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- EMDB-3450: Structure of the K+ transporter KtrAB from Vibrio alginolyticus i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3450
タイトルStructure of the K+ transporter KtrAB from Vibrio alginolyticus in the ADP-bound state
マップデータKtrB2-KtrA8-KtrB2 complex
試料
  • 複合体: KtrAB
    • タンパク質・ペプチド: KtrB
    • タンパク質・ペプチド: KtrA
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Diskowski M / Mills DJ / Baerland N / Haenelt I / Vonck J
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Helical jackknives control the gates of the double-pore K uptake system KtrAB.
著者: Marina Diskowski / Ahmad Reza Mehdipour / Dorith Wunnicke / Deryck J Mills / Vedrana Mikusevic / Natalie Bärland / Jan Hoffmann / Nina Morgner / Heinz-Jürgen Steinhoff / Gerhard Hummer / ...著者: Marina Diskowski / Ahmad Reza Mehdipour / Dorith Wunnicke / Deryck J Mills / Vedrana Mikusevic / Natalie Bärland / Jan Hoffmann / Nina Morgner / Heinz-Jürgen Steinhoff / Gerhard Hummer / Janet Vonck / Inga Hänelt /
要旨: Ion channel gating is essential for cellular homeostasis and is tightly controlled. In some eukaryotic and most bacterial ligand-gated K channels, RCK domains regulate ion fluxes. Until now, a single ...Ion channel gating is essential for cellular homeostasis and is tightly controlled. In some eukaryotic and most bacterial ligand-gated K channels, RCK domains regulate ion fluxes. Until now, a single regulatory mechanism has been proposed for all RCK-regulated channels, involving signal transduction from the RCK domain to the gating area. Here, we present an inactive ADP-bound structure of KtrAB from , determined by cryo-electron microscopy, which, combined with EPR spectroscopy and molecular dynamics simulations, uncovers a novel regulatory mechanism for ligand-induced action at a distance. Exchange of activating ATP to inactivating ADP triggers short helical segments in the K-translocating KtrB dimer to organize into two long helices that penetrate deeply into the regulatory RCK domains, thus connecting nucleotide-binding sites and ion gates. As KtrAB and its homolog TrkAH have been implicated as bacterial pathogenicity factors, the discovery of this functionally relevant inactive conformation may advance structure-guided drug development.
履歴
登録2016年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月23日-
マップ公開2017年5月31日-
更新2018年3月28日-
現状2018年3月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0552
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0552
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3450.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3450.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈KtrB2-KtrA8-KtrB2 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.67 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0552 / ムービー #1: 0.0552
最小 - 最大-0.04200034 - 0.12103695
平均 (標準偏差)0.0011452492 (±0.007234686)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 320.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.671.671.67
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.640320.640320.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0420.1210.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : KtrAB

全体名称: KtrAB
要素
  • 複合体: KtrAB
    • タンパク質・ペプチド: KtrB
    • タンパク質・ペプチド: KtrA

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超分子 #1: KtrAB

超分子名称: KtrAB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: complex of KtrB2A8 with another KtrB transporter dimer attached to the symmetric A8 regulatory domain
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pBAD18
分子量理論値: 340 KDa

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分子 #1: KtrB

分子名称: KtrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTQFHQRGVF YVPDGKRDKA KGGEPRIILL SFLGVLLPSA VLLTLPVFSV SGLSITDALF TATSAISVT GLGVVDTGQH FTLAGKILLM CLMQIGGLGQ MTLSAVLLYM FGVRLSLRQQ A LAKEALGQ ERQVNLRRLV KKIVTFALVA EAIGFVFLSY RWVPEMGWQT ...文字列:
MTQFHQRGVF YVPDGKRDKA KGGEPRIILL SFLGVLLPSA VLLTLPVFSV SGLSITDALF TATSAISVT GLGVVDTGQH FTLAGKILLM CLMQIGGLGQ MTLSAVLLYM FGVRLSLRQQ A LAKEALGQ ERQVNLRRLV KKIVTFALVA EAIGFVFLSY RWVPEMGWQT GMFYALFHSI SA FNNAGFA LFSDSMMSFV NDPLVSFTLA GLFIFGGLGF TVIGDVWRHW RKGFHFLHIH TKI MLIATP LLLLVGTVLF WLLERHNPNT MGSLTTGGQW LAAFFQSASA RTAGFNSVDL TQFT QPALL IMIVLMLIGA GSTSTGGGIK VSTFAVAFMA TWTFLRQKKH VVMFKRTVNW PTVTK SLAI IVVSGAILTT AMFLLMLTEK ASFDKVMFET ISAFATVGLT AGLTAELSEP GKYIMI VVM IIGRIGPLTL AYMLARPEPT LIKYPEDTVL TG

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分子 #2: KtrA

分子名称: KtrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKTGDKQFAV IGLGRFGLAV CKELQDSGSQ VLAVDINEDR VKEAAGFVSQ AIVANCTHEE TVAELKLDD YDMVMIAIGA DVNASILATL IAKEAGVKSV WVKANDRFQA RVLQKIGADH I IMPERDMG IRVARKMLDK RVLEFHPLGS GLAMTEFVVG SRLMGKTLSD ...文字列:
MKTGDKQFAV IGLGRFGLAV CKELQDSGSQ VLAVDINEDR VKEAAGFVSQ AIVANCTHEE TVAELKLDD YDMVMIAIGA DVNASILATL IAKEAGVKSV WVKANDRFQA RVLQKIGADH I IMPERDMG IRVARKMLDK RVLEFHPLGS GLAMTEFVVG SRLMGKTLSD LALCKVEGVQ VL GYKRGPE IIKAPDMSTT LEIGDLIIVV GPQDKLANKL KSL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris/HCl
70.0 mMNaCl塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
30.0 mMKCl
1.5 mMCymal-6
0.6 mMADPアデノシン二リン酸
グリッドモデル: C-flat CF-MH-4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: The sample was blotted for 10 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 30675 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 20000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 実像数: 800 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 27.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 35400
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4j7c

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 12000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 20500
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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