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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer (6P) complex with YB9-258 Fab, focused refinement of RBD-dimer region | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.54 Å | ||||||||||||
![]() | Liu B / Gao X / Chen Q / Li Z / Su M / He J / Xiong X | ||||||||||||
資金援助 | 3件
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![]() | ![]() タイトル: Somatically hypermutated antibodies isolated from SARS-CoV-2 Delta infected patients cross-neutralize heterologous variants. 著者: Haisheng Yu / Banghui Liu / Yudi Zhang / Xijie Gao / Qian Wang / Haitao Xiang / Xiaofang Peng / Caixia Xie / Yaping Wang / Peiyu Hu / Jingrong Shi / Quan Shi / Pingqian Zheng / Chengqian Feng ...著者: Haisheng Yu / Banghui Liu / Yudi Zhang / Xijie Gao / Qian Wang / Haitao Xiang / Xiaofang Peng / Caixia Xie / Yaping Wang / Peiyu Hu / Jingrong Shi / Quan Shi / Pingqian Zheng / Chengqian Feng / Guofang Tang / Xiaopan Liu / Liliangzi Guo / Xiumei Lin / Jiaojiao Li / Chuanyu Liu / Yaling Huang / Naibo Yang / Qiuluan Chen / Zimu Li / Mengzhen Su / Qihong Yan / Rongjuan Pei / Xinwen Chen / Longqi Liu / Fengyu Hu / Dan Liang / Bixia Ke / Changwen Ke / Feng Li / Jun He / Meiniang Wang / Ling Chen / Xiaoli Xiong / Xiaoping Tang / ![]() 要旨: SARS-CoV-2 Omicron variants feature highly mutated spike proteins with extraordinary abilities in evading antibodies isolated earlier in the pandemic. Investigation of memory B cells from patients ...SARS-CoV-2 Omicron variants feature highly mutated spike proteins with extraordinary abilities in evading antibodies isolated earlier in the pandemic. Investigation of memory B cells from patients primarily with breakthrough infections with the Delta variant enables isolation of a number of neutralizing antibodies cross-reactive to heterologous variants of concern (VOCs) including Omicron variants (BA.1-BA.4). Structural studies identify altered complementarity determining region (CDR) amino acids and highly unusual heavy chain CDR2 insertions respectively in two representative cross-neutralizing antibodies-YB9-258 and YB13-292. These features are putatively introduced by somatic hypermutation and they are heavily involved in epitope recognition to broaden neutralization breadth. Previously, insertions/deletions were rarely reported for antiviral antibodies except for those induced by HIV-1 chronic infections. These data provide molecular mechanisms for cross-neutralization of heterologous SARS-CoV-2 variants by antibodies isolated from Delta variant infected patients with implications for future vaccination strategy. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 37.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hc7MC ![]() 8hc2C ![]() 8hc3C ![]() 8hc4C ![]() 8hc5C ![]() 8hc6C ![]() 8hc8C ![]() 8hc9C ![]() 8hcaC ![]() 8hcbC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.65 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34654_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34654_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer with in complex with YB9-258...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer with in complex with YB9-258 Fab, focused refinement of 2 RBD region |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer with in complex with YB9-258...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike trimer with in complex with YB9-258 Fab, focused refinement of 2 RBD region タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: SARS-CoV_2 Omicron BA.1 spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV_2 Omicron BA.1 spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: YB9-258 Fab
超分子 | 名称: YB9-258 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 58.054379 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHVISGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFASI EKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLDHK NNKSWMESEF RVYSSANNCT FEYVSQPFLM D LEGKQGNF ...文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHVISGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFASI EKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLDHK NNKSWMESEF RVYSSANNCT FEYVSQPFLM D LEGKQGNF KNLREFVFKN IDGYFKIYSK HTPIIVREPE DLPQGFSALE PLVDLPIGIN ITRFQTLLAL HRSYLTPGDS SS GWTAGAA AYYVGYLQPR TFLLKYNENG TITDAVDCAL DPLSETKCTL KSFTVEKGIY QTSNFRVQPT ESIVRFPNIT NLC PFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNLA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTG NIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP LRSYS FRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA PATVCG |
-分子 #2: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 30.244215 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: PTESIVRFPN ITNLCPFDEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNL APFFTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQI APGQTGNIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNK LDSKVSGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGNKPC N GVAGFNCY ...文字列: PTESIVRFPN ITNLCPFDEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNL APFFTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQI APGQTGNIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNK LDSKVSGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGNKPC N GVAGFNCY FPLRSYSFRP TYGVGHQPYR VVVLSFELLH APATVCGPKK STNLVKNKCV NFNFNGLKGT GVLTESNKKF LP FQQFGRD IADTTDAVRD PQTLEILDIT |
-分子 #3: Heavy chain variable region of YB9-258
分子 | 名称: Heavy chain variable region of YB9-258 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.356818 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LIQPGGSLRL SCAASGLTVS SNYMHWVRQA PGKGLEWVSV LYAGGSAFYA DSVKGRFTIS RNNSKNTLYL QMNSLRAED TAIYYCARGL GDYLDSWGQG TLVTVS |
-分子 #4: Light chain variable region of YB9-258
分子 | 名称: Light chain variable region of YB9-258 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.288553 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS VSASVGDRVT ITCRASQGIG SWLAWYQQKP GKAPQLLIYA ASTLQSGVPP RFSGSGSGTD FTLTITSLQP EDFASYYCQ QANSVLALTF GGGTKVEI |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |