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万見
- EMDB-3412: cryo-EM of nanoscale DNA assemblies -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3412
タイトルcryo-EM of nanoscale DNA assemblies
マップデータReconstruction of a DNA reinforced cube
試料
  • 試料: DNA reinforced cube, minimum 52 bp edge length
  • DNA: M13mp18 phage genome segment
  • DNA: Synthetic DNA oligonucleotides
キーワードScaffolded DNA origami
生物種Enterobacteria phage M13 (ファージ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å
データ登録者Zhang K / Chiu W / Veneziano R / Ratanalert S / Zhang F / Yan H / Bathe M
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Designer nanoscale DNA assemblies programmed from the top down.
著者: Rémi Veneziano / Sakul Ratanalert / Kaiming Zhang / Fei Zhang / Hao Yan / Wah Chiu / Mark Bathe /
要旨: Scaffolded DNA origami is a versatile means of synthesizing complex molecular architectures. However, the approach is limited by the need to forward-design specific Watson-Crick base pairing manually ...Scaffolded DNA origami is a versatile means of synthesizing complex molecular architectures. However, the approach is limited by the need to forward-design specific Watson-Crick base pairing manually for any given target structure. Here, we report a general, top-down strategy to design nearly arbitrary DNA architectures autonomously based only on target shape. Objects are represented as closed surfaces rendered as polyhedral networks of parallel DNA duplexes, which enables complete DNA scaffold routing with a spanning tree algorithm. The asymmetric polymerase chain reaction is applied to produce stable, monodisperse assemblies with custom scaffold length and sequence that are verified structurally in three dimensions to be high fidelity by single-particle cryo-electron microscopy. Their long-term stability in serum and low-salt buffer confirms their utility for biological as well as nonbiological applications.
履歴
登録2016年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月4日-
マップ公開2016年6月15日-
更新2016年7月13日-
現状2016年7月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.795
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.795
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3412.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3412.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of a DNA reinforced cube
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 755.2 Å		2.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 755.2 Å		2.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 755.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.795 / ムービー #1: 0.795
最小 - 最大-0.54839849 - 1.93559408
平均 (標準偏差)0.01328203 (±0.12694657)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 755.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.952.952.95
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z755.200755.200755.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.5481.9360.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DNA reinforced cube, minimum 52 bp edge length

全体名称: DNA reinforced cube, minimum 52 bp edge length
要素
  • 試料: DNA reinforced cube, minimum 52 bp edge length
  • DNA: M13mp18 phage genome segment
  • DNA: Synthetic DNA oligonucleotides

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超分子 #1000: DNA reinforced cube, minimum 52 bp edge length

超分子名称: DNA reinforced cube, minimum 52 bp edge length / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Monodisperse and pure sample were prepared by overnight folding reaction and purified using centrifugal filter (MWCO 100KDa)
集合状態: monomer / Number unique components: 2
分子量実験値: 1.74 MDa / 理論値: 1.74 MDa / 手法: Calculation

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分子 #1: M13mp18 phage genome segment

