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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3533 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of the 70S chloroplast ribosome | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of the 70S chloroplast ribosome | |||||||||
試料 |
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キーワード | chloroplast / translation / ribosome / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast rRNA processing / plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / chloroplast stroma / plastid / mitochondrial translation ...chloroplast rRNA processing / plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / chloroplast stroma / plastid / mitochondrial translation / chloroplast thylakoid membrane / ribosomal small subunit binding / chloroplast / DNA-templated transcription termination / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Bieri P / Leibundgut M | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2017 タイトル: The complete structure of the chloroplast 70S ribosome in complex with translation factor pY. 著者: Philipp Bieri / Marc Leibundgut / Martin Saurer / Daniel Boehringer / Nenad Ban / 要旨: Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, ...Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, they still contain their own genome and the machinery for protein biosynthesis. Here, we present the atomic structure of the chloroplast 70S ribosome prepared from spinach leaves and resolved by cryo-EM at 3.4 Å resolution. The complete structure reveals the features of the 4.5S rRNA, which probably evolved by the fragmentation of the 23S rRNA, and all five plastid-specific ribosomal proteins. These proteins, required for proper assembly and function of the chloroplast translation machinery, bind and stabilize rRNA including regions that only exist in the chloroplast ribosome. Furthermore, the structure reveals plastid-specific extensions of ribosomal proteins that extensively remodel the mRNA entry and exit site on the small subunit as well as the polypeptide tunnel exit and the putative binding site of the signal recognition particle on the large subunit. The translation factor pY, involved in light- and temperature-dependent control of protein synthesis, is bound to the mRNA channel of the small subunit and interacts with 16S rRNA nucleotides at the A-site and P-site, where it protects the decoding centre and inhibits translation by preventing tRNA binding. The small subunit is locked by pY in a non-rotated state, in which the intersubunit bridges to the large subunit are stabilized. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3533.map.gz | 13.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3533-v30.xml emd-3533.xml | 80.2 KB 80.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3533_fsc.xml | 11.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3533.png | 231.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3533.cif.gz | 16.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3533 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3533 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3533_validation.pdf.gz | 275 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3533_full_validation.pdf.gz | 274.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3533_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3533 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3533 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of the 70S chloroplast ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Chloroplast 70S ribosome
+超分子 #1: Chloroplast 70S ribosome
+分子 #1: 50S ribosomal protein L31
+分子 #2: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
+分子 #3: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
+分子 #4: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
+分子 #5: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
+分子 #6: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
+分子 #7: plastid ribosomal protein cL37, PSRP5
+分子 #8: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic
+分子 #11: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
+分子 #12: plastid ribosomal protein uL3c
+分子 #13: plastid ribosomal protein uL4c
+分子 #14: plastid ribosomal protein uL5c
+分子 #15: plastid ribosomal protein uL6c
+分子 #16: plastid ribosomal protein bL9c
+分子 #17: plastid ribosomal protein uL10c
+分子 #18: 50S ribosomal protein L11, chloroplastic
+分子 #19: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
+分子 #20: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
+分子 #21: plastid ribosomal protein uL15c
+分子 #22: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
+分子 #23: plastid ribosomal protein uL14c
+分子 #24: plastid ribosomal protein uL18c
+分子 #25: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
+分子 #26: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
+分子 #27: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
+分子 #28: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
+分子 #29: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
+分子 #30: plastid ribosomal protein uL24c
+分子 #32: plastid ribosomal protein bL27c
+分子 #33: plastid ribosomal protein bL28c
+分子 #34: plastid ribosomal protein uL29c
+分子 #36: plastid ribosomal protein bS1c
+分子 #38: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic
+分子 #39: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
+分子 #40: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
+分子 #41: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic
+分子 #42: plastid ribosomal protein bS6c
+分子 #43: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic
+分子 #44: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic
+分子 #45: plastid ribosomal protein uS9c
+分子 #46: plastid ribosomal protein uS10c
+分子 #47: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic
+分子 #48: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic
+分子 #49: plastid ribosomal protein uS13c
+分子 #50: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic
+分子 #51: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
+分子 #52: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic
+分子 #53: plastid ribosomal protein uS17c
+分子 #54: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic
+分子 #55: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic
+分子 #56: plastid ribosomal protein bS20c
+分子 #57: plastid ribosomal protein bS21c
+分子 #58: 30S ribosomal protein 2, chloroplastic
+分子 #59: 30S ribosomal protein 3, chloroplastic
+分子 #60: 30S ribosomal protein S31, chloroplastic
+分子 #61: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic
+分子 #9: 23S ribosomal RNA
+分子 #10: 5S ribosomal RNA
+分子 #31: 4.5S ribosomal RNA
+分子 #35: tRNA-Phe
+分子 #37: 16S ribosomal RNA
+分子 #62: ZINC ION
+分子 #63: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.12 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-8 / 実像数: 2796 / 平均露光時間: 0.77 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 90.8 |
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得られたモデル | PDB-5mmm: |