanobacteria have a robust circadian oscillator, known as the Kai system. Reconstituted from the purified protein components KaiC, KaiB, and KaiA, it can tick autonomously in the presence of ...Cyanobacteria have a robust circadian oscillator, known as the Kai system. Reconstituted from the purified protein components KaiC, KaiB, and KaiA, it can tick autonomously in the presence of adenosine 5'-triphosphate (ATP). The KaiC hexamers enter a natural 24-hour reaction cycle of autophosphorylation and assembly with KaiB and KaiA in numerous diverse forms. We describe the preparation of stoichiometrically well-defined assemblies of KaiCB and KaiCBA, as monitored by native mass spectrometry, allowing for a structural characterization by single-particle cryo-electron microscopy and mass spectrometry. Our data reveal details of the interactions between the Kai proteins and provide a structural basis to understand periodic assembly of the protein oscillator.
履歴
登録2017年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年3月29日-
マップ公開2017年3月29日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0188
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0188
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5n8y
  • 表面レベル: 0.0188
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3602.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3602.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈KaiCBA circadian clock complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 196 pix.
= 264.6 Å		1.35 Å/pix.
x 196 pix.
= 264.6 Å		1.35 Å/pix.
x 196 pix.
= 264.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0188 / ムービー #1: 0.0188
最小 - 最大-0.055518128 - 0.07684249
平均 (標準偏差)0.0001822975 (±0.0040218798)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 264.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.600264.600264.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-0.0560.0770.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : KaiCBA circadian clock complex

全体名称: KaiCBA circadian clock complex
要素
  • 複合体: KaiCBA circadian clock complex
    • タンパク質・ペプチド: Circadian clock protein kinase KaiC
    • タンパク質・ペプチド: Circadian clock protein KaiB
    • タンパク質・ペプチド: Circadian clock protein KaiA

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超分子 #1: KaiCBA circadian clock complex

超分子名称: KaiCBA circadian clock complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)

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分子 #1: Circadian clock protein kinase KaiC

分子名称: Circadian clock protein kinase KaiC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
分子量理論値: 58.072773 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTSAEMTSPN NNSEHQAIAK MRTMIEGFDD ISHGGLPIGR STLVSGTSGT GKTLFSIQFL YNGIIEFDEP GVFVTFEETP QDIIKNARS FGWDLAKLVD EGKLFILDAS PDPEGQEVVG GFDLSALIER INYAIQKYRA RRVSIDSVTS VFQQYDASSV V RRELFRLV ...文字列:
MTSAEMTSPN NNSEHQAIAK MRTMIEGFDD ISHGGLPIGR STLVSGTSGT GKTLFSIQFL YNGIIEFDEP GVFVTFEETP QDIIKNARS FGWDLAKLVD EGKLFILDAS PDPEGQEVVG GFDLSALIER INYAIQKYRA RRVSIDSVTS VFQQYDASSV V RRELFRLV ARLKQIGATT VMTTERIEEY GPIARYGVEE FVSDNVVILR NVLEGERRRR TLEILKLRGT SHMKGEYPFT IT DHGINIF PLGAMRLTQR SSNVRVSSGV VRLDEMCGGG FFKDSIILAT GATGTGKTLL VSRFVENACA NKERAILFAY EES RAQLLR NAYSWGMDFE EMERQNLLKI VCAYPESAGL EDHLQIIKSE INDFKPARIA IDSLSALARG VSNNAFRQFV IGVT GYAKQ EEITGLFTNT SDQFMGAHSI TDSHISTITD TIILLQYVEI RGEMSRAINV FKMRGSWHDK AIREFMISDK GPDIK DSFR NFERIISGSP TRITVDEKSE LSRIVRGVQE KGPES

UniProtKB: Circadian clock oscillator protein KaiC

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分子 #2: Circadian clock protein KaiB

分子名称: Circadian clock protein KaiB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
分子量理論値: 11.450387 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSPRKTYILK LYVAGNTPNS VRALKTLKNI LEVEFQGVYA LKVIDVLKNP QLAEEDKILA TPTLAKVLPL PVRRIIGDLS DREKVLIGL DLLYGELQDS DDF

UniProtKB: Circadian clock oscillator protein KaiB

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分子 #3: Circadian clock protein KaiA

分子名称: Circadian clock protein KaiA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
分子量理論値: 32.666199 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLSQIAICIW VESTAILQDC QRALSADRYQ LQVCESGEML LEYAQTHRDQ IDCLILVAAN PSFRAVVQQL CFEGVVVPAI VVGDRDSED PDEPAKEQLY HSAELHLGIH QLEQLPYQVD AALAEFLRLA PVETMADHIM LMGANHDPEL SSQQRDLAQR L QERLGYLG ...文字列:
MLSQIAICIW VESTAILQDC QRALSADRYQ LQVCESGEML LEYAQTHRDQ IDCLILVAAN PSFRAVVQQL CFEGVVVPAI VVGDRDSED PDEPAKEQLY HSAELHLGIH QLEQLPYQVD AALAEFLRLA PVETMADHIM LMGANHDPEL SSQQRDLAQR L QERLGYLG VYYKRDPDRF LRNLPAYESQ KLHQAMQTSY REIVLSYFSP NSNLNQSIDN FVNMAFFADV PVTKVVEIHM EL MDEFAKK LRVEGRSEDI LLDYRLTLID VIAHLCEMYR RSIPRET

UniProtKB: Circadian clock oscillator protein KaiA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 15.2 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: 3D Shape with the approximate demensions of the 2D Classes
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32498
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5n8y:
KaiCBA circadian clock backbone model based on a Cryo-EM density

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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