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- EMDB-35667: Cryo-EM map of Euglena gracilis supercomplex III2+IV2, complex II... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35667
タイトルCryo-EM map of Euglena gracilis supercomplex III2+IV2, complex III2 focused
マップデータ
試料
  • 複合体: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2
キーワードElectron transport chain / supercomplex / membrane protein / Euglena gracilis / ELECTRON TRANSPORT
生物種Euglena gracilis (ミドリムシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Wu MC / He ZX / Tian HT / Hu YQ / Zhou L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Zhejiang UniversityZJU100 Young Professor 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Euglena's atypical respiratory chain adapts to the discoidal cristae and flexible metabolism.
著者: Zhaoxiang He / Mengchen Wu / Hongtao Tian / Liangdong Wang / Yiqi Hu / Fangzhu Han / Jiancang Zhou / Yong Wang / Long Zhou /
要旨: Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron ...Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron transport chain. While structures of the electron transport chain complexes and supercomplexes of most other eukaryotic clades have been reported, no similar structure is currently available for Discoba, limiting the understandings of its core metabolism and leaving a gap in the evolutionary tree of eukaryotic bioenergetics. Here, we report high-resolution cryo-EM structures of Euglena's respirasome I + III + IV and supercomplex III + IV. A previously unreported fatty acid synthesis domain locates on the tip of complex I's peripheral arm, providing a clear picture of its atypical subunit composition identified previously. Individual complexes are re-arranged in the respirasome to adapt to the non-uniform membrane curvature of the discoidal cristae. Furthermore, Euglena's conformationally rigid complex I is deactivated by restricting ubiquinone's access to its substrate tunnel. Our findings provide structural insights for therapeutic developments against euglenozoan parasite infections.
履歴
登録2023年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35667.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35667.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 448 pix.
= 537.6 Å		1.2 Å/pix.
x 448 pix.
= 537.6 Å		1.2 Å/pix.
x 448 pix.
= 537.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.4
最小 - 最大-4.3821425 - 8.312004999999999
平均 (標準偏差)0.004628295 (±0.21199031)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 537.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35667_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35667_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Euglena gracilis supercomplex III2+IV2

全体名称: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2
要素
  • 複合体: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2

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超分子 #1: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2

超分子名称: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 1.4 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMTrisTrimethylsilyl
100.0 mMNaClSodium chloride
0.002 %PMSFPhenylmethylsulfonyl fluoride
0.1 %GDNGlyco-diosgenin
1.0 mMEDTAEthylene diamine tetraacetic acid

詳細: SEC buffer (30 mM Tris pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.002% PMSF, 0.1% GDN (w/v), 1mM EDTA)
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: 15mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9807 / 平均露光時間: 7.8 sec. / 平均電子線量: 51.51 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3232325
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: 3D ab-inito model reconstruction in cryosparc
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2) / 使用した粒子像数: 135598
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 45074 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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