分子名称: M13mp18 phage genome segment / タイプ: dna / ID: 1 / Name.synonym: Scaffold strand / 詳細: amplified using assymetric PCR / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage M13 (ファージ) / 株: M13mp18 / 別称: M13 phage
分子量実験値: 1.03 MDa / 理論値: 1.03 MDa
配列文字列: GTCTCGCTGG TGAAAAGAAA AACCACCCTG GCGCCCAATA CGCAAACCGC CTCTCCCCGC GCGTTGGCCG ATTCATTAAT GCAGCTGGCA CGACAGGTTT CCCGACTGGA AAGCGGGCAG TGAGCGCAAC GCAATTAATG TGAGTTAGCT CACTCATTAG GCACCCCAGG ...文字列:
GTCTCGCTGG TGAAAAGAAA AACCACCCTG GCGCCCAATA CGCAAACCGC CTCTCCCCGC GCGTTGGCCG ATTCATTAAT GCAGCTGGCA CGACAGGTTT CCCGACTGGA AAGCGGGCAG TGAGCGCAAC GCAATTAATG TGAGTTAGCT CACTCATTAG GCACCCCAGG CTTTACACTT TATGCTTCCG GCTCGTATGT TGTGTGGAAT TGTGAGCGGA TAACAATTTC ACACAGGAAA CAGCTATGAC CATGATTACG AATTCGAGCT CGGTACCCGG GGATCCTCTA GAGTCGACCT GCAGGCATGC AAGCTTGGCA CTGGCCGTCG TTTTACAACG TCGTGACTGG GAAAACCCTG GCGTTACCCA ACTTAATCGC CTTGCAGCAC ATCCCCCTTT CGCCAGCTGG CGTAATAGCG AAGAGGCCCG CACCGATCGC CCTTCCCAAC AGTTGCGCAG CCTGAATGGC GAATGGCGCT TTGCCTGGTT TCCGGCACCA GAAGCGGTGC CGGAAAGCTG GCTGGAGTGC GATCTTCCTG AGGCCGATAC GGTCGTCGTC CCCTCAAACT GGCAGATGCA CGGTTACGAT GCGCCCATCT ACACCAACGT AACCTATCCC ATTACGGTCA ATCCGCCGTT TGTTCCCACG GAGAATCCGA CGGGTTGTTA CTCGCTCACA TTTAATGTTG ATGAAAGCTG GCTACAGGAA GGCCAGACGC GAATTATTTT TGATGGCGTT CCTATTGGTT AAAAAATGAG CTGATTTAAC AAAAATTTAA CGCGAATTTT AACAAAATAT TAACGTTTAC AATTTAAATA TTTGCTTATA CAATCTTCCT GTTTTTGGGG CTTTTCTGAT TATCAACCGG GGTACATATG ATTGACATGC TAGTTTTACG ATTACCGTTC ATCGATTCTC TTGTTTGCTC CAGACTCTCA GGCAATGACC TGATAGCCTT TGTAGATCTC TCAAAAATAG CTACCCTCTC CGGCATTAAT TTATCAGCTA GAACGGTTGA ATATCATATT GATGGTGATT TGACTGTCTC CGGCCTTTCT CACCCTTTTG AATCTTTACC TACACATTAC TCAGGCATTG CATTTAAAAT ATATGAGGGT TCTAAAAATT TTTATCCTTG CGTTGAAATA AAGGCTTCTC CCGCAAAAGT ATTACAGGGT CATAATGTTT TTGGTACAAC CGATTTAGCT TTATGCTCTG AGGCTTTATT GCTTAATTTT GCTAATTCTT TGCCTTGCCT GTATGATTTA TTGGATGTTA ATGCTACTAC TATTAGTAGA ATTGATGCCA CCTTTTCAGC TCGCGCCCCA AATGAAAATA TAGCTAAACA GGTTATTGAC CATTTGCGAA ATGTATCTAA TGGTCAAACT AAATCTACTC GTTCGCAGAA TTGGGAATCA ACTGTTACAT GGAATGAAAC TTCCAGACAC CGTACTTTAG TTGCATATTT