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- EMDB-3458: negative-stain volume of Sso DNA PolB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3458
タイトルnegative-stain volume of Sso DNA PolB1
マップデータFinal map from iteration 10 onto which FSC has been calculated and displayed (Figure S4C, right). Contour level in Chimera
試料
  • 複合体: archaeal DNA polymerase B1
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase B1
生物種Archaea (unknown)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.8 Å
データ登録者Abrescia NGA / Bell SD
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Identification and characterization of a heterotrimeric archaeal DNA polymerase holoenzyme.
著者: Jiangyu Yan / Thomas R Beattie / Adriana L Rojas / Kelly Schermerhorn / Tamzin Gristwood / Jonathan C Trinidad / Sonja V Albers / Pietro Roversi / Andrew F Gardner / Nicola G A Abrescia / Stephen D Bell /
要旨: Since their initial characterization over 30 years ago, it has been believed that the archaeal B-family DNA polymerases are single-subunit enzymes. This contrasts with the multi-subunit B-family ...Since their initial characterization over 30 years ago, it has been believed that the archaeal B-family DNA polymerases are single-subunit enzymes. This contrasts with the multi-subunit B-family replicative polymerases of eukaryotes. Here we reveal that the highly studied PolB1 from Sulfolobus solfataricus exists as a heterotrimeric complex in cell extracts. Two small subunits, PBP1 and PBP2, associate with distinct surfaces of the larger catalytic subunit and influence the enzymatic properties of the DNA polymerase. Thus, multi-subunit replicative DNA polymerase holoenzymes are present in all three domains of life. We reveal the architecture of the assembly by a combination of cross-linking coupled with mass spectrometry, X-ray crystallography and single-particle electron microscopy. The small subunits stabilize the holoenzyme assembly and the acidic tail of one small subunit mitigates the ability of the enzyme to perform strand-displacement synthesis, with important implications for lagging strand DNA synthesis.
履歴
登録2016年11月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月7日-
マップ公開2017年5月17日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0236
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0236
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3458.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3458.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map from iteration 10 onto which FSC has been calculated and displayed (Figure S4C, right). Contour level in Chimera
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.0236
最小 - 最大-0.04231351 - 0.08533787
平均 (標準偏差)0.0006148041 (±0.006312904)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.661.661.66
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.480212.480212.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0420.0850.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_3458_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: This is the masked map used in Figure...

ファイルemd_3458_additional.map
注釈This is the masked map used in Figure 4A and in submitted figure. Contour level in Chimera.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2 map from iteration 10. Contour level in Chimera

ファイルemd_3458_half_map_1.map
注釈half2 map from iteration 10. Contour level in Chimera
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half1 map from iteration 10. Contour level in Chimera

ファイルemd_3458_half_map_2.map
注釈half1 map from iteration 10. Contour level in Chimera
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : archaeal DNA polymerase B1

全体名称: archaeal DNA polymerase B1
要素
  • 複合体: archaeal DNA polymerase B1
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase B1

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超分子 #1: archaeal DNA polymerase B1

超分子名称: archaeal DNA polymerase B1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: This is the apo enzyme.
由来(天然)生物種: Archaea (unknown)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET33b
分子量理論値: 101 KDa

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分子 #1: DNA polymerase B1

分子名称: DNA polymerase B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaea (unknown)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAKQLTLFDI PSSKPAKSEQ NTQQSQQSAP VEEKKVVRRE WLEEAQENKI YFLLQVDYDG KKGKAVCKLF DKETQKIYAL YDNTGHKPYF LVDLEPDKVG KIPKIVRDPS FDHIETVSKI DPYTWNKFKL TKIVVRDPLA VRRLRNDVPK AYEAHIKYFN NYMYDIGLIP ...文字列:
MAKQLTLFDI PSSKPAKSEQ NTQQSQQSAP VEEKKVVRRE WLEEAQENKI YFLLQVDYDG KKGKAVCKLF DKETQKIYAL YDNTGHKPYF LVDLEPDKVG KIPKIVRDPS FDHIETVSKI DPYTWNKFKL TKIVVRDPLA VRRLRNDVPK AYEAHIKYFN NYMYDIGLIP GMPYVVKNGK LESVYLSLDE KDVEEIKKAF ADSDEMTRQM AVDWLPIFET EIPKIKRVAI DIEVYTPVKG RIPDSQKAEF PIISIALAGS DGLKKVLVLN RNDVNEGSVK LDGISVERFN TEYELLGRFF DILLEYPIVL TFNGDDFDLP YIYFRALKLG YFPEEIPIDV AGKDEAKYLA GLHIDLYKFF FNKAVRNYAF EGKYNEYNLD AVAKALLGTS KVKVDTLISF LDVEKLIEYN FRDAEITLQL TTFNNDLTMK LIVLFSRISR LGIEELTRTE ISTWVKNLYY WEHRKRNWLI PLKEEILAKS SNIRTSALIK GKGYKGAVVI DPPAGIFFNI TVLDFASLYP SIIRTWNLSY ETVDIQQCKK PYEVKDETGE VLHIVCMDRP GITAVITGLL RDFRVKIYKK KAKNPNNSEE QKLLYDVVQR AMKVFINATY GVFGAETFPL YAPAVAESVT ALGRYVITST VKKAREEGLT VLYGDTDSLF LLNPPKNSLE NIIKWVKTTF NLDLEVDKTY KFVAFSGLKK NYFGVYQDGK VDIKGMLVKK RNTPEFVKKV FNEVKELMIS INSPNDVKEI KRKIVDVVKG SYEKLKNKGY NLDELAFKVM LSKPLDAYKK NTPQHVKAAL QLRPFGVNVL PRDIIYYVKV RSKDGVKPVQ LAKVTEIDAE KYLEALRSTF EQILRAFGVS WDEIAATMSI DSFFSYPSKG NS

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHepesHepes
100.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMDTTDithiothreitol
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: Negatively stained EM specimens were prepared using carbon-coated grids and stained with 2% of uranyl formate solution.
グリッドモデル: EMS / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FSC
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 108 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 90201 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

粒子像選択選択した数: 20000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) / 詳細: phase flipping was performed using XMIPP software
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1s5j


詳細: The initial reference map was generated using the atomic model.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: RELION through SCIPION
詳細: Calculated for the converged iteration 10 in Relion using Scipion
使用した粒子像数: 14582
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 3.75 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: RELION through SCIPION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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