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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35473 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Semliki Forest virus in complex with the receptor VLDLR LA1-5 | ||||||||||||
マップデータ | overall structure of SFV VLP in complex with VLDLR LA1-5 | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Cao D / Ma B / Cao Z / Zhang X / Xiang Y | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR. 著者: Duanfang Cao / Bingting Ma / Ziyi Cao / Xinzheng Zhang / Ye Xiang / 要旨: Semliki Forest virus (SFV) is an alphavirus that uses the very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR) as a receptor during infection of its vertebrate hosts and insect vectors. Herein, we used ...Semliki Forest virus (SFV) is an alphavirus that uses the very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR) as a receptor during infection of its vertebrate hosts and insect vectors. Herein, we used cryoelectron microscopy to study the structure of SFV in complex with VLDLR. We found that VLDLR binds multiple E1-DIII sites of SFV through its membrane-distal LDLR class A (LA) repeats. Among the LA repeats of the VLDLR, LA3 has the best binding affinity to SFV. The high-resolution structure shows that LA3 binds SFV E1-DIII through a small surface area of 378 Å, with the main interactions at the interface involving salt bridges. Compared with the binding of single LA3s, consecutive LA repeats around LA3 promote synergistic binding to SFV, during which the LAs undergo a rotation, allowing simultaneous key interactions at multiple E1-DIII sites on the virion and enabling the binding of VLDLRs from divergent host species to SFV. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35473.map.gz | 365.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35473-v30.xml emd-35473.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35473_fsc.xml | 20.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35473.png | 160.2 KB | ||
その他 | emd_35473_additional_1.map.gz emd_35473_additional_2.map.gz emd_35473_half_map_1.map.gz emd_35473_half_map_2.map.gz | 45.7 MB 81.7 MB 366 MB 366 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35473 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35473 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35473.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 759.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | overall structure of SFV VLP in complex with VLDLR LA1-5 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: structure of SFV VLP in complex with VLDLR LA1-5 at 5-fold axis
ファイル | emd_35473_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | structure of SFV VLP in complex with VLDLR LA1-5 at 5-fold axis | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: structure of SFV VLP in complex with VLDLR LA1-5 at 2-fold axis
ファイル | emd_35473_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | structure of SFV VLP in complex with VLDLR LA1-5 at 2-fold axis | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35473_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35473_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Semliki Forest virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-5
全体 | 名称: Semliki Forest virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-5 |
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要素 |
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-超分子 #1: Semliki Forest virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-5
超分子 | 名称: Semliki Forest virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-5 タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Semliki Forest virus (セムリキ森林ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |