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- EMDB-35229: In situ structure of axonemal doublet microtubules in mouse sperm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35229
タイトルIn situ structure of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 16-nm repeat
マップデータAxonemal doublet microtubules in mouse sperm with 16-nm repeat
試料
  • 細胞: mouse sperm
    • タンパク質・ペプチド: x 24種
  • リガンド: x 1種
キーワードmicrotubules / axoneme / sperm / filament / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal microtubule doublet inner sheath / outer acrosomal membrane / regulation of brood size / establishment of left/right asymmetry / 9+0 motile cilium / axonemal B tubule inner sheath / axonemal A tubule inner sheath / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III ...axonemal microtubule doublet inner sheath / outer acrosomal membrane / regulation of brood size / establishment of left/right asymmetry / 9+0 motile cilium / axonemal B tubule inner sheath / axonemal A tubule inner sheath / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / protein polyglutamylation / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Intraflagellar transport / positive regulation of feeding behavior / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / 9+2 motile cilium / COPI-mediated anterograde transport / cilium movement involved in cell motility / Kinesins / Aggrephagy / PKR-mediated signaling / acrosomal membrane / axoneme assembly / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RHO GTPases activate IQGAPs / microtubule sliding / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Recycling pathway of L1 / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases Activate Formins / axonemal microtubule / Separation of Sister Chromatids / Hedgehog 'off' state / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / cilium organization / AURKA Activation by TPX2 / manchette / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / MHC class II antigen presentation / flagellated sperm motility / motile cilium / extrinsic component of membrane / protein targeting to membrane / : / positive regulation of cell motility / tubulin complex / protein-serine/threonine phosphatase / ciliary base / regulation of neuron projection development / protein serine/threonine phosphatase activity / cerebral cortex cell migration / phosphatase activity / mitotic cytokinesis / microtubule organizing center / regulation of cell division / cilium assembly / cellular response to unfolded protein / spermatid development / axoneme / single fertilization / sperm flagellum / alpha-tubulin binding / microtubule-based process / beta-tubulin binding / intercellular bridge / cytoplasmic microtubule / heat shock protein binding / phosphoprotein phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / Neutrophil degranulation / protein tyrosine phosphatase activity / Hsp70 protein binding / acrosomal vesicle / mitotic spindle organization / cellular response to leukemia inhibitory factor / centriole / Hsp90 protein binding / SH3 domain binding / mitochondrial intermembrane space / G protein-coupled receptor binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / intracellular calcium ion homeostasis / spindle pole / calcium-dependent protein binding / mitotic spindle / intracellular protein localization / myelin sheath / mitotic cell cycle
類似検索 - 分子機能
: / Atypical dual specificity phosphatase, subfamily B / Protein of unknown function DUF4513 / Sperm-associated microtubule inner protein 10 / Tektin bundle interacting protein 1 / Coiled-coil domain-containing protein 105 / Tektin bundle interacting protein 1 / : / DJBP, EF-hand domain / EF-hand domain ...: / Atypical dual specificity phosphatase, subfamily B / Protein of unknown function DUF4513 / Sperm-associated microtubule inner protein 10 / Tektin bundle interacting protein 1 / Coiled-coil domain-containing protein 105 / Tektin bundle interacting protein 1 / : / DJBP, EF-hand domain / EF-hand domain / Tektin / Cilia- and flagella-associated protein 276 / Sperm acrosome-associated protein 9 / : / Tektin family / Protein of unknown function (DUF3695) / Sperm acrosome-associated protein 9 / Uncharacterised protein FAM166/UPF0605 / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Protein Flattop / Ciliary microtubule inner protein 2B-like / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Flattop / : / DM10 domain / EF-hand domain-containing protein EFHC1/EFHC2/EFHB / DM10 domain / DM10 domain profile. / Domains in hypothetical proteins in Drosophila, C. elegans and mammals. Occurs singly in some nucleoside diphosphate kinases. / Enkurin domain / : / Calmodulin-binding / Enkurin domain profile. / : / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / EF hand / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / EF-hand domain pair / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Beta tubulin / Protein-tyrosine phosphatase-like / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cilia- and flagella-associated protein 77 / Tektin bundle-interacting protein 1 / Tektin-5 / Tubulin alpha-3 chain / Tubulin beta-4B chain / Tektin-4 / Cilia- and flagella-associated protein 52 / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6 / Protein Flattop / Enkurin ...Cilia- and flagella-associated protein 77 / Tektin bundle-interacting protein 1 / Tektin-5 / Tubulin alpha-3 chain / Tubulin beta-4B chain / Tektin-4 / Cilia- and flagella-associated protein 52 / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6 / Protein Flattop / Enkurin / Tektin-3 / Sperm acrosome-associated protein 9 / Cilia- and flagella-associated protein 20 / Tektin-2 / EF-hand domain-containing family member C2 / Ciliary microtubule inner protein 2A / Tektin-like protein 1 / Dual specificity phosphatase 21 / Sperm-associated microtubule inner protein 10 / EF-hand domain-containing protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 276 / Tektin-1 / Parkin coregulated gene protein homolog / Ciliary microtubule inner protein 2C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zhu Y / Yin GL / Tai LH / Sun F
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925026 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: In-cell structural insight into the stability of sperm microtubule doublet.
著者: Linhua Tai / Guoliang Yin / Xiaojun Huang / Fei Sun / Yun Zhu /
要旨: The propulsion for mammalian sperm swimming is generated by flagella beating. Microtubule doublets (DMTs) along with microtubule inner proteins (MIPs) are essential structural blocks of flagella. ...The propulsion for mammalian sperm swimming is generated by flagella beating. Microtubule doublets (DMTs) along with microtubule inner proteins (MIPs) are essential structural blocks of flagella. However, the intricate molecular architecture of intact sperm DMT remains elusive. Here, by in situ cryo-electron tomography, we solved the in-cell structure of mouse sperm DMT at 4.5-7.5 Å resolutions, and built its model with 36 kinds of MIPs in 48 nm periodicity. We identified multiple copies of Tektin5 that reinforce Tektin bundle, and multiple MIPs with different periodicities that anchor the Tektin bundle to tubulin wall. This architecture contributes to a superior stability of A-tubule than B-tubule of DMT, which was revealed by structural comparison of DMTs from the intact and deformed axonemes. Our work provides an overall molecular picture of intact sperm DMT in 48 nm periodicity that is essential to understand the molecular mechanism of sperm motility as well as the related ciliopathies.
履歴
登録2023年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35229.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35229.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 16-nm repeat
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.76 Å/pix.
x 320 pix.
= 563.2 Å		1.76 Å/pix.
x 320 pix.
= 563.2 Å		1.76 Å/pix.
x 320 pix.
= 563.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.003409233 - 0.013886109
平均 (標準偏差)0.00070860336 (±0.0015342648)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 563.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : mouse sperm

