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万見
- EMDB-3424: Electron cryo-microscopy of human P-glycoprotein: Apo state - ope... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3424
タイトルElectron cryo-microscopy of human P-glycoprotein: Apo state - open conformation
マップデータReconstruction of human P-glycoprotein in apo state bound to UIC2 Fab: Open conformation
試料
  • 試料: human P-glycoprotein in apo state bound to UIC2 Fab
  • タンパク質・ペプチド: P-glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: UIC2 Fab
キーワードhuman P-Glycoprotein / ABCB1 / MDR-1 / open conformation / apo state / UIC2 Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / terpenoid transport / ceramide floppase activity / ceramide translocation / floppase activity / Abacavir transmembrane transport / external side of apical plasma membrane / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity ...carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / terpenoid transport / ceramide floppase activity / ceramide translocation / floppase activity / Abacavir transmembrane transport / external side of apical plasma membrane / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / Atorvastatin ADME / xenobiotic transport across blood-brain barrier / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / transepithelial transport / export across plasma membrane / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / Prednisone ADME / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / xenobiotic metabolic process / regulation of chloride transport / stem cell proliferation / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / G2/M transition of mitotic cell cycle / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent translocase ABCB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Frank GA / Shukla S / Rao P / Borgnia MJ / Bartesaghi A / Merk A / Mobin A / Esser L / Earl LA / Gottesman MM ...Frank GA / Shukla S / Rao P / Borgnia MJ / Bartesaghi A / Merk A / Mobin A / Esser L / Earl LA / Gottesman MM / Xia D / Ambudkar SV / Subramaniam S
引用ジャーナル: Mol Pharmacol / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM Analysis of the Conformational Landscape of Human P-glycoprotein (ABCB1) During its Catalytic Cycle.
著者: Gabriel A Frank / Suneet Shukla / Prashant Rao / Mario J Borgnia / Alberto Bartesaghi / Alan Merk / Aerfa Mobin / Lothar Esser / Lesley A Earl / Michael M Gottesman / Di Xia / Suresh V ...著者: Gabriel A Frank / Suneet Shukla / Prashant Rao / Mario J Borgnia / Alberto Bartesaghi / Alan Merk / Aerfa Mobin / Lothar Esser / Lesley A Earl / Michael M Gottesman / Di Xia / Suresh V Ambudkar / Sriram Subramaniam /
要旨: The multidrug transporter P-glycoprotein (P-gp, ABCB1) is an ATP-dependent pump that mediates the efflux of structurally diverse drugs and xenobiotics across cell membranes, affecting drug ...The multidrug transporter P-glycoprotein (P-gp, ABCB1) is an ATP-dependent pump that mediates the efflux of structurally diverse drugs and xenobiotics across cell membranes, affecting drug pharmacokinetics and contributing to the development of multidrug resistance. Structural information about the conformational changes in human P-gp during the ATP hydrolysis cycle has not been directly demonstrated, although mechanistic information has been inferred from biochemical and biophysical studies conducted with P-gp and its orthologs, or from structures of other ATP-binding cassette transporters. Using single-particle cryo-electron microscopy, we report the surprising discovery that, in the absence of the transport substrate and nucleotides, human P-gp can exist in both open [nucleotide binding domains (NBDs) apart; inward-facing] and closed (NBDs close; outward-facing) conformations. We also probe conformational states of human P-gp during the catalytic cycle, and demonstrate that, following ATP hydrolysis, P-gp transitions through a complete closed conformation to a complete open conformation in the presence of ADP.
履歴
登録2016年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月15日-
マップ公開2016年6月22日-
更新2016年6月22日-
現状2016年6月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3424.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3424.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of human P-glycoprotein in apo state bound to UIC2 Fab: Open conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 224 pix.
= 314.272 Å		1.4 Å/pix.
x 224 pix.
= 314.272 Å		1.4 Å/pix.
x 224 pix.
= 314.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.403 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055 / ムービー #1: 0.055
最小 - 最大-0.01352454 - 0.09072312
平均 (標準偏差)0.00111033 (±0.00831901)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 314.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4031.4031.403
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z314.272314.272314.272
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.0140.0910.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human P-glycoprotein in apo state bound to UIC2 Fab

全体名称: human P-glycoprotein in apo state bound to UIC2 Fab
要素
  • 試料: human P-glycoprotein in apo state bound to UIC2 Fab
  • タンパク質・ペプチド: P-glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: UIC2 Fab

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超分子 #1000: human P-glycoprotein in apo state bound to UIC2 Fab

超分子名称: human P-glycoprotein in apo state bound to UIC2 Fab / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One monomer of P-glycoprotein bound to one UIC2 Fab
Number unique components: 2
分子量理論値: 190 KDa

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分子 #1: P-glycoprotein

分子名称: P-glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: P-gp, Pgp, ABCB1, MDR1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量理論値: 141 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換株: BTI-TN-5B1-4 / 組換細胞: High Five insect cells
配列UniProtKB: ATP-dependent translocase ABCB1
InterPro: AAA+ ATPase domain, ABC transporter type 1, transmembrane domain, ABC transporter-like, ATP-binding domain, ABC transporter-like, conserved site, P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase

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分子 #2: UIC2 Fab

分子名称: UIC2 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse / 組織: Spleen / 細胞: B cells
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: hybridoma

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.09% n-Dodecyl Betta-D-maltoside
グリッド詳細: 200 mesh Cu R1.2/1.3 holey carbon grids from Quantifoil, plasma-cleaned
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 83 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
Cs0
日付2015年6月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1009 / 平均電子線量: 30 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 47000 / Cs: mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program.
CTF補正詳細: CTF parameters obtained from whole micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Relion, 1.3 / 使用した粒子像数: 4340
最終 2次元分類クラス数: 5

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4m1m

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Overlap

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4ksc

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Overlap

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

2hyd

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Overlap

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

4pl0

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Overlap

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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