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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3580 | |||||||||
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タイトル | E. coli expressome | |||||||||
マップデータ | E. coli expressome | |||||||||
試料 |
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キーワード | expressome ribosome RNA polymerase / ribosome | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / four-way junction DNA binding / DNA-directed RNA polymerase complex / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / ribonucleoside binding / mRNA 5'-UTR binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / response to heat / cytosolic small ribosomal subunit / protein-containing complex assembly / cytoplasmic translation / intracellular iron ion homeostasis / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / protein dimerization activity / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Kohler R / Mooney RA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Architecture of a transcribing-translating expressome. 著者: R Kohler / R A Mooney / D J Mills / R Landick / P Cramer / 要旨: DNA transcription is functionally coupled to messenger RNA (mRNA) translation in bacteria, but how this is achieved remains unclear. Here we show that RNA polymerase (RNAP) and the ribosome of can ...DNA transcription is functionally coupled to messenger RNA (mRNA) translation in bacteria, but how this is achieved remains unclear. Here we show that RNA polymerase (RNAP) and the ribosome of can form a defined transcribing and translating "expressome" complex. The cryo-electron microscopic structure of the expressome reveals continuous protection of ~30 nucleotides of mRNA extending from the RNAP active center to the ribosome decoding center. The RNAP-ribosome interface includes the RNAP subunit α carboxyl-terminal domain, which is required for RNAP-ribosome interaction in vitro and for pronounced cell growth defects upon translation inhibition in vivo, consistent with its function in transcription-translation coupling. The expressome structure can only form during transcription elongation and explains how translation can prevent transcriptional pausing, backtracking, and termination. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3580.map.gz | 7.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3580-v30.xml emd-3580.xml | 42.3 KB 42.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3580.png | 58 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3580.cif.gz | 10.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3580 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3580 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3580_validation.pdf.gz | 227 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3580_full_validation.pdf.gz | 226.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3580_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3580 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3580 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | E. coli expressome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : in vitro reconstituted E. coli expressome consisting of transcrib...
+超分子 #1: in vitro reconstituted E. coli expressome consisting of transcrib...
+超分子 #2: Translating Ribosome
+超分子 #3: Transcribing RNA Polymerase
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S3
+分子 #3: 30S ribosomal protein S4
+分子 #4: 30S ribosomal protein S5
+分子 #5: 30S ribosomal protein S6
+分子 #6: 30S ribosomal protein S7
+分子 #7: 30S ribosomal protein S8
+分子 #8: 30S ribosomal protein S9
+分子 #9: 30S ribosomal protein S10
+分子 #10: 30S ribosomal protein S11
+分子 #11: 30S ribosomal protein S12
+分子 #12: 30S ribosomal protein S13
+分子 #13: 30S ribosomal protein S14
+分子 #14: 30S ribosomal protein S15
+分子 #15: 30S ribosomal protein S16
+分子 #16: 30S ribosomal protein S17
+分子 #17: 30S ribosomal protein S18
+分子 #18: 30S ribosomal protein S19
+分子 #19: 30S ribosomal protein S20
+分子 #20: 30S ribosomal protein S2
+分子 #21: 30S ribosomal protein S21
+分子 #22: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #23: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #24: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #25: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #26: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 16.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: 70S ribosome without mRNA, tRNAs, or other factors bound. |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: as implemented in Relion 1.4 / 使用した粒子像数: 15085 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-5my1: |