全体名称: mouse sperm
要素
  • 細胞: mouse sperm
    • タンパク質・ペプチド: Tektin-1
    • タンパク質・ペプチド: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-4B chain
    • タンパク質・ペプチド: Tektin-2
    • タンパク質・ペプチド: Tektin-3
    • タンパク質・ペプチド: Tektin-4
    • タンパク質・ペプチド: Tektin bundle-interacting protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Tektin-5
    • タンパク質・ペプチド: EF-hand domain-containing protein 1
    • タンパク質・ペプチド: EF-hand domain-containing family member C2
    • タンパク質・ペプチド: Protein FAM166A
    • タンパク質・ペプチド: Protein FAM166C
    • タンパク質・ペプチド: Dual specificity phosphatase 21
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil domain-containing protein 105
    • タンパク質・ペプチド: Enkurin
    • タンパク質・ペプチド: Testis-expressed protein 43
    • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 276
    • タンパク質・ペプチド: Protein Flattop
    • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 52
    • タンパク質・ペプチド: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Cilia and flagella-associated protein 77
    • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 20
    • タンパク質・ペプチド: Parkin coregulated gene protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Sperm acrosome-associated protein 9
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: mouse sperm

超分子名称: mouse sperm / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: Tektin-1

分子名称: Tektin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 48.713035 KDa
配列文字列: MAKLLQSPPR FLPEEWYIAN KSQYHRAEAQ RSQSERLVAE SQRLVEEIEK TTRKSQSDVN KKLEQRLEEV RFWKKELDDK LEQLVNQTD DLLTYKTRLE RSLESYKEPL HITEKCLEYR EKRVGIDLVH DVVEQELQKE ADIIHGVMNL LIRTLEESTE Q IRLNRSAK ...文字列:
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UniProtKB: Tektin-1

