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- EMDB-2923: Electron cryo-microscopy of a transcribing Pol IIp complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2923
タイトルElectron cryo-microscopy of a transcribing Pol IIp complex
マップデータReconstruction of a transcribing Pol IIp complex
試料
  • 試料: transcribing Pol IIp complex from yeast
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II
  • Other: DNA-RNA Scaffold
キーワードTranscription / pre-mRNA capping
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Martinez-Rucobo FW / Kohler R / van de Waterbeemd M / Heck AJR / Hemann M / Herzog F / Stark H / Cramer P
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015
タイトル: Molecular Basis of Transcription-Coupled Pre-mRNA Capping.
著者: Fuensanta W Martinez-Rucobo / Rebecca Kohler / Michiel van de Waterbeemd / Albert J R Heck / Matthias Hemann / Franz Herzog / Holger Stark / Patrick Cramer /
要旨: Capping is the first step in pre-mRNA processing, and the resulting 5'-RNA cap is required for mRNA splicing, export, translation, and stability. Capping is functionally coupled to transcription by ...Capping is the first step in pre-mRNA processing, and the resulting 5'-RNA cap is required for mRNA splicing, export, translation, and stability. Capping is functionally coupled to transcription by RNA polymerase (Pol) II, but the coupling mechanism remains unclear. We show that efficient binding of the capping enzyme (CE) to transcribing, phosphorylated yeast Pol II (Pol IIp) requires nascent RNA with an unprocessed 5'-triphosphate end. The transcribing Pol IIp-CE complex catalyzes the first two steps of capping, and its analysis by mass spectrometry, cryo-electron microscopy, and protein crosslinking revealed the molecular basis for transcription-coupled pre-mRNA capping. CE docks to the Pol II wall and spans the end of the RNA exit tunnel to position the CE active sites for sequential binding of the exiting RNA 5' end. Thus, the RNA 5' end triggers its own capping when it emerges from Pol II, to ensure seamless RNA protection from 5'-exonucleases during early transcription.
履歴
登録2015年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月1日-
マップ公開2015年9月23日-
更新2015年9月23日-
現状2015年9月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2923_squ...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2923.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of a transcribing Pol IIp complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 148 pix.
= 296. Å		2 Å/pix.
x 148 pix.
= 296. Å		2 Å/pix.
x 148 pix.
= 296. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.31250411 - 0.41651475
平均 (標準偏差)0.00077728 (±0.01971558)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ148148148
Spacing148148148
セルA=B=C: 296.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z148148148
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.000296.000296.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS148148148
D min/max/mean-0.3130.4170.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : transcribing Pol IIp complex from yeast

全体名称: transcribing Pol IIp complex from yeast
要素
  • 試料: transcribing Pol IIp complex from yeast
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II
  • Other: DNA-RNA Scaffold

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超分子 #1000: transcribing Pol IIp complex from yeast

超分子名称: transcribing Pol IIp complex from yeast / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One monomer of Pol IIp contains Pol IIp contains 1 DNA/RNA scaffold of 2 DNA and 1 RNA molecules
Number unique components: 2
分子量実験値: 540 KDa / 理論値: 540 KDa / 手法: native mass spectroscopy

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNA polymerase II / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
分子量実験値: 520 KDa / 理論値: 520 KDa

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分子 #2: DNA-RNA Scaffold

分子名称: DNA-RNA Scaffold / タイプ: other / ID: 2 / Name.synonym: template DNA, non-template DNA, mRNA / 分類: DNA/RNA / Structure: OTHER / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 20 KDa / 理論値: 20 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.25 / 詳細: 5mM HEPES, 100mM KCl, 3mM DTT
グリッド詳細: 200 mesh grid with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
Cs0
日付2014年1月7日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 74000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / Cs: mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 66214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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