AAAACATGTT GAGCTACAGC ACCAGATTCA GCAATTAAGC TCTAAGCCAT CCGCAAAAAT GACCTCTTAT CAAAAGGAGC AATTAAAGGT ACTCTCTAAT CCTGACCTGT TGGAGTTTGC TTCCGGTCTG GTTCGCTTTG AAGCTCGAAT TAAAACGCGA TATTTGAAGT CTTTCGGGCT TCCTCTTAAT CTTTTTGATG CAATCCGCTT TGCTTCTGAC TATAATAGTC AGGGTAAAGA CCTGATTTTT GATTTATGGT CATTCTCGTT TTCTGAACTG TTTAAAGCAT TTGAGGGGGA TTCAATGAAT ATTTATGACG ATTCCGCAGT ATTGGACGCT ATCCAGTCTA AACATTTTAC TATTACCCCC TCTGGCAAAA CTTCTTTTGC AAAAGCCTCT CGCTATTTTG GTTTTTATCG TCGTCTGGTA AACGAGGGTT ATGATAGTGT TGCTCTTACT ATGCCTCGTA ATTCCTTTTG GCGTTATGTA TCTGCATTAG TTGAATGTGG TATTCCTAAA TCTCAACTGA TGAATCTTTC TACCTGTAAT AATGTTGTTC CGTTAGTTCG TTTTATTAAC GTAGATTTTT CTTCCCAACG TCCTGACTGG TATAATGAGC CAGTTCTTAA AATCGCATAA GGTAATTCAC AATGATTAAA GTTGAAATTA AACCATCTCA AGCCCAATTT ACTACTCGTT CTGGTGTTCT CGTCAGGGCA AGCCTTATTC ACTGAATGAG CAGCTTTGTT ACGTTGATTT GGGTAATGAA TATCCGGTTC TTGTCAAGAT TACTCTTGAT GAAGGTCAGC CAGCCTATGC GCCTGGTCTG TACACCGTTC ATCTGTCCTC TTTCAAAGTT GGTCAGTTCG GTTCCCTTAT GATTGACCGT CTGCGCCTCG TTCCGGCTAA GTAACATGGA GCAGGTCGCG GATTTCGACA CAATTTATCA GGCGATGATA CAAATCTCCG TTGTACTTTG TTTCGCGCTT GGTATAATCG CTGGGGGTCA AAGATGAGTG TTTTAGTGTA TTCTTTCGCC TCTTTCGTTT TAGGTTGGTG CCTTCGTAGT GGCATTACGT ATTTTACCCG TTTAATGGAA ACTTCCTCAT GAAAAAGTCT TTAGTCCTCA AAGCCTCTGT AGCCGTTGCT ACCCTCGTTC CGATGCTGTC TTTCGCTGCT GAGGGTGACG ATCCCGCAAA AGCGGCCTTT AACTCCCTGC AAGCCTCAGC GACCGAATAT ATCGGTTATG CGTGGGCGAT GGTTGTTGTC ATTGTCGGCG CAACTATCGG TATCAAGCTG TTTAAGAAAT TCACCTCGAA AGCAAGCTGA TAAACCGATA CAATTAAAGG CTCCTTTTGG AGCCTTTTTT TTTGGAGATT TTCAACGTGA AAAAATTATT ATTCGCAATT CCTTTAGTTG TTCCTTTCTA TTCTCACTCC GCTGAAACTG TTGAAAGTTG TTTAGCAAAA CCCCATACAG AAAATTCATT TACTAACGTC TGGAAAGACG ACAAAACTTT AGATCGTTAC GCTAACTATG AGGGTTGTCT GTGGAATGCT ACAGGCGTTG TAGTTTGTAC TGGTGACGAA ACTCAGTGTT ACGGTACATG GGTTCCTATT GGGCTTGCTA TCCCTGAAAA TGAGGGTGGT GGCTCTGAGG GTGGCGGTTC TGAGGGTGGC GGTTCTGAGG GTGGCGGTAC TAAACCTCCT GAGTACGGTG ATACACCTAT TCCGGGCTAT ACTTATATCA ACCCTCTCGA CGGCACTTAT CCGCCTGGTA CTGAGCAAAA CCCCGCTAAT CCTAATCCTT CTCTTGAGGA GTCTCAGCCT CTTAATACTT TCATGTTTCA GAATAATAGG TTCCGAAATA GGCAGGGGGC ATTAAC