+
分子 #2: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain

分子名称: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 61 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 48.68909 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIVDLVL DRIRKLADLC TGLQGFLIFH SFGGGTGSGF ASLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIVDLVL DRIRKLADLC TGLQGFLIFH SFGGGTGSGF ASLLMERLSV D YGKKSKLE FAIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCM LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDL AALEKDYEEV GVD

UniProtKB: Tubulin alpha-3 chain

+
分子 #3: Tubulin beta-4B chain

分子名称: Tubulin beta-4B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 62 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 47.897918 KDa
配列文字列: MREIVHLQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY YNEATGGKYV PRAVLVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
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UniProtKB: Tubulin beta-4B chain

+
分子 #4: Tektin-2

分子名称: Tektin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 50.385066 KDa
配列文字列: MATLSFKPSE RYRLSDWRTN SYLLSTNAER QRDASHQIRQ EARILRNETN NQIVWDEHDN RTRLAERIDT VNRWKETLDK CLTDLDAEI DSLAQAKESA EQNLQAKNLP LDVAIECLTL RESRRDIDVV RDPVEEELLK EVEVIEATKK VLQEKISQAF Q HLCLLQEI ...文字列:
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UniProtKB: Tektin-2

+
分子 #5: Tektin-3

分子名称: Tektin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 56.754777 KDa
配列文字列: MELLGSTLTA TYAHPPPASA SFLPAIGTIT SSYKDRFPHR NLTHSLSLPW RPNTYYKTAY NYPTLAPYSS RSQRVCESTM LPFVSNRTT FFTRYTPDDW YRSNLVSFQE SNSSRHNSER LRVDTSRLIQ DKYQQIRKTQ AHSTQNLGER VNDLAFWKSE I THELDEMI ...文字列:
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UniProtKB: Tektin-3

+
分子 #6: Tektin-4

分子名称: Tektin-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 52.121449 KDa
配列文字列: MAQTGVLLTK EPAPQSIDVC ELPRKEYEVA CNTGAYTSSG LATAGFRTAK YLRDEWFQNS YARYHQAFAD RDYSERQRHE SGQLVAETG ALAQRTQLDS TRKVGERLED MHCWKSELQR EIDELSSETD LMMAQKLRLQ RALDATSVPY SIATDNLQCR E RRQHPDLV ...文字列:
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UniProtKB: Tektin-4

+
分子 #7: Tektin bundle-interacting protein 1

分子名称: Tektin bundle-interacting protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.987262 KDa
配列文字列: MENVRREATR PSVPSGTLEL YFPDHLYRND YVSLEGPRWA PAIKQAVRWK FTPMGRDAAG QVWFTGLTNS EPGDAWYKLP RALDTPYRE AHTRWHGCFQ SRQRGLPPAY TQHLREMAFW DPAITAQYLN SGPRWGCMQW RDRQIRGKEF VVTRNQFGAK L PWRSDYVP ...文字列:
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UniProtKB: Tektin bundle-interacting protein 1

+
分子 #8: Tektin-5

分子名称: Tektin-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 62.817535 KDa
配列文字列: MEFLGTTQTA SFCGPKKGCG LQALPPAGQE PVVQECYQPF HLPGYRYLNA WRPSVFHKIA TSQTIPEECS GIRRPPTILP SLRSALFCR YTPRDWDRSN DLQIRNAEAS RLWASRLTGD SLRIMQDKDQ LIHQMQEGTS RNLGQRLSDL GFWKSELCYE L DRLLTENS ...文字列:
MEFLGTTQTA SFCGPKKGCG LQALPPAGQE PVVQECYQPF HLPGYRYLNA WRPSVFHKIA TSQTIPEECS GIRRPPTILP SLRSALFCR YTPRDWDRSN DLQIRNAEAS RLWASRLTGD SLRIMQDKDQ LIHQMQEGTS RNLGQRLSDL GFWKSELCYE L DRLLTENS SMDTLKRRLE CAAEEVNCPL QVALECLYNR EKRIGIDLVH DNVEKNLIRE VDLLKCCQDQ MRKLAKRIDF QI RDNRDAQ HSLERDIEDK SSAQYIDENC FNLRSTSDSI SFFHGVEKFD GTVSIPETWA KFSNDNIRHA QNMRANSIRL REE AEHLFE TLSDQMWKQF TNTNLAFNAR ISEETDVKNK LQTQLAKILQ EIFQAENTIM LLERAIVAKE YPLKMAQTML ACRT RRPNV ELCRDVPQFR LVNEVFTIDD TLQTLKLRLR ETQDTLQLLV MTKSRLEHEL AIKANTLCID KDKCMSMRKS FPSTP RLTG YTCSAIGSGP YANHAPRISS GPCSGSALCK GPASCGGGAS CGGGASCGGH APCGSALCSH SVSRSGPGFA PVC

