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- PDB-5n8y: KaiCBA circadian clock backbone model based on a Cryo-EM density -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n8y
タイトルKaiCBA circadian clock backbone model based on a Cryo-EM density
要素
  • Circadian clock protein KaiA
  • Circadian clock protein KaiB
  • Circadian clock protein kinase KaiC
キーワードTRANSFERASE / AAA+-ATPase / Kinase / Circadian Clock Complex / Cyanobacteria / Fold-switch
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of redox state / negative regulation of phosphorylation / regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / positive regulation of circadian rhythm / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / circadian rhythm / regulation of circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...detection of redox state / negative regulation of phosphorylation / regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / positive regulation of circadian rhythm / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / circadian rhythm / regulation of circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Circadian clock protein KaiA, N-terminal / Circadian clock protein KaiA, N-terminal domain / KaiA N-terminal domain profile. / Circadian clock protein KaiA / Circadian clock protein KaiB / Circadian clock protein KaiA, C-terminal / KaiA C-terminal domain / KaiA C-terminal domain profile. / KaiA / Circadian clock protein KaiB-like ...Circadian clock protein KaiA, N-terminal / Circadian clock protein KaiA, N-terminal domain / KaiA N-terminal domain profile. / Circadian clock protein KaiA / Circadian clock protein KaiB / Circadian clock protein KaiA, C-terminal / KaiA C-terminal domain / KaiA C-terminal domain profile. / KaiA / Circadian clock protein KaiB-like / KaiA/RbsU helical domain superfamily / KaiB domain / KaiB domain / KaiB / Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / CheY-like superfamily / Thioredoxin-like superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Circadian clock oscillator protein KaiC / Circadian clock oscillator protein KaiB / Circadian clock oscillator protein KaiA
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Schuller, J.M. / Snijder, J. / Loessl, P. / Heck, A.J.R. / Foerster, F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structures of the cyanobacterial circadian oscillator frozen in a fully assembled state.
著者: Joost Snijder / Jan M Schuller / Anika Wiegard / Philip Lössl / Nicolas Schmelling / Ilka M Axmann / Jürgen M Plitzko / Friedrich Förster / Albert J R Heck /
要旨: Cyanobacteria have a robust circadian oscillator, known as the Kai system. Reconstituted from the purified protein components KaiC, KaiB, and KaiA, it can tick autonomously in the presence of ...Cyanobacteria have a robust circadian oscillator, known as the Kai system. Reconstituted from the purified protein components KaiC, KaiB, and KaiA, it can tick autonomously in the presence of adenosine 5'-triphosphate (ATP). The KaiC hexamers enter a natural 24-hour reaction cycle of autophosphorylation and assembly with KaiB and KaiA in numerous diverse forms. We describe the preparation of stoichiometrically well-defined assemblies of KaiCB and KaiCBA, as monitored by native mass spectrometry, allowing for a structural characterization by single-particle cryo-electron microscopy and mass spectrometry. Our data reveal details of the interactions between the Kai proteins and provide a structural basis to understand periodic assembly of the protein oscillator.
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.details / _em_software.name
改定 1.22018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_software / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...em_software / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_software.name
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3602
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian clock protein kinase KaiC
B: Circadian clock protein kinase KaiC
C: Circadian clock protein kinase KaiC
D: Circadian clock protein kinase KaiC
E: Circadian clock protein kinase KaiC
F: Circadian clock protein kinase KaiC
G: Circadian clock protein KaiB
H: Circadian clock protein KaiB
K: Circadian clock protein KaiB
J: Circadian clock protein KaiB
I: Circadian clock protein KaiB
L: Circadian clock protein KaiB
M: Circadian clock protein KaiA
N: Circadian clock protein KaiA
O: Circadian clock protein KaiA
P: Circadian clock protein KaiA
Q: Circadian clock protein KaiA
R: Circadian clock protein KaiA
S: Circadian clock protein KaiA
T: Circadian clock protein KaiA
U: Circadian clock protein KaiA
V: Circadian clock protein KaiA
W: Circadian clock protein KaiA
X: Circadian clock protein KaiA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)809,13324
ポリマ－809,13324
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, KaiC6B6A12 - native mass spec
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Circadian clock protein kinase KaiC


分子量: 58072.773 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質
Circadian clock protein KaiB


分子量: 11450.387 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: kaiB, Synpcc7942_1217, see0010 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79PF5
#3: タンパク質
Circadian clock protein KaiA


分子量: 32666.199 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: kaiA, Synpcc7942_1218, see0009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79PF6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: KaiCBA circadian clock complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 15.2 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1TOM Toolbox粒子像選択TOM picker
4CTFFIND4CTF補正
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
11RELION1.4分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32498 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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