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万見
- EMDB-3366: Cryo-EM structure of yeast cytoplasmic exosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3366
タイトルCryo-EM structure of yeast cytoplasmic exosome
マップデータReconstruction of RNA-free Exo10-Ski7
試料
  • 試料: Exosome-Ski7 complex
  • タンパク質・ペプチド: Exossome-SKi7 complex
キーワードRNA decay / Exosome / RNA quality control
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway ...mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / exosome (RNase complex) / CUT catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / nonfunctional rRNA decay / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / rRNA metabolic process / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA processing / RNA endonuclease activity / protein catabolic process / mRNA processing / manganese ion binding / regulation of translation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / protein-macromolecule adaptor activity / tRNA binding / translation / GTPase activity / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Ski7 III domain / Ski7 domain II / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain ...: / : / Ski7 III domain / Ski7 domain II / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / : / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / : / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / K Homology domain, type 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex exonuclease DIS3 / Exosome complex component RRP40 / Superkiller protein 7 / Exosome complex component RRP42
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Liu JJ / Niu CY / Wu Y / Tan D / Wang Y / Ye MD / Liu Y / Zhao WW / Zhou K / Liu QS ...Liu JJ / Niu CY / Wu Y / Tan D / Wang Y / Ye MD / Liu Y / Zhao WW / Zhou K / Liu QS / Dai JB / Yang XR / Dong MQ / Huang N / Wang HW
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2016
タイトル: CryoEM structure of yeast cytoplasmic exosome complex.
著者: Jun-Jie Liu / Chu-Ya Niu / Yao Wu / Dan Tan / Yang Wang / Ming-Da Ye / Yang Liu / Wenwei Zhao / Ke Zhou / Quan-Sheng Liu / Junbiao Dai / Xuerui Yang / Meng-Qiu Dong / Niu Huang / Hong-Wei Wang /
要旨: The eukaryotic multi-subunit RNA exosome complex plays crucial roles in 3'-to-5' RNA processing and decay. Rrp6 and Ski7 are the major cofactors for the nuclear and cytoplasmic exosomes, respectively. ...The eukaryotic multi-subunit RNA exosome complex plays crucial roles in 3'-to-5' RNA processing and decay. Rrp6 and Ski7 are the major cofactors for the nuclear and cytoplasmic exosomes, respectively. In the cytoplasm, Ski7 helps the exosome to target mRNAs for degradation and turnover via a through-core pathway. However, the interaction between Ski7 and the exosome complex has remained unclear. The transaction of RNA substrates within the exosome is also elusive. In this work, we used single-particle cryo-electron microscopy to solve the structures of the Ski7-exosome complex in RNA-free and RNA-bound forms at resolutions of 4.2 Å and 5.8 Å, respectively. These structures reveal that the N-terminal domain of Ski7 adopts a structural arrangement and interacts with the exosome in a similar fashion to the C-terminal domain of nuclear Rrp6. Further structural analysis of exosomes with RNA substrates harboring 3' overhangs of different length suggests a switch mechanism of RNA-induced exosome activation in the through-core pathway of RNA processing.
履歴
登録2016年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年4月13日-
マップ公開2016年6月1日-
更新2016年7月13日-
現状2016年7月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5g06
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3366.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3366.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of RNA-free Exo10-Ski7
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 180 pix.
= 235.177 Å		1.31 Å/pix.
x 180 pix.
= 235.177 Å		1.31 Å/pix.
x 180 pix.
= 235.177 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.30654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.0503485 - 0.11162354
平均 (標準偏差)0.00110654 (±0.0061763)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 235.1772 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.30653888888891.30653888888891.3065388888889
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z235.177235.177235.177
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0500.1120.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Exosome-Ski7 complex

全体名称: Exosome-Ski7 complex
要素
  • 試料: Exosome-Ski7 complex
  • タンパク質・ペプチド: Exossome-SKi7 complex

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超分子 #1000: Exosome-Ski7 complex

超分子名称: Exosome-Ski7 complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was purified from yeast with TAP tag / Number unique components: 1
分子量実験値: 420 KDa / 理論値: 420 KDa / 手法: SDS PAGE

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分子 #1: Exossome-SKi7 complex

分子名称: Exossome-SKi7 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: PM/Scl-Ski7 complex / 集合状態: 11 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 420 KDa / 理論値: 420 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 150mM NaCl, 50mM Tris-HCL, 1mM DTT, 1mM EGTA
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo Sample
グリッド詳細: 300 mesh 1.2/1.13 Cu grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2014年10月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 21 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Ctffind3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, IMAGIC, Relion-1.3 / 使用した粒子像数: 25000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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