UniProtKB: Tektin-5

+
分子 #9: EF-hand domain-containing protein 1

分子名称: EF-hand domain-containing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 75.235422 KDa
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UniProtKB: EF-hand domain-containing protein 1

+
分子 #10: EF-hand domain-containing family member C2

分子名称: EF-hand domain-containing family member C2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 87.758023 KDa
配列文字列: MALPFLPGNS FNRNIGKERF HKSQHWGFCN NVRMLVSENK PGVGGDLLYG QKIKPKHSVF PKGDGTDAPS WVAFDKQVLS FDAYLEDEI SDKRQEIFRI RYYKIYFYLE DDTIQVNEPE VINSGLPQGT SIRRQRIPYP PPNDDQFYTV YDFNINISVV F YGRTFKIY ...文字列:
MALPFLPGNS FNRNIGKERF HKSQHWGFCN NVRMLVSENK PGVGGDLLYG QKIKPKHSVF PKGDGTDAPS WVAFDKQVLS FDAYLEDEI SDKRQEIFRI RYYKIYFYLE DDTIQVNEPE VINSGLPQGT SIRRQRIPYP PPNDDQFYTV YDFNINISVV F YGRTFKIY DCDPFTKNFL KKIGIKLNPP GQCPLDPYMK MRRETLEFVD PFRPYQSFDT LKRFIQYDGK VLRFFCLWDD ST SLFGDRR EFVLHYFLCD GTVEIREVLP SNSGRDAMSS FLRRGKLPKY GPPGIYQPGQ ITDRAVLNVY GGLSEWRADG YLL DKYQLG KVEQDFYTDQ DLSIGATINV WGRKVLLCDC DEFTKTYYRT KYGVDNFTPI SCKPPHLPKI ERKYPPYTGF GSEE DSFRS CVGLKPTPHR KNFKKFMELD SFGNISNILR YFGKLITHKC ADVDRIFVIA FYLSDDTISV FEPIENNSGN AGGMF LKRS RVKKPGQEVF KSEFSEYIKA EELYIGATVN INGYLFILLN ADEYTLNYME NNTDKFPYSN FELAIQKLKQ EKSKSR EIT QVFAAADYNH TKVVPYNTFR DILMSITMGK LIDQELITIA RHYRVPEIMD PDLAYLIARA HEKFKKNIFE NFDMFIY NC VYEDREKKGV LPTKDIRRMC KSSRLPLDDD FLDCLLSRFE DKDHQINYEI FFSVLNWRMN PTPDLQAPPY LKEKCEDV W VGMPSPIPVK YVRYLDFLID VYGLEDNML

UniProtKB: EF-hand domain-containing family member C2

+
分子 #11: Protein FAM166A

分子名称: Protein FAM166A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 36.659566 KDa
配列文字列: MTATQKHNLF TPEPHYIPGY AGFYPQLRYQ VGNTYGRTTA QLLTDPSVQK SPCSVLSPMT KPKFIEDFSK SKPPWIPCRD LREPYIPHY TSLKPYKNFE ILGQLPRQDV DTQGPPQVEN RQGPLTAGFM PYPPYPACPP GRKGEARDLG HPGLLLAYGE E AWKDAAPL ...文字列:
MTATQKHNLF TPEPHYIPGY AGFYPQLRYQ VGNTYGRTTA QLLTDPSVQK SPCSVLSPMT KPKFIEDFSK SKPPWIPCRD LREPYIPHY TSLKPYKNFE ILGQLPRQDV DTQGPPQVEN RQGPLTAGFM PYPPYPACPP GRKGEARDLG HPGLLLAYGE E AWKDAAPL QDTPGKNNQL YHCRRDEYLP PHPPQETLDV GRFQRLPQLD HPNLIQRKAI SGYAGFVPRF AWVMGMNYRD GV TQAMDDF DKNQFVFRHP VCALGERLPR THWPNTTIYR SQGLIPFYMG FIPSMQDNYA LTFGNSTRRA YQKELDRRSH TL