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分子 #2: Synthetic DNA oligonucleotides

分子名称: Synthetic DNA oligonucleotides / タイプ: dna / ID: 2 / Name.synonym: Staple strand
詳細: AGGGGACGACGTTTTTACCGTATCGGAAACCAGGCAATTTTTAGCGCCATTCTGAATCTGGTGTTTTTCTGTAGCTCA ATGGCTTAGACTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCATTTTTGCGG GCTTAATTGCGCCATTCAGG GCTGGCGAAACGCCAGGGTGGTTGGTTTAATCTATTACGCCA ...詳細: AGGGGACGACGTTTTTACCGTATCGGAAACCAGGCAATTTTTAGCGCCATTCTGAATCTGGTGTTTTTCTGTAGCTCA ATGGCTTAGACTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCATTTTTGCGG GCTTAATTGCGCCATTCAGG GCTGGCGAAACGCCAGGGTGGTTGGTTTAATCTATTACGCCA GGGGGATGTGGCGTATTGGG CGATCGGTGCGTTTTTGGCCTCTTCGTTCAACTTTAATTTTTTCATTGTGAATTGCTCCTTTTTTTTTGATAAGAGGT CGGATTGCATCTTTTTAAAAAGATTAGAACCAGACCGTTTTTGAAGCAAACTTATACCAGTCATTTTTGGACGTTGGG GATTTTAAGAAGGATTAGAGAGTACCTTTAATTACCTTATGC ACTGGCTCATCCAACAGGTC CGCCATCAAAAACCGTGCATCTGCCAGTTTGACCAATAGGAA AATAATTCGCGGCGCATCGT ACGCGCGGGGATTTTTGAGGCGGTTTCTGCAAGGCGATTTTTTTAAGTTGGGGCTTGCATGCCTTTTTTGCAGGTCGA AACGACGGGTTTTCCCAGTCACGACTTTCCGG CACCGCTTATCGCACTCCAGCCAGCGTTGTAA CTGGTGCCGGCCTCAGGAAG CCAGTGCCAATAACGCCAGG TAATTCGACGAAAGACTTCAAATAACGGTGTC TGGAAGTTAATATGCAACTAAAGTTCGCGTTT TCATTCCATGACATGTTTTA GCTTCAAAGCAGAGGAAGCC GATTTAGTTTAAAATTAAGCAATAAAGCCTCGCGAACGAGTA GACCATTAGAAAGAATTAGC TAACAGTTGATTTTTTTCCCAATTCTAGAGCATAAAGTTTTTCTAAATCGGTGTTAAATCAGCTTTTTTCATTTTTTA CATTATGACCTAAAATTCGCGTTAAATTTTTTGTACCAAAAA TTGCGGGAGATTGTAAACGTTAATATTTTGTCTGTAATACTT AGCCTTTATTAATATTTAAA GCTCGAATCTCTAGAGGATCCCCGTTGACCG TAATGGGAGGAACAAACGGCGGAGGTACCGA TAGGTTACGTTTTTTTGGTGTAGATGGTCTGGCCTTCTTTTTCTGTAGCCAGCAACCCGTCGGTTTTTATTCTCCGTG AGATCTACAAATTTTTGGCTATCAGGAAACTAGCATGTTTTTTCAATCATATAACAGGAAGATTTTTTTGTATAAGCA GCCCCAAAGTACCCCGGTTGATAAAATGTGA GCGAGTAACTTTCATCAACATTATCAGAAAA AACAACATTACGTTAATAAAACGATGCCAGCT GCATTAATGTCGGGAAACCTGTCGACTAACGG GAATCGGCCACCGCTTTCCA TATTACAGGTAAGAAAAATC CGATGAACAGAGTCTGGAGCAAACCACAATTC CACACAACGAAATTGTTATCCGCTAAGAGAAT ATACGAGCCGTTTCCTGTGT GGTAATCGTATCATTGCCTG TCGTAATCATGTTTTTGTCATAGCTGGAAGCATAAAGTTTTTTGTAAAGCCTTAATTGCGTTGTTTTTCGCTCACTGC TCATAACCCGAGGCATAGTAAGAGTGAGCTA ACTCACATGGGGTGCCTAATGAGCAACACTA ATAAATCATACTTTTTAGGCAAGGCATACATTTCGCATTTTTAATGGTCAATGAGCTGAAAAGTTTTTGTGGCATCAA TGGGGCGCAACCTGTTTAGCTATATAGTCAG AAGCAAAGTTACCCTGACTATTATTTTCATT AGAAAGATTCATTTTTTCAGTTGAGATACTGCGGAATTTTTTCGTCATAAATCATAAATCAAATTTTTAATCAGGTCT TCAACGCAAGGTTTTTATAAAAATTTTGAGTAATGTGTTTTTTAGGTAAAGATCAACCGTTCTTTTTTAGCTGATAAA TCACCATCTGAGAAAGGCCGGAGATAAACAGT TCAGAAAATCCCCCTCAAATGCTTCAGTCAAA CGAGAATGACATTCATTGAA AATATGATATTTCAAAAGGG CTCGTTTACCATTTTTGACGACGATAAAGTTTTGCCATTTTTGAGGGGGTAAACATAACGCCATTTTTAAAGGAATTA CACATTCAACTTTAGACTGGATAGCGTCCAATTTAGGAATAC TAATGCAGATTAGTAAAATG GCAATGCCTTAGAACCCTCATATATAGCATT AACATCCATTCTACTAATAGTAGTTTTAAAT TGCAAAAGAAAACCAAAATAGCGAGTAGCTA TTTTTGAGTTAATGCCGGAGAGGGAGGCTTT
分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量実験値: 710 KDa / 理論値: 710 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.87 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 40 mM Tris-HCl, 20 mM acetic acid, 2 mM EDTA
グリッド詳細: glow-discharged 200-mesh R1.2/1.3 Quantifoil grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1.5 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL
日付2015年9月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 36 / 平均電子線量: 60 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected manually using EMAN2
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 915

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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