UniProtKB: Ciliary microtubule inner protein 2A

+
分子 #12: Protein FAM166C

分子名称: Protein FAM166C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.097957 KDa
配列文字列: MAFRSAGTLM TEFNAAFVPP ALMPGYKGHV PGVASSFGSS YGNTTFKYFQ DLRNTGLEKS YALLSGGCFP TIFSPNSPLV LTDNSQNWD RWLHQPTYSR SNQDNGRTTE LTNFYKTVQQ QRKYYQDKTG ILSRVPYFVL PVKEPDRYPL PTDLPPLSEK S KWNLLRLS ...文字列:
MAFRSAGTLM TEFNAAFVPP ALMPGYKGHV PGVASSFGSS YGNTTFKYFQ DLRNTGLEKS YALLSGGCFP TIFSPNSPLV LTDNSQNWD RWLHQPTYSR SNQDNGRTTE LTNFYKTVQQ QRKYYQDKTG ILSRVPYFVL PVKEPDRYPL PTDLPPLSEK S KWNLLRLS PDYKRTYQTF PSGKRVSSQE RQRRDLYFEF RA

UniProtKB: Ciliary microtubule inner protein 2C

+
分子 #13: Dual specificity phosphatase 21

分子名称: Dual specificity phosphatase 21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-serine/threonine phosphatase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 21.527574 KDa
配列文字列: MTTASCIFPS QATQQDNIYG LSQITASLFI SNSAVANDKL TLSNNHITTI INVSAEVVNT FFEDIQYVQV PVSDAPNSYL YDFFDPIAD HIHGVEMRNG RTLLHCAAGV SRSATLCLAY LMKYHNMTLL DAHTWTKTCR PIIRPNNGFW EQLIHYEFKL F SRNTVRMI ...文字列:
MTTASCIFPS QATQQDNIYG LSQITASLFI SNSAVANDKL TLSNNHITTI INVSAEVVNT FFEDIQYVQV PVSDAPNSYL YDFFDPIAD HIHGVEMRNG RTLLHCAAGV SRSATLCLAY LMKYHNMTLL DAHTWTKTCR PIIRPNNGFW EQLIHYEFKL F SRNTVRMI YSPIGLIPNI YEKEAYLMEL M

UniProtKB: Dual specificity phosphatase 21

+
分子 #14: Coiled-coil domain-containing protein 105

分子名称: Coiled-coil domain-containing protein 105 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 57.406484 KDa
配列文字列: MPVLLPSTDP GQDSRVGAPE WRQAAKATSR KAHLLTDRCG QEAVTMWQPK DSVLDPNVAH HLGRAAYMEP WRFRVEMLKG GGTLEKPPP GEGVTLWKGK MKPPAWYARL PLPMHRDARA QQTAEVVHAH ARGARLTAAR LGRAQHQING QLRLLLRQRE A TDRRLSEV ...文字列:
MPVLLPSTDP GQDSRVGAPE WRQAAKATSR KAHLLTDRCG QEAVTMWQPK DSVLDPNVAH HLGRAAYMEP WRFRVEMLKG GGTLEKPPP GEGVTLWKGK MKPPAWYARL PLPMHRDARA QQTAEVVHAH ARGARLTAAR LGRAQHQING QLRLLLRQRE A TDRRLSEV RKGLLINQQS VKLRGYRPKC EKIPDKADSL LVWEKKELKS MKRKMEKDME ISEDLLKALA SCRDTLDFYC QE RLQAVEL MNQPLDKVLE QAGRHSWVDI TRPPTPRTQG LKTPPPDPIG TYTPACAKAL FEAKRLLMES KDILTEMAKN EVD IQNQQQ EISNRVCSSL AQKMRETLEL KERMTMTLGL MRGTIHRCMK FNQEMYVTRG IIKGPLLKRN LEAREKLNRP LVRM YQRHV GTQLPEATRL AQGTDLLTRH NLHMEKNLKE LRTTHDNLAW GLNCKKIGHD VDYDVVRLRL RQRHPHVCYE QAQRL VNDW DPPTPARSQT NTASK

UniProtKB: Tektin-like protein 1

+
分子 #15: Enkurin

分子名称: Enkurin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 29.587521 KDa
配列文字列: MDSPCTSESI YNLIPSDLKE PPQHPRYTSL FRATIKNDMK KFKTAMKTMG PAKVEIPSPK DFLKKHSKEK TLPPKKKFNR CSPKKPAVP LRTDHPVMGI QSGKNFINTN AADVIMGVAK KPKPIYVDKR TGDKHDLETS GLFPKYINKK DYGITPEYIC K RNEDVKKA ...文字列:
MDSPCTSESI YNLIPSDLKE PPQHPRYTSL FRATIKNDMK KFKTAMKTMG PAKVEIPSPK DFLKKHSKEK TLPPKKKFNR CSPKKPAVP LRTDHPVMGI QSGKNFINTN AADVIMGVAK KPKPIYVDKR TGDKHDLETS GLFPKYINKK DYGITPEYIC K RNEDVKKA QEEYDNYIQE NLKKAAMKRL SDEEREAVLQ GLKKNWEEVH KEFQSLSVFI DSVPKKIRKQ KLEKEMKQLE HD ISVIEKH KIIYIANK

UniProtKB: Enkurin

+
分子 #16: Testis-expressed protein 43

分子名称: Testis-expressed protein 43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 16.305608 KDa
配列文字列:
MASEKDDGPA LPKLDDDNQT AENTCKPAEE QPQQLRWDDI HLPRFSLKQG MIPTRYVMPW KENMKFRNVN LQQAEACGIY AGPLEDSLF WGYSERLCHG EDRKAVLKKG LPEIKITDMP LHSPLSRYQS TVISHGFRRR LI

UniProtKB: Sperm-associated microtubule inner protein 10

+
分子 #17: Cilia- and flagella-associated protein 276

分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 276 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.960092 KDa
配列文字列:
MLQPQETFSN PALRDEDKHL GNLWASKKSL YKNPAHLAQQ QDPWSRLSST PTATSRSRDT FFDSKIPKDD LDFRLATLYN HHTGAFKNK TEILLHQETI EDIQGTKIQF PGECFHAPSA PITSRTTIRH WINPKKESIH SIQGSIVSPH TAATNGGYSR K NDGGFFST

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 276

+
分子 #18: Protein Flattop

分子名称: Protein Flattop / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.575123 KDa
配列文字列: MATNYSANQY EKAYLPTYLQ NWSPARPTKE KIAAHEGYTQ IIANDRGHLL PSVPRSKASP WGSFMGTWQM PLKIPPAKVT LTARTTTAA DNLTKWIHKN PDLLNACNGL RPEISGKPFD PDSQTKQKKS VTKTVQQAPN PTIIPSSPVI QGDNPDEPQS S HPSAGHTP ...文字列:
MATNYSANQY EKAYLPTYLQ NWSPARPTKE KIAAHEGYTQ IIANDRGHLL PSVPRSKASP WGSFMGTWQM PLKIPPAKVT LTARTTTAA DNLTKWIHKN PDLLNACNGL RPEISGKPFD PDSQTKQKKS VTKTVQQAPN PTIIPSSPVI QGDNPDEPQS S HPSAGHTP GPQTPVNSPN NPPPSPCKST K

UniProtKB: Protein Flattop

+
分子 #19: Cilia- and flagella-associated protein 52

分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 68.322164 KDa
配列文字列: MEEQVLPELD VAELELQAVI GFNGHVPNGL KCHPDQEHLI YPLGCTVLIQ AINTNEQNFL HGHGNNVSCV TISKEGDYIA SGQVTFMGF KADIILWDFK KRELIARLSL HKGKIEALAF SPNDLYLVSL GGPDDGSVVV WSIAKRDAIC GSPAAGLNVG N ATSVVFSR ...文字列:
MEEQVLPELD VAELELQAVI GFNGHVPNGL KCHPDQEHLI YPLGCTVLIQ AINTNEQNFL HGHGNNVSCV TISKEGDYIA SGQVTFMGF KADIILWDFK KRELIARLSL HKGKIEALAF SPNDLYLVSL GGPDDGSVVV WSIAKRDAIC GSPAAGLNVG N ATSVVFSR CRDEMFVTAG NGTIRVWELD LPNRKIWPTE CQTGQMKRIV LSTGMADDDS FFYLGTTTGD ILKMNPKTKL LA DTGPVKD KFSLGVSALR CLKMGGLLVG SGAGLLIFCK SPSYKPIKKV QLQGGITSIT LRGEGHQFFV GTEESHIYRV NFT DFKETL IATCHFEAVQ DIVFPFGTAE LFATCAKKDI RVWHTMSKRE LLRITVPNMT CHGIDFMRDG KSIISAWDDG KIRA FAPES GRLMYTINSA HRIGVTAIAT TSDCKRIISG GGEGEVRVWQ VGCQTQKLEE ALKEHKSSVS CIRVKKNNEE CVTAS TDGT CIIWDLVRLR RNQMILANTL FQCVCYHPEE FQIITSGTDR KIAYWEVFDG SVIRELEGSL SGSINGMDIT QEGGHF VTG GHDHLVKVWD YNEGEVTHVG VGHSGNIMAM RISPGNQYIV SVSADGAILR WKYPFAS

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 52

+
分子 #20: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6

分子名称: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 176.028312 KDa
配列文字列: MKRNGTRLNF AKANSTKSGS TRARDLMNKM SIIPEWHSLY SNTRKLPCSR PHSSPCKMQR TIFQDLCRPS SSTTAIANPV LSYLDIERI LAQKISSRRD DIKKVFQILD RNHNQMVTKG DLKRVITAFL IPLTKDQFQD LLAQIPISSL GNVPYLEFLS R FGGGIDIN ...文字列:
MKRNGTRLNF AKANSTKSGS TRARDLMNKM SIIPEWHSLY SNTRKLPCSR PHSSPCKMQR TIFQDLCRPS SSTTAIANPV LSYLDIERI LAQKISSRRD DIKKVFQILD RNHNQMVTKG DLKRVITAFL IPLTKDQFQD LLAQIPISSL GNVPYLEFLS R FGGGIDIN INGIKRVNEN EVDNRRTVKE VQLTEKIFRN MRSIRKVFQV MDVNNTGLVQ PQELRRVLET FCLRMQDGDY EK FLEQYNI DKTTAVDYNA FLKNLSVKND ASFKYLLSNA AELSRETQQG KNGKRLLDTG SSEDVWKNYS LDDLEKTFCQ EFS KSYEKI EKALSAGDPS KGGYISLNYL KVVLDTFIYR LPRRIFIQLI RRFGLKTSTK INWKQFLTAI YERQKLEVSK TLPL KKRSS TEARNRSRKE NIIKKLFKYS EDRYTALKKT LLIISSTPSG HITWEELRHI LNCMVAKLND SEFSELKQTF DPEGT GAVR VNSLLDVLDD STKVRKMSPS TDTKTPLPVA WDSVEELVLD SITRNLQAFY SMLQSYDLRD TGTIGKNNFR KVMRVF CPY LSNEHLVRFS SKFQEAGSGR ILYKKFLLSI GVGIPPPTPP LSSPKVQLSD QFQIEEPGQQ DERTQPSGEK TSEINNM TK EEVIDGLKHR IQQKDPVFRK QFLSISKEPD VKINQEEFRK VLERSGMPMN DCQYAMLASK LGFKNEEGMS YQDFTMGF E DCMLSGLETV PLQSRTASRT NMDEHFISAE ECLRIFPKKL KESFRDVYSA FFRIDLDRDG IISMHDFHRL LQYLQLNMV DLEFERFLSL LGLRLSVTLN FREFQNLCEK RPWKSDEAPQ RLIRCKQKVA DSELACEQAH QYLIMKAKTR WADLSKNFIE TDNEGNGIL RRRDIKNSLY GFDIPLTPRE FEKLWQNYDT EGRGYITYQE FLHRLGIRYS PKVHRPYKED YFNFLGHFTK P KQVQEEIQ ELQQISEREK LMNHYEEISK AFNAMEKSKP VALCRVQKVL QECGCPLKEE ELISLLKSLD VSVHNNHIDP VE FLRALEI SWASKARPKE KEESSPPPIS FSKVTPDEVI KTMQEVVESS QPALVEAFSA LDKEDTGFVK AMEFGDVLRS VCQ KLTDNQ YHYFLRRLRL HLTPNIHWKY FLENFSTFQD ETADDWAENM PKAPPPMSPK ETAHRDIVAR VQKAVASHYH TIVQ EFENF DTLKSNTVSR DEFRSICTRH IQILTDEQFD RLWSELPVNA KGRLKYQDFL SKLSIERVPS PPMAAGDSGE STMAQ RGSS APEFSQGTRS NLYSPPRDSR VGLKSRSHPC TPVGTPPLQN CEPIESRLRK QIQGCWRELL RECKEKDTDK QGTISA AEF LALVEKFKLD ISREESQQLI VKYDLKNNGK FAYCDFIQSC VLLLKAKETS LMRRMRIQNA DKMKEAGMET PSFYSAL LR IQPKIVHCWR PMRRSFKTYD KNGTGLLSVA DFRKVLRQYS INLSEEEFFH VLEYYDKSLS SKISYNDFLR AFLQ

UniProtKB: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6

+
分子 #21: Cilia and flagella-associated protein 77

分子名称: Cilia and flagella-associated protein 77 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.78602 KDa
配列文字列: MPDPAKPGKD LTAWKKKKQP VHRTVSQICP PPRRPLTVVD IRTGMENERL GVVRDSMFQN PLIVKAELGK PRERSCSLPG INFNYGLYI RGLDGGVPEA IGHWNVFKQQ PTCPHELTRN YIAMNRGAVK AGLVTARENM LYRELNDIRI NDQEDRRQKE P PPIPPNMT ...文字列:
MPDPAKPGKD LTAWKKKKQP VHRTVSQICP PPRRPLTVVD IRTGMENERL GVVRDSMFQN PLIVKAELGK PRERSCSLPG INFNYGLYI RGLDGGVPEA IGHWNVFKQQ PTCPHELTRN YIAMNRGAVK AGLVTARENM LYRELNDIRI NDQEDRRQKE P PPIPPNMT FGIRSRPSTP FFDLLQHRYQ QLWVQEQKAT QQAIKMEKKQ KVILGKLYET RSSQLRKYKP PVKLDALWHM PH FKKVASH LATFPTEADR QRALKAHKEE YAVRQGTLRM GNYTHP

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 77

+
分子 #22: Cilia- and flagella-associated protein 20

分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 22.781389 KDa
配列文字列: MFKNTFQSGF LSILYSIGSK PLQIWDKKVR NGHIKRITDN DIQSLVLEIE GTNVSTTYIT CPADPKKTLG IKLPFLVMII KNLKKYFTF EVQVLDDKNV RRRFRASNYQ STTRVKPFIC TMPMRLDDGW NQIQFNLSDF TRRAYGTNYI ETLRVQIHAN C RIRRVYFS ...文字列:
MFKNTFQSGF LSILYSIGSK PLQIWDKKVR NGHIKRITDN DIQSLVLEIE GTNVSTTYIT CPADPKKTLG IKLPFLVMII KNLKKYFTF EVQVLDDKNV RRRFRASNYQ STTRVKPFIC TMPMRLDDGW NQIQFNLSDF TRRAYGTNYI ETLRVQIHAN C RIRRVYFS DRLYSEDELP AEFKLYLPVQ NKAKQ

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 20

+
分子 #23: Parkin coregulated gene protein homolog

分子名称: Parkin coregulated gene protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.763268 KDa
配列文字列: MPKRTKLLPQ QTFQVHQPRS LVSEGFTVKA MMKNSVVRGP PVAGAFKERP AKPTTFRKCY ERGDFPIALE HDSKGNKIAW KVEIEKLDY HHYLPLFFDG LSEMTFPYEF FARRGIHDML EHGGNKILPV IPQLIIPIKN ALNLRNRQII CVTLKVLQHL V VSSEMVGE ...文字列:
MPKRTKLLPQ QTFQVHQPRS LVSEGFTVKA MMKNSVVRGP PVAGAFKERP AKPTTFRKCY ERGDFPIALE HDSKGNKIAW KVEIEKLDY HHYLPLFFDG LSEMTFPYEF FARRGIHDML EHGGNKILPV IPQLIIPIKN ALNLRNRQII CVTLKVLQHL V VSSEMVGE ALLPYYRQIL PILNIFKNMN VNSGDGIDYS QQKRENIGDL IQETLEAFER YGGEDAFINI KYMVPTYESC LL N

UniProtKB: Parkin coregulated gene protein homolog

+
分子 #24: Sperm acrosome-associated protein 9

分子名称: Sperm acrosome-associated protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 19.512373 KDa
配列文字列:
MNEVKESLRS IEQKYKLFQQ QQFTFIAALE HCRENAHDKI RPISSIEQVQ SYMEHYCNNS THRRILIMFM DICSELSKLC QHFEALHSG TPVTNSLLEK CKTLVSQSND LSSLRAKYPH EVVNHLSCDE ARNHYGGVVS LIPIVLDFMK EWIAHSEKLP R KVLQHGTT

UniProtKB: Sperm acrosome-associated protein 9

+
分子 #25: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 123 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 37018
抽出トモグラム数: 689 / 使用した粒子像数: 37018
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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